微衛星標記（microsatellite），又稱為短串聯重復序列(short tandem repeats，STR)或簡單重復序列（simple sequence repeats，SSR），是均勻分布于真核生物基因組中的簡單重復序列，由2~6個核苷酸的串聯重復片段構成。由于重復單位的重復次數在個體間呈高度變異性并且數量豐富，因此微衛星標記的應用非常廣泛。微衛星位點通常通過PCR擴增，擴增產物通過電泳分析，并根據大小分離等位基因進行檢測。
由于單個微衛星位點重復單元在數量上的變異，個體的擴增產物在長度上的變化就產生長度的多態性，這一多態性稱為簡單序列重復長度多態性(SSLP)，每一擴增位點就代表了這一位點的一對等位基因。由于SSR重復數目變化很大，所以SSR標記能揭示比RFLP（限制性內切酶片段長度多態性）高得多的多態性，這就是SSR標記的原理。
技術特點
（1）數量豐富，覆蓋整個基因組，揭示的多態性高；
（2）具有多等位基因的特性，提供的信息量高；
（3）以孟德爾方式遺傳，呈共顯性（如果雙親的性狀同時在F1個體上表現出來，即一對等位基因的兩個成員在雜合體中都表達的遺傳現象稱為共顯性），可鑒定出純合子和雜合子；
（4）實驗重復性好，結果可靠。每個位點由設計的引物順序決定，便于不同的實驗室相互交流合作開發引物。
應用范圍
（1） 遺傳雜交育種
（2） 繪制染色體遺傳圖譜
（3） DNA指紋和品種鑒定
（4） 種質資源保存和利用
（5） 基因組關聯分析
經典案例
案例一
題目：SSR linkage map construction and QTL identification for plant height and ear height in Maize（玉米SSR連鎖圖譜構建與株高及穗位高QTL定位）
主要技術：SSR分型
技術流程：
文章摘要：用玉米自交系組合R15×掖478的F2群體構建連鎖圖譜，并通過1年2點隨機區組試驗設計，考察玉米229個F2：4家系成株期的株高和穗位高。所建連鎖圖譜上共擬合146個SSR標記位點，覆蓋基因組1666cM，標記間平均距離為11．4cM。用復合區間作圖法進行QTL分析，共檢測到8個控制株高的QTL，分別位于第2、3、4．5和8染色體；3個控制穗位高的QTL位點，位于第4染色體。單個株高QTL的貢獻率變幅為6．67％-11．59％，單個穗位高QTL貢獻率變幅為10．46％-12．15％。
案例二
題目：利用SSR技術對黃瓜新品種津優35號進行種子純度鑒定
主要技術：SSR分型
技術流程：
文章摘要：利用天津科潤公司建立并優化了的黃瓜種子純度鑒定技術體系，篩選黃瓜新品種津優35號特異分子標記。試驗選用80多對SSR引物中，有2對引物（85號和212號）在雜交種和親本間表現多態性，雜交種條帶為父母本的互補型，且特異性強，適合做雜交種純度鑒定。用這2對引物對津優35號50粒種子進行了SSR鑒定。結果表明：這2對引物鑒定結果相同，且與田間鑒定結果吻合率高達96％以上，表明所篩選到的2個SSR標記可以作為津優35的特異分子標記用于其種子純度的鑒定。