轉錄調控是指在基因表達過程中，通過各種調節機制對轉錄過程進行調控，從而控制基因的表達水平。在慢性炎癥中，轉錄調控起著重要的作用。慢性炎癥通常與免疫系統的異?；罨统掷m炎癥反應有關。在炎癥過程中，一系列的信號通路被激活，引發了許多炎癥相關基因的表達和轉錄調控的改變。轉錄可以通過多種機制實現，包括轉錄因子的活化或抑制、染色質結構的改變、非編碼RNA的參與等。在慢性炎癥過程中，一些轉錄因子如核因子-κB（NF-κB）、細胞因子信號轉導和轉錄激活子（STAT）家族等被激活或過度激活，從而調控炎癥相關基因的轉錄。此外，染色質的開放和關閉狀態也對基因的轉錄調控至關重要。
通過轉錄組分析，我們可以了解到在慢性炎癥中受影響的基因和轉錄調控的變化。這些信息有助于我們理解炎癥發生的分子機制，并可能揭示新的治療靶點。例如，通過干預轉錄因子的活性，可以調節炎癥相關基因的表達，以實現對慢性炎癥的治療，為慢性炎癥治療提供新的思路。
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1 .AP-1 是小鼠腎臟和肝臟炎癥反應的調控轉錄因子
文章標題：AP-1 is a regulatory transcription factor of inflammaging in the murine kidney and liver
發表期刊：Aging Cell
. 影響因子：7.8
中科院分區：1區
發表時間：2023.7
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摘要
衰老，是許多與衰老相關的慢性疾病的重要風險因素。然而，不同組織炎癥的機制和調控網絡尚未完全闡明。在這里，我們分析了年輕小鼠和老齡小鼠腎臟和肝臟的轉錄組和表觀基因組，發現炎癥反應的激活是這兩種組織的保守特征。此外，我們還通過整合分析揭示了轉錄組變化與染色質動態之間的聯系，并發現 AP-1 和 ETS 家族轉錄因子 (TF) 是炎癥反應的潛在調控因子。進一步的原位驗證顯示，c-JUN（AP-1 家族成員之一）主要在老化的腎臟和肝臟細胞中被激活，而 SPI1（ETS 家族成員之一）的增加則主要是由巨噬細胞的大量浸潤誘導的，這表明這些 TFs 在炎癥中具有不同的機制。功能數據表明，基因敲除 AP-1 家族的主要成員 Fos 能顯著減輕老年腎臟和肝臟的炎癥反應。綜上所述，我們的研究結果揭示了腎臟和肝臟炎癥反應的保守特征和調控TFs，為開發抗衰老干預措施提供了新的靶點。
2 .識別銀屑病患者的新型免疫亞型和潛在樞紐基因
文章標題：Identification of novel immune subtypes and potential hub genes of patients with psoriasis
發表期刊：Journal of Translational Medicine
影響因子：7.4
中科院分區：1區
發表時間：2023.3.8
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摘要
牛皮癬是一種常見的慢性復發性免疫相關性炎癥性皮膚病。銀屑病患者復發主要是由免疫反應障礙引起的。因此，我們的研究旨在識別新的免疫亞型，并選擇靶向藥物對不同亞型的銀屑病進行精準治療。從銀屑病中鑒定出182個差異表達的銀屑病基因GSE14905隊列，其中99個基因顯著上調，83個基因下調。然后，我們對牛皮癬上調基因進行了功能和疾病富集。獲得2個銀屑病的潛在樞紐基因，包括SOD1、PGD、PPIF、GYS1和AHCY。樞紐基因的高表達在人銀屑病樣本中得到驗證。值得注意的是，牛皮癬的兩種新型免疫亞型被確定并定義為C2和C1。生物信息學分析表明，C2和C1在免疫細胞中的富集程度不同。此外，還評估了適用于不同亞型的候選藥物和作用機制。
3?.轉錄組分析治療無效的兒科潰瘍性結腸炎患者并探索潛在的疾病發病機制
文章標題：Transcriptomic analyses of treatment-na?ve pediatric ulcerative colitis patients and exploration of underlying disease pathogenesis
發表期刊：Journal of Translational Medicine
影響因子：7.4
中科院分區：1區
發表時間：2023.1.16
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摘要
潰瘍性結腸炎（UC）是一種非特異性慢性炎癥性腸病。本研究采用RNA測序（RNA-Seq）方法，通過與健康對照組兒童進行比較，評估了分層明確、未經治療的小兒UC患者的轉錄組情況。通過對數據進行分析，評估了UC相關腸道炎癥和纖維化的驅動機制。
通過RNA-Seq分析了五名小兒UC患者和五名健康對照者的腸粘膜樣本，并通過qPCR驗證了結果。通過 CRISPR/Cas9 方法敲除了 HLA-DRB5 的表達，并使用分子生物學技術進行了其他機理研究。在這些分析中，發現 2290 個基因在 UC 樣本和對照樣本之間存在差異表達，其中上調和下調的基因分別為 1258 個和 1032 個?；虮倔w分析表明，這些基因富集于細胞外基質（ECM）相關過程，8個差異表達的相關基因中有7個（PIK3CD、IL1β、IL1α、TIMP1、MMP1、MMP12、COL6A3和HLADRB5）上調，參與了ECM-受體相互作用和炎癥性腸病相關途徑。研究發現，腸道細菌驅動的 HLA-DRB5 表達增加會促進 IL-1α 的分泌，導致腸道炎癥和纖維化，這可能是治療 UC 的一個靶點。
參考文獻
Li Y, Li L, Tian Y, Luo J, Huang J, Zhang L, Zhang J, Li X, Hu L. Identification of novel immune subtypes and potential hub genes of patients with psoriasis. J Transl Med. 2023 Mar 8;21(1):182. doi: 10.1186/s12967-023-03923-z. PMID: 36890558; PMCID: PMC9993638.
Pang X, Song H, Li X, Xu F, Lei B, Wang F, Xu J, Qi L, Wang L, Tan G. Transcriptomic analyses of treatment-na?ve pediatric ulcerative colitis patients and exploration of underlying disease pathogenesis. J Transl Med. 2023 Jan 16;21(1):30. doi: 10.1186/s12967-023-03881-6. PMID: 36647141; PMCID: PMC9843999.
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