胃癌（GC）是消化系統最常見的惡性腫瘤之一，也是全世界與癌癥相關死亡的第二大原因。GC的危險因素包括吸煙、高鹽飲食、大量肉類攝入、膽汁反流和幽門螺桿菌感染。DOS、XELOX和抗HER2治療胃癌時會出現廣泛的化療耐藥性。但在過去幾年中，許多化療反應的研究都集中于細胞系中的單一藥物，而不是聯合治療?？偟膩碚f，目前尚缺乏預測GC治療反應的綜合分子圖景。
蛋白質被視為“生命的執行者”，可以在蛋白質水平上深入了解疾病，彌合研究與臨床實踐之間的差距。復旦大學生命科學學院丁琛團隊、復旦大學附屬中山醫院侯英勇團隊、沈坤堂團隊以及劉天舒團隊和上海交通大學附屬新華醫院趙健元團隊對接受化療或基于抗HER2治療的胃癌患者的206個腫瘤組織的蛋白質組進行了分析，試圖開發高精度的預后模型來預測治療反應，相關研究結果以“Proteomic characterization of gastric cancer response to chemotherapy and targeted therapy reveals new therapeutic strategies”為題發表在Nature Communications上。
01 胃癌隊列：胃癌患者對化療和靶向治療的反應
為了研究與化療和靶向治療反應相關的蛋白質組模式，研究團隊收集了206例接受DOS治療（DOS亞組，N=44）、XELOX治療（XELOX亞組，N=70）或抗HER2治療（HER2亞組，N=71）的GC患者。另外21名患者被分配為“其他患者”，其中3名患者接受了阿帕替尼或多西紫杉醇治療，18名患者沒有化療信息。對206名化療前的GC患者的福爾馬林固定石蠟包埋（FFPE）組織進行蛋白質組學分析。參與研究的所有患者的基線臨床特征顯示，DOS、XELOX和HER2亞組在性別、年齡、年級和Lauren類型方面沒有基線差異。生存分析顯示，敏感組（S，N=79）的生存率高于非敏感組（NS，N=97）。
02 胃癌隊列的蛋白質組學分析
研究團隊采用每兩天測量一次HEK293T細胞裂解物作為質量控制標準，QC樣本間的平均相關系數為0.964，證明了MS平臺的一致穩定性。蛋白質組學檢測結果顯示，所有患者樣本中共鑒定出12519個基因產物（GP）（N=206），每個樣品產生6369–8119個基因產物。在DOS、XELOX和HER2亞群中分別鑒定出10496個GP、10766個GP和10920個GP。主成分分析（PCA）顯示DOS、XELOX和HER2亞群之間沒有批次效應。在S（11258 GPs）和NS（11388 GPs）之間的蛋白質組覆蓋率沒有觀察到顯著差異。
03 GC隊列的蛋白質組分型及其與治療反應的關系
基于1000個最可變蛋白質，對206例樣本進行一致性聚類分析，分成四種亞型：G-I（N=29）、G-II（N=60）、G-III（N=97）和G-IV（N=20），并與生存率有顯著相關性，其中G-IV亞型總體生存率最差。排除隨訪失敗的患者后，僅對179名患者進行了相同的一致性聚類分析，結果顯示206例樣品和179例樣品的兩個蛋白質組亞型系統之間高度一致。從G-I到G-IV，化療和靶向治療反應表現出逐漸的耐藥性現象，G-IV預后最差。此外，蛋白質組亞型與治療亞群或TNM分期之間的明顯關聯，但在分級、Lauren類型、原發部位或腫瘤純度方面均未觀察到這種關聯。總的來說，這些結果證明了蛋白質組亞型與治療反應和預后之間的密切聯系，并支持其在蛋白質組水平上的可靠性。
G-I亞型以內吞作用為主，一組內吞相關蛋白，如DNM2、EPS15、WIPF1、ACAP2和CHMP6，與總存活率呈正相關。在G-II亞型中，觀察到糖酵解/糖異生和泛酸/CoA生物合成顯著富集。在G-III亞型中，溶酶體酸性水解酶蛋白酶（如CTSA、CTSB、CTSC和CTSE）和合成溶酶體酶（如CLTA、CLTB、GGA1和AP1S2）顯著富集。與其他三種亞型相比，G-IV亞型以ECM受體相互作用、局部粘附、補體/凝血級聯和PI3K-AKT信號通路為特征，其中ECM受體相互作用通路的激活表明預后較差。
