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客戶文章集錦 | 轉(zhuǎn)錄-蛋白聯(lián)合分析碩果累累

作者：上海中科新生命生物科技有限公司 2021-12-25T18:31 (訪問(wèn)量:5478)

生物學(xué)現(xiàn)象復(fù)雜多變，基因表達(dá)調(diào)控復(fù)雜，傳統(tǒng)單一層面的組學(xué)研究比如基因組，轉(zhuǎn)錄組，蛋白組，代謝組等研究手段能夠在一定程度上對(duì)特揭示遺傳信息、蛋白功能或代謝通路進(jìn)行闡釋。但是，僅通過(guò)單一組學(xué)數(shù)據(jù)很難對(duì)復(fù)雜的生物網(wǎng)絡(luò)調(diào)控進(jìn)行更加系統(tǒng)性更全面的解釋，不足以解釋遺傳信息表達(dá)調(diào)控的傳遞鏈條。

轉(zhuǎn)錄組學(xué)和蛋白質(zhì)組學(xué)都是用來(lái)檢測(cè)基因在不同分子層面的表達(dá)水平，有越來(lái)越多的科研工作者選擇以轉(zhuǎn)錄組+蛋白質(zhì)組聯(lián)合的方式去研究基因表達(dá)調(diào)控機(jī)制。【中科新生命】自發(fā)布轉(zhuǎn)錄-蛋白聯(lián)合分析產(chǎn)品以來(lái)，獲得廣大科研工作者的青睞，收獲頗豐。下面就分享幾篇轉(zhuǎn)錄-蛋白聯(lián)合分析的客戶文章，希望能幫助各位小伙伴們開啟新的科研思路，助力新的發(fā)現(xiàn)~

01 轉(zhuǎn)錄-蛋白聯(lián)合研究氧化鋅暴露造成神經(jīng)毒性的分子機(jī)制

文章名稱：Intranasal exposure to ZnO nanoparticles induces alterations incholinergic neurotransmission in rat brain

發(fā)表期刊：《Nano Today》

合作單位：中國(guó)科學(xué)院生態(tài)環(huán)境研究中心

研究簡(jiǎn)介：

納米技術(shù)的出現(xiàn)引發(fā)了從機(jī)器到藥物的新型商業(yè)產(chǎn)品浪潮，帶來(lái)了深遠(yuǎn)的社會(huì)和經(jīng)濟(jì)效益。與此同時(shí)，由于人類接觸納米粒子 (NPs) 的前所未有的途徑，潛在的人類健康風(fēng)險(xiǎn)越來(lái)越引起人們的關(guān)注。全面了解 NPs 的毒性可以帶來(lái)更安全的設(shè)計(jì)，并減少 NPs 的副作用或意外后果。研究表明吸入氧化鋅納米顆粒（NPs）會(huì)造成神經(jīng)毒性，但其分子機(jī)制尚不清楚。本研究將大鼠分別暴露于氧化鋅及硫酸鋅，并通過(guò)影像學(xué)、轉(zhuǎn)錄-蛋白質(zhì)多組學(xué)揭示了氧化鋅暴露造成神經(jīng)毒性的分子機(jī)制，為安全設(shè)計(jì)氧化鋅納米顆粒提供了依據(jù)。

聯(lián)合分析展示：

轉(zhuǎn)錄-蛋白數(shù)據(jù)揭示膽堿能神經(jīng)傳遞在氧化鋅暴露神經(jīng)毒性中起到重要作用

02 轉(zhuǎn)錄-蛋白多組學(xué)聯(lián)合分析人參皂苷的抗癌活性

文章名稱：20(S)-protopanaxatriol promotes the binding of P53 and DNA to regulate the antitumor network via multiomic analysis

發(fā)表期刊：《Acta Pharmaceutica Sinica B》

合作單位：南開大學(xué)

研究簡(jiǎn)介：

盡管已知腫瘤抑制因子 P53 可調(diào)節(jié)廣泛的信號(hào)通路網(wǎng)絡(luò)，但仍不清楚某些藥物如何影響這些 P53 信號(hào)通路網(wǎng)絡(luò)。人參皂苷是一種傳統(tǒng)中藥，人參的活性成分已被證明可有效治療多種癌癥疾病。然而，人參的傳統(tǒng)用法往往涉及多種草藥的多種成分，因此，人參的作用機(jī)制模糊不清，難以辨別。與宿主蛋白相互作用用于癌癥治療的特定人參皂苷成分仍然未知。在這項(xiàng)研究中，作者使用轉(zhuǎn)錄組和蛋白組等多組學(xué)分析揭示 P53 蛋白是影響人參皂苷抗腫瘤活性的潛在關(guān)鍵靶點(diǎn)。該結(jié)果不僅為驗(yàn)證靶蛋白和篩選復(fù)雜混合物的活性成分提供了新的策略，而且發(fā)現(xiàn)了促進(jìn)P53與DNA相互作用的有力成分，推動(dòng)了P53相關(guān)疾病的治療。

聯(lián)合分析展示：

轉(zhuǎn)錄-蛋白聯(lián)合分析揭示人參皂苷的抗腫瘤活性與 P53 密切相關(guān)

03 轉(zhuǎn)錄組+蛋白質(zhì)組聯(lián)合助力生理分子機(jī)制研究

文章名稱：Integrative transcriptome and proteome analyses provide new insights into different stages of Akebia trifoliata fruit cracking during ripening

