細(xì)胞是蛋白質(zhì)組學(xué)實(shí)驗(yàn)中非常常見的樣本之一，但是經(jīng)APT實(shí)驗(yàn)猿鑒定認(rèn)證后，得出一個(gè)結(jié)論，那就是越是常見的樣本，越容易出現(xiàn)一些“白白”的問題，特別是在樣本制備的過程中。這樣不僅拖延了實(shí)驗(yàn)的時(shí)間，增加了實(shí)驗(yàn)成本，還浪費(fèi)了實(shí)驗(yàn)猿的感情（西施捧心狀）。
當(dāng)“細(xì)胞樣本君”來到APT實(shí)驗(yàn)室，卻……
APT實(shí)驗(yàn)猿：客戶又送來一個(gè)沒有本地預(yù)處理的哺乳細(xì)胞樣本，囧o(╯□╰)o！
小白（也不知道是從哪蹦出來的）：怎么啦，哺乳動物的細(xì)胞樣本需要本地預(yù)處理嗎？
APT實(shí)驗(yàn)猿：是啊。哺乳動物的細(xì)胞樣本比較敏感，萬一在寄送過程中，低溫環(huán)境不夠穩(wěn)定，也許細(xì)胞內(nèi)的蛋白狀態(tài)會變化啦，實(shí)驗(yàn)結(jié)果可能難以反映真實(shí)的樣本狀態(tài)，可能會導(dǎo)致最終的實(shí)驗(yàn)結(jié)果有問題哦。
小白：有這么大的風(fēng)險(xiǎn)啊，怎么辦？
APT實(shí)驗(yàn)猿：建議重新送樣咯，而且記住要本地先處理一下哦。處理方式是：收集的細(xì)胞沉淀用SDT（4% SDS，100mM Tris-HCl，1mM DTT，pH7.6）裂解，然后沸水浴5-10min，低溫保存并寄送即可啦，我們會再做進(jìn)一步的處理和提取。
小白：這樣啊。那我上次處理了一個(gè)細(xì)菌樣本，客戶送的是沒有處理過的菌體沉淀，這個(gè)會不會有問題啊？
吐槽聲：噓……你什么時(shí)候處理過細(xì)菌樣本啦？？？？
APT實(shí)驗(yàn)猿：別擔(dān)心，細(xì)菌、真菌的細(xì)胞樣本相對哺乳動物細(xì)胞更穩(wěn)定，通常可以以細(xì)胞沉淀的形式進(jìn)行保存和寄送。但是不要送細(xì)胞懸液，因?yàn)榧?xì)胞懸液凍融后，再進(jìn)行細(xì)胞離心等操作，細(xì)胞的狀態(tài)可能有所改變，而且也許會發(fā)生細(xì)胞破裂，導(dǎo)致蛋白丟失。
重新送樣之后……
APT實(shí)驗(yàn)猿：客戶這次送來的樣本是經(jīng)過預(yù)處理了，但是怎么這么紅啊？！
小白：是很紅啊，有什么問題么？
APT實(shí)驗(yàn)猿（柯南附體）：我推測客戶收集細(xì)胞樣本時(shí)，沒有用PBS反復(fù)洗滌，導(dǎo)致培養(yǎng)基成分有較多殘留，所以很紅。
小白：培養(yǎng)基殘留會有什么影響么？
APT實(shí)驗(yàn)猿：如果細(xì)胞培養(yǎng)時(shí)采用的是有血清的培養(yǎng)條件，當(dāng)培養(yǎng)基中的成分沒有處理干凈時(shí)，其中血清成分就會殘留于細(xì)胞樣本中。而通常細(xì)胞培養(yǎng)采用的血清濃度都是非常高的，殘留的血清成分就會成為細(xì)胞蛋白提取液中的高豐度蛋白。質(zhì)譜在進(jìn)行信號采集時(shí)，就可能會反復(fù)采集到這些高豐度的蛋白信號，進(jìn)而會影響到我們想要分析的細(xì)胞蛋白的鑒定效果。
小白：如果不是血清培養(yǎng)，而是其他培養(yǎng)基培養(yǎng)的呢？
APT實(shí)驗(yàn)猿：不錯，學(xué)會舉一反三了。如果培養(yǎng)基中沒有添加高濃度的蛋白類成分，那么影響可能不會很大，但是如果培養(yǎng)基中存在糖類、生物質(zhì)等成分，這些成分的殘留也可能會對樣本的制備和酶解產(chǎn)生一定的影響。所以，無論是什么類型的細(xì)胞樣本都建議在樣本收集時(shí)，采用PBS等緩沖液洗滌細(xì)胞2-3次以上，每次洗滌的時(shí)候?qū)⑸锨灞M量棄干凈，然后收集細(xì)胞沉淀，以避免培養(yǎng)基殘留成分對后續(xù)分析的可能影響。
那細(xì)胞上清樣本呢？？？
小白：怎么客戶送來的細(xì)胞上清樣本，蛋白提取后跑出來的SDS-PAGE膠上，有幾條這么深的蛋白條帶啊，而其他區(qū)域的條帶就非常弱？？
APT實(shí)驗(yàn)猿：很有可能客戶收集的是含有高濃度血清的上清樣本，這幾條條帶應(yīng)該是來自于血清蛋白的。
小白：哦，我明白了。剛才你有講過，如果有高豐度的血清成分的話，這些高豐度蛋白就會影響到上清中細(xì)胞分泌的低豐度蛋白的后續(xù)分析效果，是吧？
APT實(shí)驗(yàn)猿：Bingo。所以一般我們建議客戶收集細(xì)胞上清時(shí)，采用無血清或極低血清的培養(yǎng)基，以避免引入血清高豐度成分。
但是，你只考慮到了最主要的原因，還有一些其他可能因素，比如：血清中也會存在一些功能蛋白，如細(xì)胞因子等，因此我們最終難以界定定性和定量結(jié)果中，哪些貢獻(xiàn)是來自于細(xì)胞分泌的蛋白，還是來自于原有的血清蛋白成分。
小白：如此說來，如果是用蛋白胨等蛋白類培養(yǎng)基收集的上清樣本，其中就會有大量的培養(yǎng)基蛋白，對后續(xù)的分析干擾就會非常大了啊，一般是難以去進(jìn)行分析的吧。
APT實(shí)驗(yàn)猿：對的。恭喜你，你可以成為客戶的大白了。
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