在臨床研究和轉化醫學領域，福爾馬林固定石蠟包埋（Formalin-Fixed Paraffin-Embedded, FFPE）組織樣本是最常見、保存時間最長的生物材料之一。全球醫院和病理科積累了大量 FFPE 樣本資源，涵蓋腫瘤、炎癥及罕見疾病等多種類型，為回顧性隊列研究提供了獨特優勢。然而，FFPE 蛋白質組學并非簡單的“常規蛋白提取”。福爾馬林固定過程會引入亞甲基橋交聯（methylene bridge crosslinking），改變蛋白質構象并降低可溶性，給后續質譜檢測帶來挑戰。因此，選擇合適的樣本制備方法，是獲得高質量 FFPE 蛋白質組學數據的關鍵。

一、FFPE 蛋白質組學的核心挑戰

在討論方法前，需要明確 FFPE 樣本的三大技術難點：

• 交聯嚴重：甲醛與蛋白側鏈形成共價交聯，降低酶切效率
• 蛋白降解風險：長期保存可能導致部分蛋白修飾或降解
• 樣本量有限：尤其是穿刺或微區樣本

因此，理想的 FFPE 制備流程應包含：

• 高效脫蠟（Deparaffinization）
• 有效交聯逆轉（Crosslink Reversal）
• 兼容質譜的蛋白純化與酶切

二、主流 FFPE 樣本制備方法

1、SDS 裂解 + 高溫交聯逆轉法（經典方法）

（1）技術原理

• 二甲苯脫蠟
• 梯度乙醇復水
• SDS裂解緩沖液溶解蛋白
• 95–100°C高溫孵育逆轉交聯
• 胰蛋白酶酶切

（2）優點

• 操作成熟
• 適合常規批量樣本
• 蛋白回收率較高

（3）局限

• SDS 會抑制質譜分析，需后續去除（如FASP或SP3）
• 對微量樣本不夠友好

（4）適用場景

• 樣本量較充足（>50 μg蛋白）的臨床組織塊

2、FASP 法（Filter-Aided Sample Preparation）

FASP 是 FFPE 蛋白組學中應用廣泛的策略之一。

（1）技術原理

• SDS 裂解后加載至超濾膜
• 在膜上完成去除 SDS、緩沖液置換
• 直接在膜上酶切

（2）優勢

• 有效去除 SDS
• 提高酶切效率
• 數據重復性好

（3）局限

• 樣本損失相對較高
• 對極微量樣本不理想

~~（4）適用場景

• 常規蛋白組學、標簽定量（如TMT）前處理

3、SP3 法（Single-Pot Solid-Phase-enhanced Sample Preparation）

（1）技術原理

• 利用磁珠在高濃度有機溶劑條件下吸附蛋白
• 去除雜質
• 磁珠上完成酶切

（2）優勢

• 適合微量樣本（甚至 <1 μg）
• 損失率低
• 可自動化
• 兼容 TMT / DIA

（3）局限

• 對操作細節要求高
• 需要優化磁珠比例

（4）適用場景

• 微區組織、穿刺樣本、激光捕獲顯微切割樣本

4、S-Trap 法

（1）技術特點

• 酸沉淀蛋白于石英纖維柱
• 快速去除 SDS
• 柱上酶切

（2）優勢

• 操作簡便
• 適合中等量樣本
• 重現性良好

（3）適用場景

• 標準化實驗流程、批量檢測

5、激光捕獲顯微切割（LCM）結合微量制備

（1）技術流程

• 切片 → 脫蠟 → 顯微定位
• 激光精準切割目標區域
• 微量蛋白提取 + SP3

（2）優勢

• 空間分辨率高
• 支持腫瘤異質性研究

（3）局限

• 技術門檻高
• 樣本極微量，對流程要求嚴格

三、不同方法的對比總結

四、FFPE蛋白質組學的關鍵優化要點

• 交聯逆轉時間與溫度優化（通常 95°C 1–2小時）
• pH控制（Tris緩沖液有助于甲醛逆轉）
• 酶切時間延長（可提高鑒定深度）
• 結合高分辨率質譜平臺

現代 FFPE 蛋白組學常結合高分辨率 Orbitrap 或 timsTOF 質譜平臺，實現 >5000 蛋白的深度覆蓋。

五、FFPE 蛋白質組學的應用前景

FFPE 樣本已廣泛應用于：

• 腫瘤標志物篩選
• 預后分子分型
• 免疫治療反應預測
• 回顧性隊列驗證

在精準醫學時代，FFPE 蛋白質組學正成為連接臨床病理與分子機制的重要橋梁。

六、專業技術支持：高質量FFPE蛋白組學解決方案

在實際項目中，FFPE 樣本差異大、交聯程度不一，往往需要根據樣本類型定制優化流程。

百泰派克生物科技依托先進高分辨質譜平臺與成熟的 FFPE 樣本制備體系，能夠：

• 支持石蠟切片、組織塊、微區樣本
• 提供 SP3 / S-Trap / FASP 等多種方案
• 兼容 DIA、TMT 定量策略
• 實現高深度、高重復性的蛋白質組數據輸出

我們在多個臨床合作項目中，成功完成大規模 FFPE 隊列分析，助力科研人員挖掘潛在生物標志物。

選擇合適的制備方法（SDS、FASP、SP3、S-Trap 或 LCM 結合方案），需要綜合考慮樣本量、研究目標和檢測策略。如果您正在規劃 FFPE 蛋白組學研究，或面臨樣本量有限、數據深度不足等問題，歡迎與百泰派克生物科技技術團隊交流，我們將為您的項目提供專業、可靠的質譜解決方案。

