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你的慢病毒表達的LncRNA準確嗎?

作者:和元生物技術(上海)股份有限公司 2022-11-14T15:27 (訪問量:4569)

慢病毒是一類改造自人免疫缺陷病毒的病毒載體,基因組是RNA,可將外源基因整合到基因組中實現穩定表達,借助慢病毒載體可以進行編碼基因和非編碼基因的過表達、干擾、敲除和內源性激活等操作,滿足不同的基因操作需求。慢病毒的宿主范圍廣,免疫原性低,基因容量大,可以長期表達等特點,使其能夠有效地感染培養的腫瘤細胞、肝細胞、心肌細胞、神經元、內皮細胞、干細胞等多種類型的細胞,此外,借助慢病毒載體改造T 細胞用于CAR-T細胞治療。

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長鏈非編碼RNA(lncRNA)是一類長度大于200個核苷酸,不具有蛋白編碼能力的線性RNA分子,基因組DNA轉錄生成lncRNA后,一些lncRNA在細胞核內發揮功能,另外一些lncRNA被轉運到細胞質,在細胞質中lncRNA可以調控mRNA穩定性、翻譯效率和干擾蛋白翻譯后修飾。

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LncRNA分類

LncRNA根據其相對位置在調控靶編碼基因中發揮重要作用,根據其在基因組上與編碼基因相對位置的不同,可以將lncRNA分為以下幾類(見圖1):1.啟動子區(來自啟動子區域的轉錄本);2.內含子間(主要產生于編碼基因的內含子區);3.雙向(與蛋白質編碼基因共享相同的啟動子,但轉錄方向相反);4.正義鏈(轉錄方向與蛋白質編碼基因方向相同,存在于同一編碼基因正義鏈,具有重疊的外顯子);5.反義鏈(轉錄方向與蛋白質編碼基因方向相反,存在于反義鏈,至少有一個外顯子重疊);6.3’UTR區(來自3’UTR區域的轉錄本);7.基因間(來自于兩個蛋白質編碼基因之間的DNA序列)。與mRNA類似,lncRNA也可以存在于細胞核或細胞質中,但主要位于細胞核。

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圖1 長鏈非編碼RNA分類

來源:Xiaomei Huang et al., Canner Lett. 2018

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LncRNA對基因表達的調控

由于lncRNA的復雜性和多樣性,不能簡單地根據其結構或序列來描述其功能,但lncRNA的一個重要作用是調節鄰近蛋白編碼基因的表達。LncRNA在不同水平上調節基因表達:

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表觀遺傳修飾

表觀遺傳修飾是指在細胞核DNA序列不發生變化的情況下,基因表達發生可逆和可遺傳的變化,這種修飾包括染色質重塑、DNA甲基化和組蛋白修飾。

1.組蛋白乙酰化:組蛋白乙?;倪^程促進了基因表達、蛋白質活性或生理過程。

2.染色質修飾復合物的招募:lncRNA將染色質修飾復合物招募到特定的位點,介導相關基因的表達或沉默。

3.DNA甲基化:通過改變染色質結構、DNA構象、DNA穩定性以及DNA與蛋白質的相互作用來控制基因的表達。

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轉錄調控

4.轉錄調節:LncRNA可抑制靶基因轉錄因子活性,抑制其基因表達。如lncRNA的轉錄干擾臨近基因的表達;lncRNA通過封阻啟動子區域干擾基因表達;lncRNA與RNA結合蛋白作用,定位到基因啟動子區調控基因表達;lncRNA能調節轉錄因子活性,調控基因表達。

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轉錄后調控

5.可變剪接:LncRNA可以促進pre-mRNA和可變剪接因子的結合,有助于產生成熟mRNA。

6.競爭性RNA:LncRNA可以作為miR海綿,競爭miRNA,然后解除對靶基因的抑制。

7.蛋白去磷酸化:LncRNA參與蛋白去磷酸化。

8.抑制蛋白降解:LncRNA與蛋白質相互作用并抑制其泛素化降解。

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圖2 LncRNA在不同水平上調節基因表達

來源:Xiaomei Huang et al., Canner Lett. 2018

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LncRNA雖然不能編碼蛋白質,但可以向下游傳遞信息,調控基因表達,表明lncRNA可能作為基于RNA的信息庫,具有與蛋白質組學競爭的能力,在疾病診斷和靶向治療中甚至比蛋白質更加敏感和特異。因此lncRNA的研究越來越廣泛。

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慢病毒包裝系統缺陷

但是,目前lncRNA慢病毒包裝系統普遍存在一些問題:

1.慢病毒是RNA病毒,lncRNA的轉錄終止需要polyA,而polyA會導致慢病毒包裝過程中,慢病毒基因組的表達提前終止,導致慢病毒包裝不成功;

2.常規慢病毒載體表達lncRNA,由于不能及時終止,會帶有WPRE等無關序列,從而影響lncRNA的高級結構, 而高級結構是lncRNA發揮功能的決定性因素, 這些多余的序列勢必對lncRNA的功能造成不可預料的影響;

3.有些lncRNA會發生自切割,包裝時,慢病毒基因組也可能因為lncRNA的自切割而發生斷裂,導致出毒失敗。

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針對以上這些問題,和元生物推出新升級慢病毒系統一次性解決以上問題,讓lncRNA精確表達。

新升級慢病毒系統優勢

1.LncRNA精準表達。

2.載體上熒光表達更亮。

3.改善由于基因引起的不出毒,出毒更穩定。

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驗證結果:

PCR驗證表達精確:

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感染效果圖:


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和元研發團隊專注于病毒載體及包裝系統進行研發,對慢病毒主要元件進行改進和優化,并獲得相關授權**。

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參考文獻

[1] Xiaomei Huang,Xi Zhou., et al. Advances in esophageal cancer: A new perspective on pathogenesis associated with long non-coding RNAs.Cancer Lett.2018 Jan 28;413:94-101.doi: 10.1016/j.canlet.2017.10.046.

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