SNP 分型技術(shù)服務(wù)

MassArray SNP定制芯片技術(shù)服務(wù)

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甲基化技術(shù)服務(wù)

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Sequenom MassARRAY^?SNP基因分型定制平臺

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MassARRAY^?分子量陣列技術(shù)是世界上領(lǐng)先的基因變異分析技術(shù)。MassARRAY結(jié)合了簡單、可靠的引物延伸反應(yīng)和先進的 MALDI-TOF質(zhì)譜技術(shù)，可以快速經(jīng)濟的進行基因型分析，達到目前市場上最高的準確率和性價比。基于MassARRAY^?分子 量陣列平臺的iPLEX GOLD技術(shù)可以便捷的設(shè)計多達40重的基因型檢測。實驗設(shè)計靈活，價格低廉。截止2007年，研究人員利用MassARRAY^?分 子量陣列技術(shù)已發(fā)表了近百篇Genotyping相關(guān)文章。

MassARRAY^?實驗設(shè)計軟件為多重反應(yīng)自動設(shè)計PCR和MassEXTEND^?延伸引物。根據(jù)待測 SNP位點設(shè)計一套引物：包括一對PCR擴增引物，及一條延伸引物 該軟件設(shè)計有效性超過95%，每天可進行一萬個以上實驗設(shè)計。

MassEXTEND反應(yīng)?
MassEXTEND^?可以在單個核苷酸水平上發(fā)現(xiàn)序列差別，在iPLEX GOLD實驗中，所有SNP均使用同一終止反應(yīng)配方和通用的反應(yīng)條件，延伸的產(chǎn)物具有位點特異的分子量，分析軟件能根據(jù)此分子量的差異決定其基因型。

MALDI-TOF MS-基于飛行時間質(zhì)譜的檢測技術(shù)
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服務(wù)流程

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服務(wù)優(yōu)勢

靈活
可以自由選擇感興趣的SNP位點
一張芯片上，樣本的數(shù)量和位置可以自由選擇
一張芯片上，樣本和SNP位點的配對可以自由選擇

準確
直接檢測待測物分子量，準確度超過99.7%
質(zhì)譜技術(shù)靈活檢測PCR實驗失敗或三等位基因的存在
可重復(fù)性高
每個樣品將要檢測到SNP位點最適合精細定位和Microarray實驗的后續(xù)研究

高通量
一張芯片上可完成384個樣品的多重iPLEX GOLD實驗
每個反應(yīng)孔可實現(xiàn)多達40重反應(yīng)
通量范圍每天從幾百到十萬個基因型分析

性價比高
無需熒光標記，成本大大降低
即便在低通量的情況下每個基因型分析的成本仍然很低

便捷
高效迅速的實驗流程可以對95%以上的已被證實的SNP進行實驗設(shè)計
所有反應(yīng)只需標準一致的PCR以及分子延伸反應(yīng)條件
專業(yè)的引物設(shè)計以及基因分型軟件

應(yīng)用領(lǐng)域
個體SNP基因型分析
單體型分析
SNP基因位點頻率分析

應(yīng)用實例

???工作流程 ?????

?1）基因組DNA樣品處理；
??????2）SNP位點的選擇和評估；
??????3）多重反應(yīng)確定；
??????4）引物的合成和質(zhì)量控制；
??????5）Sequenom SNP基因分型實驗；
??????6）SNP基因分型數(shù)據(jù)的分析。

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SNP分型

SNP是英文Single Nucleotide Polymorphism的縮寫，中文翻譯成“單核苷酸多態(tài)性”，即指在基因組水平上單個核苷酸變異所引起的DNA序列多態(tài)性，包括單堿基的轉(zhuǎn)換、顛換和插入/缺失等。

SNP是基因組DNA序列中最常見的變異形式，最大程度地代表了 不同個體之間的遺傳差異，被認為是應(yīng)用前景最好的遺傳標記物。對它的研究將幫助我們在疾病相關(guān)基因定位，認識人種、人群、個體間的遺傳差異，研究基因組結(jié) 構(gòu)，研究疾病或耐藥性與個體差異的關(guān)系，藥物開發(fā)，臨床診斷和輔助治療，法醫(yī)科學(xué)，農(nóng)業(yè)資源開發(fā)，微生物株系鑒定等領(lǐng)域都有重要的應(yīng)用。

下面我們列舉了近年來SNP在一些生物領(lǐng)域的應(yīng)用的文獻，以供參考：

SNP與疾病分子診斷：

[1] CASP8基因啟動子中一個6bp的插入/缺失多態(tài)性與不同癌癥的易感性有關(guān) Sun T, Gao Y, Tan W, et al. A six-nucleotide insertion-deletion polymorphism in the CASP8 promoter is associated with susceptibility to multiple cancers. Nat Genet.? 2008, 40:259-60.

