? ?臨床醫(yī)生朋友們是否還苦于寫課題文章沒有好的思路？Dr.S教你一招吃遍天，在上一期中，我們的Dr.S已經(jīng)給大家介紹了肝癌經(jīng)典有效的研究方法，今天咱們介紹一下白血病，分析一篇2017年發(fā)表在Cancer Cell（IF=23.214分）上的文章，還是用我們經(jīng)典的ABCD四要素模式來分析。這次的側(cè)重點(diǎn)依然是研究課題基因的尋找也就是后面我要講的四要素中A基因的來源。
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如何找到一個(gè)合適的基因進(jìn)行臨床和基礎(chǔ)研究，這其實(shí)是阻擾不少臨床醫(yī)生科研開展的一道門檻；不過，Dr.S會在系列講座中教給醫(yī)生朋友們?nèi)绾慰邕^這道門檻。
老生常談，我們先解讀一下題目：TRIB3 Promotes APL Progression through Stabilization of the Oncoprotein PML-RARα and Inhibition of p53-Mediated Senescence.
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發(fā)現(xiàn)了沒有，還是A基因通過B信號通路在C疾病中發(fā)揮D功能的經(jīng)典思路，今天就是要教您如何用好這4要素。
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A基因、C疾病的由來：
C疾病：本文章的研究疾病為急性早幼粒細(xì)胞白血病（APL），課題研究選題方向取決于醫(yī)生所在的領(lǐng)域。
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A基因的由來：
作者分選收集了3例正常人及3例急性髓細(xì)胞白血病（AML）患者的CD34+細(xì)胞，以此為基礎(chǔ)使用芯片進(jìn)行差異編碼基因的篩選。通過對芯片結(jié)果的注釋分析，作者最終決定聚焦在表達(dá)上調(diào)幅度排名前20的基因TRIB3進(jìn)行后續(xù)研究。回到臨床樣本上，作者發(fā)現(xiàn)TRIB3在AML的一種亞型APL患者中表達(dá)水平相較其他亞型要高很多，并且與PML-RARα（APL的分子標(biāo)志物）的表達(dá)正相關(guān)（Fig 1）。
Fig 1
Dr.S小貼士：
這篇文章給我們最大的提示是，如果醫(yī)生朋友所研究的疾病或腫瘤有很多亞型，可以先選取具有主流臨床特征的樣本通過基因芯片篩選有意義的基因，而后返回到臨床樣本中進(jìn)行驗(yàn)證以確定與該基因相關(guān)性最高的一個(gè)亞型進(jìn)行后續(xù)研究。
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D功能：
作者分別構(gòu)建了針對基因TRIB3的條件敲除和敲入鼠，檢測了APL分子標(biāo)記物PML-RARα在不同鼠中的表達(dá)情況，并取出其原發(fā)性造血祖細(xì)胞進(jìn)行克隆形成實(shí)驗(yàn)佐證結(jié)論（即基因TRIB3的表達(dá)促進(jìn)了APL的發(fā)生）（Fig2）；與此同時(shí)，對來自病人的APL細(xì)胞進(jìn)行了TRIB3干擾實(shí)驗(yàn)，并監(jiān)測其表型，進(jìn)一步對結(jié)論進(jìn)行驗(yàn)證。
Fig2
B分子機(jī)制：
機(jī)制研究方面，如文章標(biāo)題所示，分為兩個(gè)部分（Stabilization of the Oncoprotein PML-RARa 和 Inhibition of p53-Mediated Senescence），按照文章闡述順序，咱先看后面一個(gè)部分，作者干擾基因TRIB3之后，檢查P53信號通路中各因子的表達(dá)情況，發(fā)現(xiàn)P53被激活了（Fig3）， 進(jìn)而實(shí)施TRIB3和P53雙干擾聯(lián)合實(shí)驗(yàn)，證明了TRIB3促進(jìn)APL的過程確實(shí)與P53有關(guān)。
對于另一部分，在文章前期結(jié)果中作者已經(jīng)證明了TRIB3是通過抑制PML-RARα/PML的泛素化水平來調(diào)節(jié)其表達(dá)的，而后通過Co-IP驗(yàn)證了TRIB3與PML-RARa/PML有直接相互作用（Fig4），并尋找到TRIB3在PML上的作用位點(diǎn)，進(jìn)而深入研究此位點(diǎn)與兩者相互作用之間的關(guān)系。
Fig 3
Fig 4
好了，一篇漂亮又嚴(yán)謹(jǐn)?shù)墓适戮瓦@么產(chǎn)生了，TRIB3通過提高PML-RARα的穩(wěn)定性（抑制泛素化）促進(jìn)急性早幼粒細(xì)胞白血病的進(jìn)展。
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文章解讀小結(jié)：
1. 要發(fā)表高分的SCI文章，ABCD模式一招鮮吃遍天，發(fā)現(xiàn)A基因（轉(zhuǎn)錄組測序，表達(dá)譜芯片或者蛋白質(zhì)組學(xué)篩選），闡述其在C疾病中的D功能：細(xì)胞學(xué)功能和動物模型；以及B信號通路：分子機(jī)制(上游+下游)、功能回復(fù)實(shí)驗(yàn)。
2. 對于待研基因，闡述其在某種疾病中的功能：臨床相關(guān)性、細(xì)胞學(xué)功能、分子機(jī)制(上游+下游)、信號通路、功能恢復(fù)實(shí)驗(yàn)、動物模型、實(shí)驗(yàn)結(jié)論的臨床回顧，關(guān)鍵在于“新基因”—新疾病—新機(jī)制。
根據(jù)吉凱基因的經(jīng)驗(yàn)，從樣本出發(fā)芯片，測序，質(zhì)譜方法高通量篩選新功能基因的概率大約在10%左右，想要篩選驗(yàn)證得到一個(gè)新功能基因的難度非常大。吉凱基因歷經(jīng)3年，斥資上億，已完成近6000個(gè)腫瘤相關(guān)基因的功能學(xué)篩選，從中找到明確的腫瘤功能標(biāo)志基因若干，等待您來尋寶～～～
老師您如果做過腫瘤研究相關(guān)的表達(dá)譜芯片/測序/質(zhì)譜篩選獲得了很多有意義的數(shù)據(jù)，可以聯(lián)系我們，我們也可以幫助您分析篩選具有創(chuàng)新性的新關(guān)鍵功能基因。
文末福利
2017影響因子已經(jīng)發(fā)布，小編精心整理了生物、醫(yī)學(xué)領(lǐng)域的數(shù)據(jù)，在公眾號內(nèi)回復(fù) 「SCI」下載吧~
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長按加關(guān)注