Edman降解法耦合過程
異硫*酸苯酯（PITC）在多肽鏈的N端與a-氨基（或在脯氨酰殘基帶有亞氨基的情況下）進行反應，形成末端殘基的苯硫代氨基甲?；苌?。Edman降解法最初使用吡啶來生成pH值為8.6的堿性環境，后來用的的替代品包括“Quadrol”、三甲胺和N-甲基**。然而Edman降解法需要游離的α-氨基，如果氨基已經被修飾將不能與PITC反應，那么該多肽就相當于是“封閉的”（例如，許多蛋白質就被乙?；?、甲酰基或焦谷氨?；鶊F封閉）。例如，微量的非離子型洗滌劑即會引起末端封閉。另外，肽本身可能根本不具有N端：如環狀天然肽，環孢菌素。在沒有游離N端的情況下，必須通過化學或酶促方法切割多肽以產生具有游離N端的片段。需要注意避免樣品被含胺的非肽類物質（如trizma堿）污染，因為這些物質也可能與PITC反應并生成干擾后續分析的產物。PITC還會與水和一些難以在反應中被完全排除的其他分子發生反應，因此試驗中總會發現一些副產物，例如二苯硫脲。盡量減少副反應有助于提高化學反應和后續分析的效率。與過去的手動測序法相比，自動測序法的優勢之一就是可以做到這一點。
Edman降解法裂解過程
在強酸存在的情況下，裂解發生在第一個肽鍵上，從而得到減去第一個堿基的肽段和釋放的第一個anilinothiazolinone (ATZ)形式的殘基。洗掉其他反應物和釋出的殘基，縮短的肽段就可以通過另一輪偶聯和裂解而釋放出第二個殘基，依此類推，直到最后一個氨基酸殘基被釋出。
目前，該裂解反應使用的是三氟乙酸（TFA）。因為要使多肽鏈內各點的酸水解最小化，需要盡可能的制造無水環境。這些都達成之后，可生成一個新的N端，從而對其進行測序。將這種酸裂解最小化可促使序列運行更持久、更清晰。
Edman降解法殘基轉化過程
通過有機溶劑，乙酸乙酯或氯丁烷，萃取，將ATZ殘基與肽分離，然后將其向更穩定的苯硫代乙內酰脲（PTH）形式轉化，以更好的進行分析。轉化過程在含酸水溶液（25％TFA）中完成。一些經修飾的氨基酸殘基（例如糖基化的天冬酰胺基）可能難溶于有機溶劑，因此在其序列中的相應點處顯示空白。在固相測序中，當肽與固相支持物共價連接時，可以嘗試其它ATZ殘基的提取方法，但要注意的是，剩余的肽段不能被萃取或丟失（造成產量大幅度下降）。
Edman降解法PTH殘基分析
由Edman降解的每個循環所產生的PTH殘基通常用使色譜法進行鑒定，最初是薄層色譜法，后來是反相高效液相色譜法。通過與標準品比較，依次鑒定和定量來自每個循環的PTH氨基酸殘基，并按從N端到C端的殘基順序描述序列。如果存在放射性氨基酸殘基，則可以通過此階段的活性來檢測它們。
北京百泰派克生物科技有限公司采用島津公司的Edman測序系統，能測定N端30個氨基酸的序列信息。采用其特定的蛋白上樣系統，可以測定N端的60-70個氨基酸。同時，百泰派克還建立了以先進的LC-MS/MS技術進行蛋白質N端測序的平臺，可以測出封閉和修飾的蛋白質末端，與Edman降解法形成互補，使得N端測序能順利進行。