[2] 白介素-4受體基因的多態(tài)性與惡 性膠質(zhì)瘤患者的存活率有關(guān)系 Scheurer ME, Amirian E, Cao Y, et al. Polymorphisms in the interleukin-4 receptor gene are associated with better survival in patients with glioblastoma. Clin Cancer Res. 2008, 14:6640-6.

[3] 用SNP標記高通量研究肺癌中3號染色體短臂的雜合度 丟失 Tai AL, Mak W, Ng PK, et al. High-throughput Loss-of-Heterozygosity Study of Chromosome 3p in Lung Cancer Using Single-Nucleotide Polymorphism Markers. Cancer Res. 2006, 66:4133-8.

SNP與動物分子遺傳育種：

[4]利用SNP對豬的品種與血統(tǒng)進行 鑒定 Rohrer GA, Freking BA, Nonneman D. Single nucleotide polymorphisms for pig identification and parentage exclusion. Anim Genet. 2007, 38:253-8.

[5] CAPN1基因上的一個SNP位點與韓國牛肉的品質(zhì)相關(guān) Cheong HS, Yoon DH, Park BL, et al. A single nucleotide polymorphism in CAPN1 associated with marbling score in Korean cattle. BMC Genet. 2008, 9:33.

SNP與植物分子遺傳育種：

[6] SNP位點與水稻馴化過程中落粒性丟失相關(guān)：Konishi S, Izawa T, Lin SY, et al. An SNP Caused Loss of Seed Shattering During Rice Domestication. Science, 2006, 312:1392-6

SNP與群體遺傳學(xué)：

[7]人類基因組中的高分 辨率單體型圖結(jié)構(gòu) Mark JD, John DR, Stephen FS, et al. High-resolution haplotype structure in the human genome. Nat Genet. 2001, 29:229-32.

[8] Y-染色體血統(tǒng)近期在中國北方及蒙古的擴展 Xue Y, Zerjal T, Bao W, et al. Recent spread of a Y-chromosomal lineage in northern China and Mongolia. AJHG. 2005, 77:1112-6.

SNP與新藥篩選：

[9] beta 2-腎上腺受體啟動子及編碼區(qū)復(fù)雜的單體型結(jié)構(gòu)改變受體的表達并預(yù)測在體內(nèi)的反應(yīng) Drysdale CM, McGraw DW, Stack CB, et al. Complex promoter and coding region beta 2-adrenergic receptor haplotypes alter receptor expression and predict in vivo responsiveness. PNAS, 2000, 97:10483-8.

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技術(shù)原理
?? ?質(zhì)譜是帶電原子、分子或分子碎片按分子量（質(zhì)荷比）的大小 順序排列的圖譜。質(zhì)譜儀可通過對物質(zhì)的分子量（質(zhì)荷比）進行檢測，達到區(qū)分、鑒別物質(zhì)的目的。SNP位點兩個等位基因之間存在分子量差異，通過分型實驗將差異放 大，然后以質(zhì)譜儀進行檢測即可達到SNP分型的目的。

圖1：飛行時間質(zhì)譜檢測物質(zhì)分子量的原理

帶電 物質(zhì)無電場的真空管（Drift region）中的飛行速度與分 子量負相關(guān)，分子量越小，飛行速度越快，到達檢測器（Detector）的時間越早，反之亦然。

圖2：飛行時間質(zhì)譜法對SNP進行分型的原理

緊挨SNP位點設(shè)計一段探針，在反應(yīng)體系中以ddNTP替代dNTP，使探針僅在SNP位點處延伸一個堿基即終止。根據(jù)SNP位點的不同，探針將結(jié)合不同的ddNTP，從而具有不同的分子量，質(zhì)譜儀即可檢測出這種分子量差異， 從而實現(xiàn)SNP分型的目的。

質(zhì)譜 法能同時檢測多個位點。

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技術(shù)優(yōu)勢

n?? 準確：質(zhì)譜儀直接檢測分子的本質(zhì)特征之一—分子量，不需要通過熒光標記來進行間接檢測；

n?? 靈敏：可檢測低至10ng的核酸片段；

n?? 通量高：以384孔 板的形式進行反應(yīng)，每個反應(yīng)孔內(nèi)最高可檢測18個位點，2周最高可完成7萬個反應(yīng)；

n?? 使用普通合成的引物，不帶任何標記，也無需在國外定制，即加 快了課題的進度，也降低了實驗費用；

n?? 每個反應(yīng)孔僅需10ul DNA（10ng/ul），特別適合于稀少樣本；

n?? 污染小：一管式操作，反應(yīng)體系在實驗時始終在一個試管內(nèi)。

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