各位看官大家好！新一期空間代謝組Q&A又來了！在上一期中，我們介紹了空間代謝組學中的分辨率（點擊閱讀）。這一期，我們將為大家介紹說明空間代謝組學中的離子峰數量問題。
1.空間代謝組和傳統LC-MS代謝組的離子峰數有什么差別？
一般情況下提到的空間代謝組學離子峰數，是分析整張切片過程中所有被檢測到的離子峰數量?？臻g代謝組圖像中的每個像素點由質譜成像系統獨立檢測產生，所以每個像素點都會有自己的代謝組信息，選擇不同的區域（像素集）會對應不同的離子峰數量。而傳統的LC-MS代謝組，一個樣本上機檢測到離子峰數量是固定的，兩者所有區別。
2.輸出的離子峰數量是否是越多越好？
不是，盡管檢測到的離子峰數量是評價空間代謝結果的重要指標，但空間代謝組學檢測中很大一部分離子峰源自噪音和離子碎片，該類峰沒有實際意義，屬于無效峰，所以單純計算總離子峰數量沒意義，屬于冗余信息需要過濾處理。
圖 無效離子峰對應分子成像圖
3.如何過濾掉無效峰？
深度空間代謝組學基于質譜成像數據主流分析軟件MetaboscapeTM對數據集進行了過濾。其主要處理判斷原則是代謝物在組織和細胞中會存在豐度差異，但分布應該具有普遍性。所以判斷一個離子峰是否有效，可以考慮其在整個區域中的分布、信號強度等信息，并建立閾值進行篩選。經過數據過濾處理，我們得以確保交付項目結果中均是有效離子峰的成像圖，從而避免老師們在數據分析時產生誤導。
圖 某實測項目在不同閾值下離子峰數展示
4.深度空間代謝組過濾之后的離子峰數量是否符合分析要求？
目前深度空間代謝在過濾掉大量低質量無效峰后，仍然表現了出優異的通量。根據組織類型不同，過濾后的離子峰數最高近3000個，平均約1800個，是您值得信賴的空間代謝組學分析產品。
小結：空間代謝組學的數據是一種高維數據集，由大量空間坐標和代謝組數據構成，相當于數萬個樣本進行代謝組學數據分析，不可避免會產生冗余離子峰信息，所以評價和使用數據前，不僅要評價離子峰的數量，同時更要考慮離子峰質量。
小結：空間代謝組學的數據是一種高維數據集，由大量空間坐標和代謝組數據構成，相當于數萬個樣本進行代謝組學數據分析，不可避免會產生冗余離子峰信息，所以評價和使用數據前，不僅要評價離子峰的數量，同時更要考慮離子峰質量。