MetaboLights是歐洲生物信息學研究所(EMBL-EBI)第一個用于跨平臺和跨物種代謝組學研究的通用、開放存取的數據庫。MetaboLights是許多期刊的推薦代謝組學資料庫。下面來分享一下代謝組學原始數據在MetaboLights

（https://www.ebi.ac.uk/metabolights/）的上傳方法。

01 MetaboLights賬號申請

?02 提示注冊成功，去郵箱激活賬號

?03 登錄。點擊右上角“Login in”,進入登陸界面，輸入賬號密碼登陸

04 創建文件，點擊submit study

05 點create online

06 點create new study

07 Let’s get started

08 點 yes后再點綠色的next

09 study文件創建成功，點next

10 來到第二步上傳文件，這里有2種上傳方式，第一種更方便，點擊Aspera Upload

11 彈出下面界面，先安裝插件，點install plugin,根據提示安裝IBM數據上傳的插件，安裝成功之后才可以進行上傳

12 開始上傳，點擊upload files

13 彈出上傳數據的選項框，同時選擇要上傳的數據

14 用IBM插件上傳數據，如下所示，中途最小化插件界面并點擊close不會中斷傳輸，之后拉到頁面最下方，點擊綠色的next

15 填寫study description信息，包含關鍵詞、title、summary等，根據實際情況選擇是否有manuscript

?16 進入上面流程圖中的最后一步：填寫sample & assay details，下面的題目、作者、摘要、publication以及descriptors中的關鍵詞和factors（如劑量）等根據實際情況填寫

此網頁下方的以下7項內容請根據實際情況填寫：

?17 方法包括樣本收集、提取、色譜方法、質譜方法、數據轉換、代謝物鑒定方法，請根據實際情況填寫，示例如下：

18 填寫sample里的內容，根據實際情況增加樣本，填寫樣本名稱、物種、樣本類型等信息，示例如下。如果有factor（如性別、劑量等）也可以根據實際情況點擊factor增加列數

19 進入assay填寫界面，根據實際情況選擇下面不同的選項，選完之后點擊下方綠色按鈕。注意：如果是POS和NEG模式都采集了請分別先選positive建立一個assay，再選擇negative建立一個assay，也就是說有2個assay，色譜方法根據實際情況選擇HILIC或者反向柱如C18

Assay創建成功后，拖動最下方進度條可以查看需要填寫的內容，根據實際情況填寫儀器類型、儀器型號、數據采集極性、scan range（在我司做的非靶代謝一般是60-1000 Da）、樣本對應原始數據、對應derived數據等信息。

?20 進入Metabolites填寫，可以點擊upload上傳可自動識別的txt（EXCEL打開進行編寫）文件File:m_MTBLS2788_LC-MS___metabolite_profiling-1_v2_maf.tsv進行批量填寫，這個文件可在這個網頁上下載下來然后填寫關鍵信息：metabolites identification 即代謝物名稱、mass to charge即m/z、retention time (RT)、Modification即adduct形式、各個樣本對應的代謝物的定量值信息。也可以點擊“compound search”一個一個進行添加但是相對麻煩。此步驟有疑問可以觀看本文最下面的視頻鏈接進觀看，填寫示例如下：

?21 最后一步study validations，不能有紅色的Errors報錯信息，如果有報錯請根據提示回到對應位置進行填寫，之后點擊refresh刷新（有時會有幾十秒的延遲）。

22 確認無誤后，根據自己項目是否完成選擇”Submitted”或者“In Curation”，之后點擊“OK”

23 點擊綠色的時間按鈕，選擇數據釋放的時間

24 回到主界面點擊用戶名，之后點擊“My Studies”可以查看之前上傳的數據

25 在“Validation“后顯示綠色的對號時，說明數據上傳成功了。

官方教學視頻鏈接

https://www.ebi.ac.uk/metabolights/help

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