在單細胞研究中，對所有細胞進行主分群后，研究人員往往會拿出1-3個作者關注的細胞群進行細分，進而對問題進行更細致的探索。鑒于巨噬細胞的重要功能，往往也會成為細分的對象。在這里，小編以兩篇文章為例，帶大家看下單細胞文章里如何對巨噬細胞進行亞分群。
案例一
題目：Single-cell analysis reveals cell communication triggered bymacrophages associated with the reduction and exhaustion of CD8+ T cells in COVID-19
研究目的：由SARS-Cov-2引起的COVID-19的爆發已成為一場持續的大流行。了解由多種細胞類型組成的呼吸道免疫微環境以及基于配體-受體相互作用的細胞通訊對于開發疫苗、探索COVID-19發病機制和改善大流行控制措施至關重要
樣本信息：3例中度、6例重度COVID-19患者和3例健康對照，樣本類型為支氣管肺泡灌洗液
結果：這些細胞為分為6大群，巨噬細胞、單核細胞/樹突狀細胞、T細胞、自然殺傷細胞、漿細胞和上皮細胞（圖1a）。與對照和中度樣品相比，重度樣品中T細胞數量比例顯著降低，而NK細胞在重度樣品中升高（圖1b）。
接下來，作者集中探索了巨噬細胞對SARS-Cov-2感染應答的轉錄異質性。巨噬細胞被分為六類，Res-like Mac (HLA-DR+ITGAM?CD68low)，pro-inflammatory Mac (CD68+ITGAM?CSF1R?CCL2+), and M0 Mac (CD68+CD163lowITGAM+), M1 Mac (CD68+ITGAM+CCL2+)，M2 Mac -(C1QA+CCL18+)和TREM2high（圖1d, f）。
比較發現，重癥COVID-19患者富集了Res-like Mac、M1 Mac和pro-inflammatory Mac。正常對照中M2 Mac和M0 Mac顯著富集。TREM2high在中度組中占比最高（圖1e）。
圖1.總支氣管肺泡灌洗液免疫（BAI）細胞群及巨噬細胞亞群
案例二
題目：Dissecting the microenvironment around biosynthetic scaffolds in murine skin wound healing
研究目的：研究人員制作了三種表面形貌的電紡膜，將其引入小鼠和大鼠背部皮膚切除傷口，并評估其對傷口愈合和免疫調節特性的影響
樣本信息：4例aligned形態電紡膜處理后的小鼠，4例對照
結果：這些單細胞被分為12個主要的細胞類別：角質形成細胞（KER）、成纖維細胞（FIB）、皮脂細胞（SEB）、平滑肌細胞（SMC）、內皮細胞（EC）、許旺細胞（SC）、黑素細胞（MEL）、先天性淋巴樣細胞（ILC）、單核細胞-巨噬細胞（MAC）、T細胞（TC）、中性粒細胞（NEU）和樹突狀細胞（DC）。每個細胞簇的標記基因顯示在熱圖中。
對巨噬細胞進行的亞分群確定了4個子集（圖2c）?？寡谆颍–cl8、Folr2、C1qa和Mrc1）增加的亞群被命名為anti-inflammatory macrophages (AIM)，以促炎基因（Ptgs2、Ccl3、Inhba和Nos2）表達升高為特征的亞群被命名為proinflammatory macrophages (PIM)。單核細胞（Mono）亞群顯示較高的Ly6c2、Plac8、Cd14和Clec4e，表明對病變和微生物的炎癥反應。CytiphiH2-Eb 1hi細胞亞群定義為單核細胞來源的DC（MDC）。這種分類與巨噬細胞常規分類M1和M2的標記基因不完全一致。
圖2.總細胞群及巨噬細胞亞群
通過對比以上兩篇文章我們不難發現，相較于主分群，亞分群的細胞類型定義個性化更強，具體如何劃分，還是要結合實際問題具體分析。
【參考文獻】
1.He L, Zhang Q, Zhang Y, et al. Single-cell analysis reveals cell communication triggered by macrophages associated with the reduction and exhaustion of CD8+ T cells in COVID-19[J]. Cell Communication and Signaling, 2021, 19(1): 1-18.
2.Hu C, Chu C, Liu L, et al. Dissecting the microenvironment around biosynthetic scaffolds in murine skin wound healing[J]. Science advances, 2021, 7(22): eabf0787.