轉錄組高通量測序,Hiseq2000,solexa,solid,roche454平臺
產品名稱： 轉錄組高通量測序,Hiseq2000,solexa,solid,roche454平臺
英文名稱： 轉錄組高通量測序,Hiseq2000,solexa,solid,roche454平臺
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上海儀方生物技術有限公司
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3.?測序
Genome?Analyzer 系統應用了邊合成邊測序（Sequencing?By?Synthesis）的原理。加入改造過的DNA聚合酶和帶有4種熒光標記的dNTP。?這些核苷 酸是“可逆終止子”，因為3’羥基末端帶有可化學切割的部分，它只容許每個循環摻入單個堿基。此時，用激光掃描反應板表面，讀取每條模板序列第一輪反應所 聚合上去的核苷酸種類。之后，將這些基團化學切割，恢復3’端粘性，繼續聚合第二個核苷酸。如此繼續下去，直到每條模板序列都完全被聚合為雙鏈。這樣，統 計每輪收集到的熒光信號結果，就可以得知每個模板DNA片段的序列。目前的配對末端讀長可達到2×50?bp，更長的讀長也能實現，但錯誤率會增高。讀長 會受到多個引起信號衰減的因素所影響，如熒光標記的不完全切割。
4.?數據分析
自動讀取堿基，數據被轉移到自動分析通道進行二次分析
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生物信息分析
1.?有參考基因組的轉錄組分析（Transcriptome analysis with reference genome）
1)?測序原始數據處理（質量剪切、污染序列去除等）
2)?短序列mapping至參考基因組序列
3)?基因功能注釋
4)?基因結構分析
5)?可變剪切分析
6)?基因表達差異分析（不少于兩個樣品）
7)?預測新的基因
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