深度空間代謝組學Q&A(三)| 常規分析內容及數據清洗策略-自主發布-資訊-生物在線

深度空間代謝組學Q&A(三)| 常規分析內容及數據清洗策略

作者:上海中科新生命生物科技有限公司 2022-05-20T10:47 (訪問量:5179)


各位看官大家好!新一期空間代謝組Q&A來了!在上一期中,我們介紹了空間代謝組學的數據處理方式(點擊閱讀)。這一期,我們將為大家解析空間代謝組學的常見分析內容和數據清洗策略。

*以下內容均基于SCILSTM Lab分析軟件實現。


Q1 主要分析內容有哪些?

1. 空間聚類分析(Segmentation)

空間聚類分析的本質是一張空間聚類分析的熱圖,通過聚類算法后,對有相似代謝模式的區域使用同一種顏色標注,清晰直觀的從分子層面對切片進行區域分型。完成整張切片分析后,還可以針對關注區域,進一步進行多次聚類分析,發現更多獨特區域。


深度空間代謝組學空間聚類分析熱圖

應用案例:

揭示腫瘤內部代謝存在異質性(藍色與白色區域)

Cancer Research(點擊閱讀


2. 代謝物分子成像

針對單個代謝物分子進行分析,獲取其在空間分布和表達量的熱圖。在圖片中,顏色越紅代表該代謝物表達量越高,顏色越藍代表該代謝物表達量越低。


深度空間代謝組學代謝物分析成像圖

應用案例:

代謝物在不同進展的前列腺腫瘤中空間分布與含量有明顯差異

Molecular Cancer Research(點擊閱讀

Q2 如何進行數據清洗以發現關鍵代謝物分子?

1. ROC分析

SCILSTM Lab集成機器學習算法,以目標區域中代謝物的濃度和分布情況進行ROC分析,輸出代謝物排名List,通常排名靠前的代謝物對差異的影響較大,可進一步通過分子成像圖進行確認。


代謝物ROC分析展示


2. 代謝物分子空間共定位

空間共定位分析是一種代謝物的空間相關性分析,選擇一種目標代謝物后,進行空間相關性計算,輸出與目標代謝物空間表達趨勢一致的代謝物List,可以幫助開展對該區域中代謝物表達模式和代謝網絡的分析工作。


代謝物空間共定位分析概念展示


3. 代謝物統計學差異分析及生物信息學分析

本部分分析內容與常規代謝組學一致,主要針對代謝物含量開展單維與多維統計學分析、KEGG通路分析、表達量相關性分析、聚類熱圖、代謝物分類等分析。在空間代謝組學中,該分析目標是指定區域或者切片,當選擇好目標區域后,通過算法整合區域中的代謝物含量后,開展后續分析。


深度空間代謝組學統計學差異分析展示

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