FFPE樣本蛋白質組學是指利用質譜等技術手段，對石蠟包埋的組織樣本（Formalin-Fixed, Paraffin-Embedded, FFPE）進行蛋白質組學分析，以系統性地識別、定量和研究其中的蛋白質表達情況。該技術廣泛應用于臨床研究、癌癥標志物發現、藥物靶點驗證和疾病機制探索中。

一、什么是FFPE樣本？

FFPE是組織病理學中最常見的樣本保存方式：

1、Formalin固定：通過甲醛交聯，穩定組織內的蛋白質和結構。

2、Paraffin包埋：脫水后用石蠟包裹樣本，常溫長期保存，不影響組織結構觀察。

FFPE樣本的最大優勢在于：

• 可長期保存（>10年）。
• 有豐富的臨床背景數據。
• 遍布醫院和病理科，是臨床資源的“寶庫”。

然而，甲醛固定過程中會導致蛋白質交聯、變性甚至降解，使得FFPE樣本在傳統蛋白質組學分析中具有較大挑戰。

二、FFPE樣本蛋白質組學的技術挑戰

盡管FFPE樣本量巨大，但其在蛋白組學研究中的應用曾受以下因素限制：

1、甲醛交聯影響蛋白提取

固定過程中蛋白質間形成共價交聯，難以被常規裂解液高效提取。

2、蛋白降解與修飾

組織在前處理、保存過程中會發生蛋白水解和非酶促修飾，影響下游質譜定量。

3、樣本異質性

不同醫院或批次的FFPE樣本處理流程可能不一致，影響數據重復性和可靠性。

三、如何破解FFPE樣本的分析難題？

近年來，隨著蛋白提取和質譜技術的進步，FFPE蛋白質組學分析逐漸成熟，關鍵改進包括：

1、高效的蛋白逆交聯策略

• 使用Tris-HCl、SDS等強裂解液。
• 高溫加熱（95℃）結合高壓處理，打斷甲醛交聯鍵。

2、微量化樣本處理流程

適應石蠟切片（如10 µm薄片）的低樣本量，開發低損耗、高靈敏度的前處理方案。

3、DIA質譜技術賦能FFPE分析

• Data-Independent Acquisition（DIA）技術可在低輸入樣本中實現高覆蓋率和良好定量重復性。
• 特別適合臨床樣本大規模比較研究。

四、FFPE蛋白質組學的應用場景

1、腫瘤分型與分子分層

利用FFPE腫瘤組織挖掘蛋白表達譜差異，輔助腫瘤亞型識別。

2、預后/診斷標志物篩選

大規模歷史FFPE樣本配合臨床隨訪數據，有利于挖掘可靠的蛋白標志物。

3、藥物靶點驗證

通過蛋白組水平評估靶點蛋白表達與通路活性，支持靶點合理性論證。

4、組織空間異質性研究

結合激光顯微切割（LCM）技術，實現組織局部區域的蛋白質組學分析。

五、百泰派克生物科技的FFPE蛋白組學解決方案

在百泰派克生物科技，我們針對FFPE樣本開發了全流程優化方案：

• 高效的蛋白提取與酶切流程，適配微量石蠟樣本。
• 基于DIA和Orbitrap高分辨質譜平臺，實現高深度、可重復的蛋白質定量。
• 支持樣本批量處理與標志物驗證服務。
• 提供一站式數據分析與可視化報告。

FFPE樣本蛋白質組學是打通“臨床資源”與“分子研究”的關鍵橋梁。隨著樣本處理與質譜技術的不斷優化，FFPE蛋白質組學正逐步成為臨床轉化研究中的核心手段。如您正計劃開展相關研究，歡迎聯系百泰派克生物科技獲取專業技術支持。百泰派克生物科技，用質譜技術推動生命科學前沿！

百泰派克生物科技特色項目

一、蛋白測序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos質譜儀及島津公司埃德曼降解測序系統對蛋白質序列進行分析，提供基于質譜的蛋白測序分析服務，包括對蛋白質的氨基酸組成分析，N端測序，C端測序和全序列分析，以及基于埃德曼降解的蛋白質N端序列分析服務。對于未知理論序列的蛋白質，提供基于從頭測序法的蛋白質從頭測序服務，對蛋白序列進行分析。

※服務優勢：

1.采用目前世界上先進的質譜儀器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可實現對所測定靶蛋白序列 100% 的覆蓋;

3.可測定蛋白N端多達 70個氨基酸序列;