G-IV亞型中THSD4的高表達與不良預后顯著相關。體外實驗進一步證實THSD4過表達降低了化療藥物（包括多西紫杉醇、奧沙利鉑和5-FU）的抗腫瘤作用。在一個60名接受化療或基于抗HER2治療的獨立隊列中，基于PRM技術的靶向定量結果顯示ECM蛋白在DNSG中的表達高于DSG?？偟膩碚f，結果表明細胞外基質蛋白的高表達與耐藥性相關，這些細胞外基質蛋白質可以作為預測化療反應的指標。
04 胃癌的MSS/MSI狀態與腫瘤免疫微環境和治療耐藥性相關
為了進一步測試復旦GC隊列（FDGC）的蛋白質組分型算法在其他GC隊列中是否可行，研究團隊在三個獨立的GC患者隊列（BPRC隊列，N=84；EOGC隊列，N=80；ACRG隊列，N=30）中使用相同的模型和FDGC分型算法，結果證明了FDGC隊列的蛋白質組亞型在其他GC隊列中的穩健性。FDGC亞型與EOGC亞型或ACRG亞型之間存在顯著一致性，但FDGC亞型和BPRC亞型之間無差異，這可能是由于FDGC亞類型和EOGC亞型或ACRG亞型之間的Lauren型組成相似，而BPRC隊列僅包括彌漫型癌癥。
ACRG隊列的MSS/EMT亞型占56% G-IV亞型。研究團隊推測，MSS或EMT的特征可能與低生存率有關。在ACRG隊列和FDGC隊列中，低MSI/MSS sig與不良臨床結果顯著相關，這與先前的研究一致。MSI/MSS sig高的胃癌以氧化磷酸化為特征，而MSI/MSS-sig低的胃癌表現出細胞外基質蛋白的高表達。MSI/MSS相關免疫細胞類型（單核細胞和巨噬細胞M1）已被證明與IV期患者的臨床結果相關，表明免疫細胞類型對IV期患者預后的重要性。
05 T細胞受體信號通路在DOS和XELOX化療中發揮不同的作用
接下來對接受不同化療方案GC患者的MSI/MSS-sig與臨床結果的相關性進行研究。令人驚訝的是，DSG的MSI-sig水平高于DNSG，但XSG和XNSG之間沒有明顯差異。生存分析也表明高MSI-sig的GC患者在DOS治療中與總生存率呈正相關；而在XELOX治療中，沒有觀察到MSI/MSS-sig與臨床結果之間的差異。這些結果表明MSI-sig高的GC患者可以從DOS治療中受益，但不能從XELOX治療中受益。
GSEA分析顯示，TCR信號通路在DSG中富集，并且該通路的高激活度表示DOS亞群的預后較好；相反，在XELOX亞群中，XNSG富含TCR信號通路，高表達代表預后差。xCell分析顯示，DSG亞組富含免疫細胞如CD8+Tcm、CD8+Tem、B細胞、樹突狀細胞（cDC和iDC）；CD8+Tcm、CD8+T細胞和cDC在XNSG中富集。在這些免疫細胞中，CD8+Tcm與TCR信號通路呈正相關?？偟膩碚f，免疫調節在DOS和XELOX化療中發揮不同的作用。
單變量cox分析確定了一組涉及免疫調節的12種蛋白質（如BCL2L1、CD81、CTSE、ENAH、MRC1、ORMDL3、RAB24、REG3A和VNN1）和ERBB信號（如ERBB2、MAP2K2和PPP3CB）與DOS亞群中的無病存活率（DFS）呈正相關，而XELOX亞群中則呈負相關。在12種蛋白質中，ERBB2在XELOX亞群中是一個不良的預后因子。
06 ECM/PI3K-AKT通路的激活與抗HER2靶向治療的耐藥性相關
為了研究抗HER2靶向治療敏感或非敏感反應的功能特征和分子標記，對HSG和HNSG進行了進一步的比較分析。KEGG通路富集分析表明HSG具有TCR信號通路等特征。而HNSG以ECM受體相互作用、PI3K-AKT途徑等為特征。此外，ECM與臨床結果呈負相關。GSE77346的基因表達譜數據分析顯示及體外驗證實驗表明抑制PI3K-AKT與抗HER2治療聯合存在潛在的協同效應。