百泰派克生物科技特色項目

一、蛋白測序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos質譜儀及島津公司埃德曼降解測序系統對蛋白質序列進行分析，提供基于質譜的蛋白測序分析服務，包括對蛋白質的氨基酸組成分析，N端測序，C端測序和全序列分析，以及基于埃德曼降解的蛋白質N端序列分析服務。對于未知理論序列的蛋白質，提供基于從頭測序法的蛋白質從頭測序服務，對蛋白序列進行分析。

※服務優勢：

1.采用目前世界上先進的質譜儀器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可實現對所測定靶蛋白序列 100% 的覆蓋;

3.可測定蛋白N端多達 70個氨基酸序列;

4.可測定多種形式的樣品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白條帶;

5.樣品用量低: 蛋白樣品僅需 5-10ug，即可完成檢測;

6.測序不受N端封閉，PEC和和糖基化等N端修飾的影響。

二、蛋白質組學

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos質譜平臺結合Nano-LC，提供定量蛋白質組學、靶向蛋白質組學、多肽組學、翻譯后修飾蛋白組學等多種蛋白質組學分析服務。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4D蛋白質組學服務，助力微量樣本蛋白組學、大樣本群醫學及高通量修飾組學等研究工作。

※服務優勢：

1 .高通量定量蛋白分析:多對照組大規模實驗分析，發現新的生物標記物;

2.體內體外多種蛋白質標記方法，適用于分析組織、細胞、血液等多種樣品;

3.質譜分析靈敏度高，實驗結果重復度高;

4.可檢測較低豐度蛋白，線性范圍廣;

5.專業生物信息學分析，分析更系統準確。

三、單細胞質譜流式技術分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm質譜流式系統進行單細胞質譜流式技術分析，采用金屬元素標記物（通常是金屬元素標記的特異抗體）標記細胞表面和內部的分子，然后用流式細胞原理分離單個細胞，再用電感耦合等離子體質譜（ICP-MS）分析單個細胞的原子質量譜，最后將原子質量譜數據轉換為細胞表面和內部的信號分子表達量。

※服務優勢：

1.技術先進，填補技術空白

采用金屬標記抗體技術，避免了傳統流式熒光通道少且易相互影響的問題?？稍趩渭毎麑用嫔蠈Χ喾N指標同時進行表征，百泰派克生物科技可做到同時檢測51個目標蛋白。

2.分析數量大，成本較低

單細胞RNAseq受成本等因素限制，所有樣本細胞匯總的分析數目一般在2x10^4個左右，而流式質譜技術一次（單樣本）就可分析至少10^5的細胞，實現了數量級的提高，且成本不高于單細胞RNAseq。

3.應用前景大

①流式質譜結果可以給出細胞亞群的變化，在臨床診斷、疾病機制研究等方面具有極大的研究前景；

②將金屬標簽技術與其他技術結合會有新應用方向。除常規蛋白外，質譜流式細胞技術還可用于蛋白翻譯后修飾；

③可檢測細胞存活率、細胞大小、mRNA轉錄子表達量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度質譜的免疫多肽組學分析及新抗原發現

百泰派克生物科技的基于高精度質譜的免疫多肽組學分析及新抗原發現一站式解決方案包括我們專有的、高度敏感的免疫肽富集和鑒定方案。我們能夠幫助您實現10,000個以上I型多肽和10,000個以上II型多肽的鑒定和識別。通過我們優化的高通量免疫多肽組學分析平臺進行免疫肽組學分析，可從最小的樣品材料中進行可重復的識別和定量。該服務可以應用于大規模的研究，旨在助力科研工作者尋找癌癥、免疫疾病及傳染病的解決方案，深入挖掘未知的靶標。

五、生物藥物表征

百泰派克基于高分辨率質譜技術，MALDI TOF，高效色譜分離技術，提供一系列完善的生物藥物分析方案，從蛋白質、多肽、抗體、疫苗等生物制品的氨基酸組成和一級結構分析，到產品變異性和純度分析。旨在提供優質生物藥物分析服務，幫助生物醫藥生產商提高生物藥物品質。

百泰派克生物科技七大檢測平臺

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物質譜多組學優質服務商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于為生物/制藥和醫療器械行業提供質量控制檢測和項目驗證等專業服務。公司實驗室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法規和指導原則，通過CNAS/ISO9001雙重質量體系認證，建立了完備的質量體系，數據冷熱/異地備份，設備定期計量/期間核查，軟件審計追蹤，為客戶提供一體化解決方案和技術服務，支持新藥研發、藥物申報注冊和生產放行。

1.公司采用ISO9001質量控制體系，專業提供以質譜為基礎的CRO檢測分析服務；

2.獲國家CNAS實驗室認可，為客戶提供符合全球藥政法規的藥物質量研究服務；

3.業務范圍覆蓋蛋白質組學、多肽組學、代謝組學、生物藥物表征、單細胞分析、單細胞質譜流式、生信云分析以及多組學生物質譜整合分析等；

4.七大質量控制檢測平臺，滿足您一站式服務需求；

5.服務3000+企業，10000+客戶的選擇；

6.致力于為您提供優質的生物質譜分析服務!

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