發(fā)表期刊：《Biotechnol Biofuels》

合作單位：中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院麻類研究所

研究簡(jiǎn)介：

三葉木通是一種重要的油料經(jīng)濟(jì)作物。然而，在果實(shí)成熟的過(guò)程中往往會(huì)出現(xiàn)開裂的情況，從而更易造成病蟲害導(dǎo)致減產(chǎn)。為了研究果實(shí)開裂的分子機(jī)制，研究團(tuán)隊(duì)采用了細(xì)胞器形態(tài)學(xué)觀察、轉(zhuǎn)錄組學(xué)+蛋白質(zhì)組學(xué)聯(lián)合分析、靶向蛋白質(zhì)組驗(yàn)證（PRM）的研究手段，發(fā)現(xiàn)：(1) 在開裂的果實(shí)中，它們的細(xì)胞壁會(huì)在前期變薄及更松散；(2) 轉(zhuǎn)錄+蛋白質(zhì)組聯(lián)合分析顯示：細(xì)胞壁代謝相關(guān)基因，例如果膠裂解酶、果膠酯酶、β-半乳糖苷酶等在開裂果實(shí)中顯著上調(diào)；本次研究成果為三葉木通的分子育種提供了有用的分子機(jī)制基礎(chǔ)。

聯(lián)合分析展示：

轉(zhuǎn)錄-蛋白鑒定參與果實(shí)破裂的潛在基因/蛋白質(zhì)

04 轉(zhuǎn)錄組+蛋白組聯(lián)合揭秘枇杷花的發(fā)育機(jī)制

文章名稱：An Integrative Analysis of Transcriptome, Proteome and Hormones Reveals Key Dierentially Expressed Genes and Metabolic Pathways Involved in Flower Development in Loquat

發(fā)表期刊：《International Journal of Molecular Sciences》

合作單位：西南大學(xué)

研究簡(jiǎn)介：

枇杷是薔薇科重要的熱帶和亞熱帶果樹樹種，其生殖發(fā)育是一個(gè)不受冬季休眠干擾的連續(xù)過(guò)程，幾乎所有生長(zhǎng)在枇杷樹上的枝都是開花的枝，而圓錐花序的數(shù)量幾乎每年保持不變。因此，研究枇杷花發(fā)育的調(diào)控機(jī)制有助于更好地了解薔薇科植物的開花過(guò)程。本研究從花芽分化(FBD)、花芽伸長(zhǎng)(FBE)和花開花(FA)三個(gè)方面，使用轉(zhuǎn)錄組和蛋白質(zhì)組測(cè)序，通過(guò)對(duì)一些關(guān)鍵的DEGs、代謝途徑和內(nèi)源激素的分析，揭示了關(guān)鍵的開花基因和代謝途徑。為進(jìn)一步闡明枇杷和其他薔薇科植物的花發(fā)育機(jī)制提供了豐富的序列資源。

聯(lián)合分析展示：

轉(zhuǎn)錄-蛋白數(shù)據(jù)表明淀粉和蔗糖代謝相關(guān)基因在花發(fā)育過(guò)程中起著關(guān)鍵作用

05 轉(zhuǎn)錄-蛋白組學(xué)聯(lián)合揭示壇紫菜抗逆機(jī)制

文章名稱：Multi-omics responses of red algae Pyropia haitanensis to intertidal desiccation during low tides

發(fā)表期刊：《Algal Research》

合作單位：上海海洋大學(xué)

研究簡(jiǎn)介：

紫菜，因其獨(dú)特的風(fēng)味而在世界范圍內(nèi)廣受歡迎。近年來(lái)，海水養(yǎng)殖場(chǎng)經(jīng)常遇到被稱為“溫度回升”的異常天氣，期間急劇升高和持續(xù)的高溫（28～30℃）顯著抑制了壇紫菜生長(zhǎng)，導(dǎo)致其產(chǎn)量下降。因此，迫切需要建立壇紫菜分子育種體系以加快育種進(jìn)程和效率，其中抗逆分子機(jī)制分析和抗逆基因篩選是關(guān)鍵步驟。在本研究中，使用轉(zhuǎn)錄組和蛋白質(zhì)組分析確定葉狀體對(duì)單重干燥脅迫 (SS) 和干燥、高溫和強(qiáng)光三重脅迫 (TS) 的多組學(xué)響應(yīng)。該研究結(jié)果為提高對(duì)全球變暖引起的非生物脅迫的抗性的品種的育種策略提供了寶貴的見(jiàn)解。

聯(lián)合分析展示：

轉(zhuǎn)錄-蛋白數(shù)據(jù)揭示壇紫菜響應(yīng)脅迫的分子機(jī)制

轉(zhuǎn)錄-蛋白強(qiáng)強(qiáng)聯(lián)合

◆ 兩組學(xué)數(shù)據(jù)信息互補(bǔ)，對(duì)生物體特定狀態(tài)下的生理機(jī)制進(jìn)行全方位解析；

◆ 分析同一基因轉(zhuǎn)錄水平和翻譯水平的變化，全面挖掘關(guān)鍵基因表達(dá)調(diào)控機(jī)制；

◆ 轉(zhuǎn)錄組可以為蛋白組提供更完整的數(shù)據(jù)庫(kù)，提高蛋白鑒定數(shù)目和質(zhì)量。

轉(zhuǎn)錄-蛋白聯(lián)合分析流程圖

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