07 GC化療和靶向治療預測模型的構建和驗證
接下來比較S過表達和NS過表達蛋白質組是否能夠區分敏感GC患者和非敏感GC患者對DOS治療、XELOX治療、抗HER2治療或聯合化療的反應。分別分析了DSG（N=22）和DNSG（N=2 2）、XSG（N=27）和XNSG（N=42）、HSG（N=32）和HNSG（N=37），在DOS、XELOX和HER2亞群中發現234、278和194個差異表達蛋白（DEP）?；贒SG/DNSG-sig（N=6）、XSG/XNSG-sig（N=14）、HSG/HNSG-sig（N=12），我們對訓練集進行了10倍交叉驗證，得到了三個具有高靈敏度（真陽性率）的預測模型(≥89%）和特異性（真陰性率）(≥88%）。應用于獨立測試集時，三種預測模型分別實現了89%、93%和100%的高準確率。通過PRM分析，在一個獨立隊列中驗證了不同療法（包括DOS、XELOX和抗HER2）中標志蛋白的預測能力。此外，XSG/XNSG sig模型也在外部臨床注釋的BPRC DGC隊列中得到了驗證。
08 CTSE的過度表達通過穩定微管協同增強多西紫杉醇的敏感性
基于蛋白質組亞型分析，研究團隊發現細胞內蛋白酶，如組織蛋白酶E（CTSE）在G-III亞型中過表達，對DOS有反應，但對XELOX治療無反應；在隨后的DOS和XELOX亞群的差異分析中進一步驗證了該結果。綜上所述，CTSE的表達水平與患者對DOS的化療敏感性呈正相關。CTSE的過表達和DOC處理協同降低了微管組裝生物過程中涉及的蛋白質的表達水平，對DOS治療有積極反應。
09 TKTL1的過度表達通過誘導異常染色體分離降低了對多西紫杉醇的敏感性
轉酮酶樣-1（TKTL1）是戊糖磷酸途徑非氧化部分中的限速酶，已被證明可促進致癌和細胞增殖。與CTSE相反，TKTL1的水平與DOS治療呈負相關。體外實驗證實DOC可誘導MKN45細胞系中的G2/M阻滯，并促進細胞凋亡；然而，在DOC治療后，TKTL1的過度表達減輕了G2/M阻滯并減少了細胞凋亡。TKTL1通過引起異常染色體分離和DNA非整倍體而促進DOC處理的細胞存活。最后，我們提出了一個模型，其中CTSE通過微管穩定效應作為DOC化學敏感性的細胞內增強劑，而TKTL1通過誘導異常染色體分離作為衰減劑。
研究結論
研究團隊對206例接受化療或抗HER2治療的GC患者FFPE腫瘤組織的蛋白質組進行了分析。基于蛋白質組的分類揭示了與不同臨床和分子特征相關的四種亞型。高MSI-sig的GC患者受益于多西紫杉醇聯合治療，并伴隨抗癌免疫反應。進一步研究表明，高T細胞受體信號傳導的患者對基于HER2的治療有反應；而細胞外基質/PI3K-AKT通路的激活損害曲妥珠單抗的抗腫瘤作用。CTSE作為多西紫杉醇化療敏感性的細胞內增強劑發揮作用，而TKTL1作為衰減劑發揮作用。最后，我們開發了預測治療反應的高精度預后模型，并在獨立驗證隊列中進一步驗證。本研究為研究胃癌化療和靶向治療的機制和指標提供了豐富的資源。
吉凱基因憑借多年在靶標篩選及驗證服務領域的技術積累，建立的標準化 、工程化 、系統化的GRP平臺，為中國研究型醫生提供科研服務，加快科研成果轉化。其中，多組學平臺包含蛋白質組學平臺和高通量測序平臺：
·蛋白質組學平臺擁有多臺timsTOF Pro、Exploris 480高精度質譜儀，專業的Spectronaut Plusar、Mascot等分析軟件，提供專業的4D、DIA、TMT、PRM、磷酸化修飾組、olink蛋白質組等檢測服務，強大的機器學習算法、IPA分析、蛋白基因組分析服務，系統的生物標志物、分子分型、藥物靶點、基因功能研究等解決方案，真正讓廣大研究型醫生的科研工作更省心、更省力、更高效；
