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【Molecular Cancer】南京大學李冬梅/甘衛東團隊揭示CircMET促進腫瘤細胞增殖新機制

作者:和元生物技術(上海)股份有限公司 2022-04-19T14:19 (訪問量:14019)

Xp11.2易位性腎細胞癌(Xp11.2 tRCC)是2016 WHO分型中RCC的一個獨立亞群,其特點是轉錄因子E3 (TFE3)融合基因高表達導致患者預后不良[1]。越來越多的研究表明,這些高表達的TFE3融合蛋白可以通過直接或間接調控下游靶基因,作為癌癥的主要驅動因子。

環狀RNA(circRNAs)是一類功能性非編碼RNA (ncRNAs),具有由前體mRNA剪接或跳過事件形成的環狀結構,不存在5'末端帽子和3'末端poly(A)尾巴[2]。由于環狀結構,環狀RNA對外切酶具有抗性,因此它們的半衰期比線性RNA更長。越來越多的證據表明,環狀RNA在癌癥的發生和進展中發揮了重要作用[3]。然而環狀RNA與tRCC腫瘤發生相關潛在的分子機制尚不清楚。

近期,南京大學醫學院李冬梅/甘衛東團隊在Molecular Cancer雜志上發表題為CircMET promotes tumor proliferation by enhancing CDKN2A mRNA decay and upregulating SMAD3的研究論文,詳細闡述了circMET在腫瘤中調控細胞增殖的功能及機制[4]。


01 CircMET在NONO-TFE3 tRCC中顯著高表達

研究團隊通過ChIP-seq技術,在NONO-TFE3易位型腎癌(NONO-TFE3 tRCC)中篩選出MET基因為NONO-TFE3的下游靶基因,并評估了circMET在不同RCC細胞系和正常細胞中的表達水平,發現NONO-TFE3 tRCC患者腫瘤組織的UOK109細胞中表達最高(圖1)。
圖1 CircMET在NONO-TFE3 tRCC中顯著高表達


02 CircMET促進NONO-TFE3 tRCC的增殖

為了確定circMET在NONO-TFE3 tRCC的生物學行為中的功能作用,作者研究了上調或下調circMET對癌細胞生長的影響。體外細胞和體內成瘤實驗結果表明circMET促進NONO-TFE3 tRCC的增殖(圖2)。

圖2 circMET高表達促進NONO-TFE3 tRCC的增殖



03 NONO-TFE3增強了circMET的轉錄

研究人員通過體外功能缺失和功能獲得改變NONO-TFE3蛋白水平,并分別檢測UOK109和786-O細胞中circMET的表達。雙螢光素酶酶實驗等表明NONO-TFE3通過上調circMET的表達促進NONO-TFE3 tRCC的進展(圖3)。

圖3 NONO-TFE3增強了circMET的轉錄


04 CircMET通過YTHDC1以m6A依賴的方式輸出到細胞質中

YTHDC1作為m6A解讀器蛋白的一員,已知參與RNA剪接和RNA核輸出,研究團隊進一步通過CRISPR/dCas13構建的靶向去修飾系統證實,YTHDC1可通過m6A依賴性的方式促進circMET出核并發揮功能(圖4)。

圖4 CircMET通過YTHDC1以依賴m6A的方式輸出到細胞質中


05 CircMET通過直接結合下調CDKN2A mRNA

circMET已被證實能促進NONO-TFE3 tRCC的增殖,作者進一步研究circMET是否能調控與細胞周期相關的基因表達,沉默circMET后螢光素酶活性上調最明顯的是CDKN2A。CDKN2A是一種腫瘤抑制基因,編碼p16蛋白,抑制細胞周期。實驗證實circMET通過直接結合下調CDKN2A mRNA的穩定性來促進腫瘤的生長(圖5)。

圖5 CircMET通過直接結合下調CDKN2A mRNA


06 CircMET通過招募YTHDF2來加速CDKN2A mRNA的衰減

研究人員進一步證實circMET通過與CDKN2A mRNA 3’UTR直接結合,并且募集m6A閱讀蛋白YTHDF2調控CDKN2A mRNA的降解。circMET募集YTHDF2至CDKN2A mRNA的過程中,YTHDF2直接結合在circMET的m6A修飾位點,并參與CDKN2A mRNA的降解過程,而YTHDF2并未直接結合CDKN2A mRNA上的m6A修飾位點(圖6)。

圖6 CircMET通過招募YTHDF2來加速CDKN2A mRNA的衰減


07 CircMET作為ceRNA來海綿吸收miRNAs

大量研究證實,環狀RNA作為mirRNA的生物海綿,在調控基因表達中發揮重要作用。circMET在細胞內的分布提示circMET可能也具有轉錄后調控功能,有助于NONO-TFE3 tRCC的增殖。通過軟件預測和螢光素酶等實驗證實miR-1197是circMET潛在的miRNA靶點,細胞水平驗證circMET作為ceRNA對miR-1197具有海綿吸附作用(圖7)。

圖7 CircMET作為ceRNA來海綿吸收miRNAs

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08 CircMET通過轉錄后調控SMAD3的表達

雙螢光素酶檢測結果顯示,過表達miR-1197后,螢光素酶活性下調最明顯的是SMAD3, miR-1197可以結合SMAD3 mRNA的3’UTR,并介導NONO-TFE3 tRCC中SMAD3的表達水平。circMET可以通過充當miRNAs的“吸附劑”,通過轉錄后調控SMAD3的表達(圖8)。

圖8 CircMET通過轉錄后調控SMAD3的表達

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結論

本文研究發現NONO-TFE3融合可上調NONO-TFE3 tRCC組織和細胞中circMET的表達,過表達circMET可顯著促進NONO-TFE3 tRCC的生長。YTHDC1通過與m6A修飾結合,促進circMET的胞質輸出。circMET不僅可以通過充當miRNAs的“吸附劑”調控SMAD3的表達,還可以通過直接與mRNA結合調控CDKN2A mRNA的穩定性(圖9)。CircMET有可能成為NONO-TFE3 tRCC以及其他高表達CircMET的癌癥分子治療的新靶點。

圖9 circMET促進腫瘤細胞增殖的作用機制模式圖

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參考文獻:
[1] Moch H, Cubilla AL, Humphrey PA, Reuter VE, Ulbright TM. The 2016 WHO Classification of Tumours of the Urinary System and Male Genital Organs Part A: Renal, Penile, and Testicular Tumours. Eur Urol. 2016;70:93–105. [2] Goodall GJ, Wickramasinghe VO. RNA in cancer. Nat Rev Cancer.2021;21:22–36
[3] Chen L, Shan G. CircRNA in cancer: Fundamental mechanism and clinicalpotential. Cancer Lett. 2021;505:49–57.
[4] Lei Yang, Yi Chen., et al. CircMET promotes tumor proliferation by enhancing CDKN2A mRNA decay and upregulating SMAD3. Mol Cancer.2022 Jan 18;21(1):23.doi: 10.1186/s12943-022-01497-w.

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