細胞是蛋白質組學實驗中非常常見的樣本之一，但是經APT實驗猿鑒定認證后，得出一個結論，那就是越是常見的樣本，越容易出現一些“白白”的問題，特別是在樣本制備的過程中。這樣不僅拖延了實驗的時間，增加了實驗成本，還浪費了實驗猿的感情（西施捧心狀）。

當“細胞樣本君”來到APT實驗室，卻……

APT實驗猿：客戶又送來一個沒有本地預處理的哺乳細胞樣本，囧o(╯□╰)o！

小白（也不知道是從哪蹦出來的）：怎么啦，哺乳動物的細胞樣本需要本地預處理嗎？

APT實驗猿：是啊。哺乳動物的細胞樣本比較敏感，萬一在寄送過程中，低溫環境不夠穩定，也許細胞內的蛋白狀態會變化啦，實驗結果可能難以反映真實的樣本狀態，可能會導致最終的實驗結果有問題哦。

小白：有這么大的風險啊，怎么辦？

APT實驗猿：建議重新送樣咯，而且記住要本地先處理一下哦。處理方式是：收集的細胞沉淀用SDT（4% SDS，100mM Tris-HCl，1mM DTT，pH7.6）裂解，然后沸水浴5-10min，低溫保存并寄送即可啦，我們會再做進一步的處理和提取。

小白：這樣啊。那我上次處理了一個細菌樣本，客戶送的是沒有處理過的菌體沉淀，這個會不會有問題??？

吐槽聲：噓……你什么時候處理過細菌樣本啦？？？？

APT實驗猿：別擔心，細菌、真菌的細胞樣本相對哺乳動物細胞更穩定，通?？梢砸约毎恋淼男问竭M行保存和寄送。但是不要送細胞懸液，因為細胞懸液凍融后，再進行細胞離心等操作，細胞的狀態可能有所改變，而且也許會發生細胞破裂，導致蛋白丟失。

重新送樣之后……

APT實驗猿：客戶這次送來的樣本是經過預處理了，但是怎么這么紅啊？！

小白：是很紅啊，有什么問題么？

APT實驗猿（柯南附體）：我推測客戶收集細胞樣本時，沒有用PBS反復洗滌，導致培養基成分有較多殘留，所以很紅。

小白：培養基殘留會有什么影響么？

APT實驗猿：如果細胞培養時采用的是有血清的培養條件，當培養基中的成分沒有處理干凈時，其中血清成分就會殘留于細胞樣本中。而通常細胞培養采用的血清濃度都是非常高的，殘留的血清成分就會成為細胞蛋白提取液中的高豐度蛋白。質譜在進行信號采集時，就可能會反復采集到這些高豐度的蛋白信號，進而會影響到我們想要分析的細胞蛋白的鑒定效果。

小白：如果不是血清培養，而是其他培養基培養的呢？

APT實驗猿：不錯，學會舉一反三了。如果培養基中沒有添加高濃度的蛋白類成分，那么影響可能不會很大，但是如果培養基中存在糖類、生物質等成分，這些成分的殘留也可能會對樣本的制備和酶解產生一定的影響。所以，無論是什么類型的細胞樣本都建議在樣本收集時，采用PBS等緩沖液洗滌細胞2-3次以上，每次洗滌的時候將上清盡量棄干凈，然后收集細胞沉淀，以避免培養基殘留成分對后續分析的可能影響。

那細胞上清樣本呢？？？

小白：怎么客戶送來的細胞上清樣本，蛋白提取后跑出來的SDS-PAGE膠上，有幾條這么深的蛋白條帶啊，而其他區域的條帶就非常弱？？

APT實驗猿：很有可能客戶收集的是含有高濃度血清的上清樣本，這幾條條帶應該是來自于血清蛋白的。

小白：哦，我明白了。剛才你有講過，如果有高豐度的血清成分的話，這些高豐度蛋白就會影響到上清中細胞分泌的低豐度蛋白的后續分析效果，是吧？

APT實驗猿：Bingo。所以一般我們建議客戶收集細胞上清時，采用無血清或極低血清的培養基，以避免引入血清高豐度成分。

但是，你只考慮到了最主要的原因，還有一些其他可能因素，比如：血清中也會存在一些功能蛋白，如細胞因子等，因此我們最終難以界定定性和定量結果中，哪些貢獻是來自于細胞分泌的蛋白，還是來自于原有的血清蛋白成分。

小白：如此說來，如果是用蛋白胨等蛋白類培養基收集的上清樣本，其中就會有大量的培養基蛋白，對后續的分析干擾就會非常大了啊，一般是難以去進行分析的吧。

APT實驗猿：對的。恭喜你，你可以成為客戶的大白了。

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