·高通量測序平臺分為常規測序服務和單細胞測序服務：單細胞測序擁有10x和BD兩個平臺，提供單細胞RNA-seq、單細胞核測序、單細胞混樣RNA-seq、單細胞TCR/BCR、單細胞（RNA+ATAC）、空間轉錄組測序等服務；常規測序服務提供meRIP-seq（m6A/m1A/m7G/m5C 等RNA甲基化修飾測序）、acRIP-seq（ac4C RNA乙?；揎棞y序）、ATAC-seq、Ribo-seq（翻譯組測序） 、mRNA/miRNA/LncRNA/circRNA-seq、全轉錄組測序（兩文庫/三文庫）、外泌體miRNA/LncRNA-seq、WGS/WES、WGBS、RRBS、BSAS等服務。
01 胃癌隊列：胃癌患者對化療和靶向治療的反應
為了研究與化療和靶向治療反應相關的蛋白質組模式，研究團隊收集了206例接受DOS治療（DOS亞組，N=44）、XELOX治療（XELOX亞組，N=70）或抗HER2治療（HER2亞組，N=71）的GC患者。另外21名患者被分配為“其他患者”，其中3名患者接受了阿帕替尼或多西紫杉醇治療，18名患者沒有化療信息。對206名化療前的GC患者的福爾馬林固定石蠟包埋（FFPE）組織進行蛋白質組學分析。參與研究的所有患者的基線臨床特征顯示，DOS、XELOX和HER2亞組在性別、年齡、年級和Lauren類型方面沒有基線差異。生存分析顯示，敏感組（S，N=79）的生存率高于非敏感組（NS，N=97）。
02 胃癌隊列的蛋白質組學分析
研究團隊采用每兩天測量一次HEK293T細胞裂解物作為質量控制標準，QC樣本間的平均相關系數為0.964，證明了MS平臺的一致穩定性。蛋白質組學檢測結果顯示，所有患者樣本中共鑒定出12519個基因產物（GP）（N=206），每個樣品產生6369–8119個基因產物。在DOS、XELOX和HER2亞群中分別鑒定出10496個GP、10766個GP和10920個GP。主成分分析（PCA）顯示DOS、XELOX和HER2亞群之間沒有批次效應。在S（11258 GPs）和NS（11388 GPs）之間的蛋白質組覆蓋率沒有觀察到顯著差異。
03 GC隊列的蛋白質組分型及其與治療反應的關系
基于1000個最可變蛋白質，對206例樣本進行一致性聚類分析，分成四種亞型：G-I（N=29）、G-II（N=60）、G-III（N=97）和G-IV（N=20），并與生存率有顯著相關性，其中G-IV亞型總體生存率最差。排除隨訪失敗的患者后，僅對179名患者進行了相同的一致性聚類分析，結果顯示206例樣品和179例樣品的兩個蛋白質組亞型系統之間高度一致。從G-I到G-IV，化療和靶向治療反應表現出逐漸的耐藥性現象，G-IV預后最差。此外，蛋白質組亞型與治療亞群或TNM分期之間的明顯關聯，但在分級、Lauren類型、原發部位或腫瘤純度方面均未觀察到這種關聯。總的來說，這些結果證明了蛋白質組亞型與治療反應和預后之間的密切聯系，并支持其在蛋白質組水平上的可靠性。
G-I亞型以內吞作用為主，一組內吞相關蛋白，如DNM2、EPS15、WIPF1、ACAP2和CHMP6，與總存活率呈正相關。在G-II亞型中，觀察到糖酵解/糖異生和泛酸/CoA生物合成顯著富集。在G-III亞型中，溶酶體酸性水解酶蛋白酶（如CTSA、CTSB、CTSC和CTSE）和合成溶酶體酶（如CLTA、CLTB、GGA1和AP1S2）顯著富集。與其他三種亞型相比，G-IV亞型以ECM受體相互作用、局部粘附、補體/凝血級聯和PI3K-AKT信號通路為特征，其中ECM受體相互作用通路的激活表明預后較差。
G-IV亞型中THSD4的高表達與不良預后顯著相關。體外實驗進一步證實THSD4過表達降低了化療藥物（包括多西紫杉醇、奧沙利鉑和5-FU）的抗腫瘤作用。在一個60名接受化療或基于抗HER2治療的獨立隊列中，基于PRM技術的靶向定量結果顯示ECM蛋白在DNSG中的表達高于DSG?？偟膩碚f，結果表明細胞外基質蛋白的高表達與耐藥性相關，這些細胞外基質蛋白質可以作為預測化療反應的指標。
