女人与狗锁死了视频大全|霍金死亡过程恐怖视频|无节社团简谱季免费观看|六间房直播大厅|中文字幕欧美另类精品|久久人人玩人妻潮喷内射人人|亚洲国产一区二区三区在线观看

宏基因組學研究

?

宏基因組學（Metagenomics）是將環(huán)境樣品中的微生物群落作為整體進行研究的學科。與傳統(tǒng)的微生物個體研究相比，宏基因組學的研究手段是直接從環(huán)境樣品中提取基因組DNA后進行測序分析。這種新的研究技術(shù)具有許多優(yōu)勢：（1）自然界中，有許多微生物是不能在實驗室條件下進行培養(yǎng)繁殖的，宏基因組學研究不要求對微生物進行分離培養(yǎng)，從而大大擴展了微生物研究范圍；（2）宏基因組學引入了宏觀生態(tài)的研究理念，對環(huán)境中微生物菌群的多樣性，功能活性等宏觀特征進行研究，可以更準確地反映出微生物生存的真實狀態(tài)。

?

采用第二代高通量測序技術(shù)進行宏基因組學研究，無需構(gòu)建克隆文庫，可以直接對環(huán)境樣品中的基因組片段進行測序，這避免了文庫構(gòu)建過程中利用宿主菌對樣品進行克隆而引起的系統(tǒng)偏差。簡化了宏基因組研究的基本操作，提高了測序效率，從而極大地促進了宏基因組學的發(fā)展。

?

生物信息分析

?

1．?物種鑒定

將所得序列（通常為16S/18S?rRNA等兼具有保守及高變特性的序列）與專業(yè)數(shù)據(jù)庫（Silva,RDP等）進行比對，得出樣品中所含物種的信息。

?

2.多樣性統(tǒng)計學分析

將所得序列（通常為16S/18S?rRNA等兼具有保守及高變特性的序列）進行聚類，得到相應(yīng)的OTUs(分類操作單遠)。通過統(tǒng)計學手段，分析出環(huán)境樣品中的主要成分及不同樣品間的明顯差異因素。結(jié)合物種鑒定，可以得到關(guān)鍵菌群。

?

3.?宏基因組拼接

對環(huán)境樣品DNA進行大規(guī)模測序后，通過嚴格的拼接方式，可獲得較長的DNA片段。當樣品的生物多樣性較低，且達到一定測序通量后，很有可能直接獲得一個或多個微生物基因組草圖。

?

4.功能分析

將所得到序列與已有的數(shù)據(jù)進行比對，進行基因功能的注釋。其中，常用的數(shù)據(jù)庫包括NT,NR,GO,COG,KEGG,SEED,Swiss-Prot等。

?

5.?微生物群落結(jié)構(gòu)及功能

??通過大量測序，可以獲得樣品的群落結(jié)構(gòu)信息，如微生物物種在該環(huán)境下的健在情況及成員間協(xié)作有關(guān)系等。通過實驗還可以確定一些特殊的主要基因或DNA片段。對于多個樣品，還可做相應(yīng)的比較分析，發(fā)掘樣品間的相同點與不同點。

?

實驗周期

?

從獲得合作伙伴樣品，文庫制備到高通量測序，一般控制在30到40個工作日內(nèi)完成，而生物信息分析一般能在30個工作日內(nèi)完成。

?

?

?

?

1．?環(huán)境樣品

1）?嚴格按照采樣標準采樣。

2）?采樣后務(wù)必立即封存樣品冷凍保存。

3）?樣品保存期間切記反復凍融。

4）?送樣時使用干冰運輸。

5）?請?zhí)顚懲暾乃蜆佑唵危米苑獯芊夂箅S同樣品一起送樣。

?

2.環(huán)境樣品DNA

?1）請?zhí)峁?/font>OD值在1.8-2.0之間，濃度>50ng/ul.總量>5ug的基因組DNA，并確保基因組DNA完整無降解。