4.可測定多種形式的樣品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白條帶;

5.樣品用量低: 蛋白樣品僅需 5-10ug，即可完成檢測;

6.測序不受N端封閉，PEC和和糖基化等N端修飾的影響。

二、蛋白質組學

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos質譜平臺結合Nano-LC，提供定量蛋白質組學、靶向蛋白質組學、多肽組學、翻譯后修飾蛋白組學等多種蛋白質組學分析服務。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4D蛋白質組學服務，助力微量樣本蛋白組學、大樣本群醫學及高通量修飾組學等研究工作。

※服務優勢：

1 .高通量定量蛋白分析:多對照組大規模實驗分析，發現新的生物標記物;

2.體內體外多種蛋白質標記方法，適用于分析組織、細胞、血液等多種樣品;

3.質譜分析靈敏度高，實驗結果重復度高;

4.可檢測較低豐度蛋白，線性范圍廣;

5.專業生物信息學分析，分析更系統準確。

三、單細胞質譜流式技術分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm質譜流式系統進行單細胞質譜流式技術分析，采用金屬元素標記物（通常是金屬元素標記的特異抗體）標記細胞表面和內部的分子，然后用流式細胞原理分離單個細胞，再用電感耦合等離子體質譜（ICP-MS）分析單個細胞的原子質量譜，最后將原子質量譜數據轉換為細胞表面和內部的信號分子表達量。

※服務優勢：

1.技術先進，填補技術空白

采用金屬標記抗體技術，避免了傳統流式熒光通道少且易相互影響的問題?？稍趩渭毎麑用嫔蠈Χ喾N指標同時進行表征，百泰派克生物科技可做到同時檢測51個目標蛋白。

2.分析數量大，成本較低

單細胞RNAseq受成本等因素限制，所有樣本細胞匯總的分析數目一般在2x10^4個左右，而流式質譜技術一次（單樣本）就可分析至少10^5的細胞，實現了數量級的提高，且成本不高于單細胞RNAseq。

3.應用前景大

①流式質譜結果可以給出細胞亞群的變化，在臨床診斷、疾病機制研究等方面具有極大的研究前景；

②將金屬標簽技術與其他技術結合會有新應用方向。除常規蛋白外，質譜流式細胞技術還可用于蛋白翻譯后修飾；

③可檢測細胞存活率、細胞大小、mRNA轉錄子表達量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度質譜的免疫多肽組學分析及新抗原發現

百泰派克生物科技的基于高精度質譜的免疫多肽組學分析及新抗原發現一站式解決方案包括我們專有的、高度敏感的免疫肽富集和鑒定方案。我們能夠幫助您實現10,000個以上I型多肽和10,000個以上II型多肽的鑒定和識別。通過我們優化的高通量免疫多肽組學分析平臺進行免疫肽組學分析，可從最小的樣品材料中進行可重復的識別和定量。該服務可以應用于大規模的研究，旨在助力科研工作者尋找癌癥、免疫疾病及傳染病的解決方案，深入挖掘未知的靶標。

五、生物藥物表征

百泰派克基于高分辨率質譜技術，MALDI TOF，高效色譜分離技術，提供一系列完善的生物藥物分析方案，從蛋白質、多肽、抗體、疫苗等生物制品的氨基酸組成和一級結構分析，到產品變異性和純度分析。旨在提供優質生物藥物分析服務，幫助生物醫藥生產商提高生物藥物品質。

百泰派克生物科技七大檢測平臺

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物質譜多組學優質服務商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于為生物/制藥和醫療器械行業提供質量控制檢測和項目驗證等專業服務。公司實驗室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法規和指導原則，通過CNAS/ISO9001雙重質量體系認證，建立了完備的質量體系，數據冷熱/異地備份，設備定期計量/期間核查，軟件審計追蹤，為客戶提供一體化解決方案和技術服務，支持新藥研發、藥物申報注冊和生產放行。

1.公司采用ISO9001質量控制體系，專業提供以質譜為基礎的CRO檢測分析服務；

2.獲國家CNAS實驗室認可，為客戶提供符合全球藥政法規的藥物質量研究服務；

3.業務范圍覆蓋蛋白質組學、多肽組學、代謝組學、生物藥物表征、單細胞分析、單細胞質譜流式、生信云分析以及多組學生物質譜整合分析等；

4.七大質量控制檢測平臺，滿足您一站式服務需求；

5.服務3000+企業，10000+客戶的選擇；

6.致力于為您提供優質的生物質譜分析服務!

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