04 胃癌的MSS/MSI狀態與腫瘤免疫微環境和治療耐藥性相關
為了進一步測試復旦GC隊列（FDGC）的蛋白質組分型算法在其他GC隊列中是否可行，研究團隊在三個獨立的GC患者隊列（BPRC隊列，N=84；EOGC隊列，N=80；ACRG隊列，N=30）中使用相同的模型和FDGC分型算法，結果證明了FDGC隊列的蛋白質組亞型在其他GC隊列中的穩健性。FDGC亞型與EOGC亞型或ACRG亞型之間存在顯著一致性，但FDGC亞型和BPRC亞型之間無差異，這可能是由于FDGC亞類型和EOGC亞型或ACRG亞型之間的Lauren型組成相似，而BPRC隊列僅包括彌漫型癌癥。
ACRG隊列的MSS/EMT亞型占56% G-IV亞型。研究團隊推測，MSS或EMT的特征可能與低生存率有關。在ACRG隊列和FDGC隊列中，低MSI/MSS sig與不良臨床結果顯著相關，這與先前的研究一致。MSI/MSS sig高的胃癌以氧化磷酸化為特征，而MSI/MSS-sig低的胃癌表現出細胞外基質蛋白的高表達。MSI/MSS相關免疫細胞類型（單核細胞和巨噬細胞M1）已被證明與IV期患者的臨床結果相關，表明免疫細胞類型對IV期患者預后的重要性。
05 T細胞受體信號通路在DOS和XELOX化療中發揮不同的作用
接下來對接受不同化療方案GC患者的MSI/MSS-sig與臨床結果的相關性進行研究。令人驚訝的是，DSG的MSI-sig水平高于DNSG，但XSG和XNSG之間沒有明顯差異。生存分析也表明高MSI-sig的GC患者在DOS治療中與總生存率呈正相關；而在XELOX治療中，沒有觀察到MSI/MSS-sig與臨床結果之間的差異。這些結果表明MSI-sig高的GC患者可以從DOS治療中受益，但不能從XELOX治療中受益。
GSEA分析顯示，TCR信號通路在DSG中富集，并且該通路的高激活度表示DOS亞群的預后較好；相反，在XELOX亞群中，XNSG富含TCR信號通路，高表達代表預后差。xCell分析顯示，DSG亞組富含免疫細胞如CD8+Tcm、CD8+Tem、B細胞、樹突狀細胞（cDC和iDC）；CD8+Tcm、CD8+T細胞和cDC在XNSG中富集。在這些免疫細胞中，CD8+Tcm與TCR信號通路呈正相關?？偟膩碚f，免疫調節在DOS和XELOX化療中發揮不同的作用。
單變量cox分析確定了一組涉及免疫調節的12種蛋白質（如BCL2L1、CD81、CTSE、ENAH、MRC1、ORMDL3、RAB24、REG3A和VNN1）和ERBB信號（如ERBB2、MAP2K2和PPP3CB）與DOS亞群中的無病存活率（DFS）呈正相關，而XELOX亞群中則呈負相關。在12種蛋白質中，ERBB2在XELOX亞群中是一個不良的預后因子。
06 ECM/PI3K-AKT通路的激活與抗HER2靶向治療的耐藥性相關
為了研究抗HER2靶向治療敏感或非敏感反應的功能特征和分子標記，對HSG和HNSG進行了進一步的比較分析。KEGG通路富集分析表明HSG具有TCR信號通路等特征。而HNSG以ECM受體相互作用、PI3K-AKT途徑等為特征。此外，ECM與臨床結果呈負相關。GSE77346的基因表達譜數據分析顯示及體外驗證實驗表明抑制PI3K-AKT與抗HER2治療聯合存在潛在的協同效應。
07 GC化療和靶向治療預測模型的構建和驗證
接下來比較S過表達和NS過表達蛋白質組是否能夠區分敏感GC患者和非敏感GC患者對DOS治療、XELOX治療、抗HER2治療或聯合化療的反應。分別分析了DSG（N=22）和DNSG（N=2 2）、XSG（N=27）和XNSG（N=42）、HSG（N=32）和HNSG（N=37），在DOS、XELOX和HER2亞群中發現234、278和194個差異表達蛋白（DEP）?；贒SG/DNSG-sig（N=6）、XSG/XNSG-sig（N=14）、HSG/HNSG-sig（N=12），我們對訓練集進行了10倍交叉驗證，得到了三個具有高靈敏度（真陽性率）的預測模型(≥89%）和特異性（真陰性率）(≥88%）。應用于獨立測試集時，三種預測模型分別實現了89%、93%和100%的高準確率。通過PRM分析，在一個獨立隊列中驗證了不同療法（包括DOS、XELOX和抗HER2）中標志蛋白的預測能力。此外，XSG/XNSG sig模型也在外部臨床注釋的BPRC DGC隊列中得到了驗證。
08 CTSE的過度表達通過穩定微管協同增強多西紫杉醇的敏感性
基于蛋白質組亞型分析，研究團隊發現細胞內蛋白酶，如組織蛋白酶E（CTSE）在G-III亞型中過表達，對DOS有反應，但對XELOX治療無反應；在隨后的DOS和XELOX亞群的差異分析中進一步驗證了該結果。綜上所述，CTSE的表達水平與患者對DOS的化療敏感性呈正相關。CTSE的過表達和DOC處理協同降低了微管組裝生物過程中涉及的蛋白質的表達水平，對DOS治療有積極反應。
09 TKTL1的過度表達通過誘導異常染色體分離降低了對多西紫杉醇的敏感性
轉酮酶樣-1（TKTL1）是戊糖磷酸途徑非氧化部分中的限速酶，已被證明可促進致癌和細胞增殖。與CTSE相反，TKTL1的水平與DOS治療呈負相關。體外實驗證實DOC可誘導MKN45細胞系中的G2/M阻滯，并促進細胞凋亡；然而，在DOC治療后，TKTL1的過度表達減輕了G2/M阻滯并減少了細胞凋亡。TKTL1通過引起異常染色體分離和DNA非整倍體而促進DOC處理的細胞存活。最后，我們提出了一個模型，其中CTSE通過微管穩定效應作為DOC化學敏感性的細胞內增強劑，而TKTL1通過誘導異常染色體分離作為衰減劑。
研究結論
研究團隊對206例接受化療或抗HER2治療的GC患者FFPE腫瘤組織的蛋白質組進行了分析。基于蛋白質組的分類揭示了與不同臨床和分子特征相關的四種亞型。高MSI-sig的GC患者受益于多西紫杉醇聯合治療，并伴隨抗癌免疫反應。進一步研究表明，高T細胞受體信號傳導的患者對基于HER2的治療有反應；而細胞外基質/PI3K-AKT通路的激活損害曲妥珠單抗的抗腫瘤作用。CTSE作為多西紫杉醇化療敏感性的細胞內增強劑發揮作用，而TKTL1作為衰減劑發揮作用。最后，我們開發了預測治療反應的高精度預后模型，并在獨立驗證隊列中進一步驗證。本研究為研究胃癌化療和靶向治療的機制和指標提供了豐富的資源。
吉凱基因憑借多年在靶標篩選及驗證服務領域的技術積累，建立的標準化 、工程化 、系統化的GRP平臺，為中國研究型醫生提供科研服務，加快科研成果轉化。其中，多組學平臺包含蛋白質組學平臺和高通量測序平臺：
·蛋白質組學平臺擁有多臺timsTOF Pro、Exploris 480高精度質譜儀，專業的Spectronaut Plusar、Mascot等分析軟件，提供專業的4D、DIA、TMT、PRM、磷酸化修飾組、olink蛋白質組等檢測服務，強大的機器學習算法、IPA分析、蛋白基因組分析服務，系統的生物標志物、分子分型、藥物靶點、基因功能研究等解決方案，真正讓廣大研究型醫生的科研工作更省心、更省力、更高效；
·高通量測序平臺分為常規測序服務和單細胞測序服務：單細胞測序擁有10x和BD兩個平臺，提供單細胞RNA-seq、單細胞核測序、單細胞混樣RNA-seq、單細胞TCR/BCR、單細胞（RNA+ATAC）、空間轉錄組測序等服務；常規測序服務提供meRIP-seq（m6A/m1A/m7G/m5C 等RNA甲基化修飾測序）、acRIP-seq（ac4C RNA乙?；揎棞y序）、ATAC-seq、Ribo-seq（翻譯組測序） 、mRNA/miRNA/LncRNA/circRNA-seq、全轉錄組測序（兩文庫/三文庫）、外泌體miRNA/LncRNA-seq、WGS/WES、WGBS、RRBS、BSAS等服務。