提取+建庫!FFPE樣本文庫制備一站式解決方案! 腫瘤樣本是檢測基因突變的載體,世界腫瘤發(fā)病率居高不下,而醫(yī)院的低溫儲存設(shè)備捉襟見肘,福爾馬林浸泡,石蠟包埋的樣本(FFPE)能在常溫長時間儲存,更受廣大臨床醫(yī)生歡迎。據(jù)統(tǒng)計,世界各地醫(yī)院積攢了約4億FFPE樣本,但是福爾馬林的固定、石蠟高溫浸入、較長保存時間都會導(dǎo)致DNA的交聯(lián)和不同程度降解,如何從這些海量樣本中提取高質(zhì)量DNA,然后建庫測序并分析成為了棘手問題。翌圣生物深耕生命科學(xué)領(lǐng)域多年,基于自身深厚的工具酶技術(shù)和經(jīng)驗積累,為FFPE DNA的NGS檢測提供完整解決方案。 圖1. FFPE DNA實驗、分析 FFPE DNA提取 FFPE DNA提取需經(jīng)歷脫蠟、酶消化、DNA提取共3個步驟。經(jīng)過潛心優(yōu)化和精心打磨,翌圣重磅推出FFPE DNA提取試劑盒——MolPure? Magnetic FFPE DNA Kit(鄂漢械備20210919號)。在FFPE脫蠟步驟中,目前市場上常用的脫蠟方式是二甲苯,其強烈刺激性氣味,強烈刺激人體食道和胃,并引起嘔吐,本試劑盒采用無毒脫蠟液取代二甲苯脫蠟功效,為實驗人員健康保駕護航;在酶消化步驟中,翌圣采用精心優(yōu)化提取體系,確保蛋白酶K能充分消化蛋白和相應(yīng)核酸酶,保證DNA最大程度釋放和不被核酸酶消化,這一點直接體現(xiàn)在最終DNA產(chǎn)量上面。結(jié)果顯示,翌圣提取總量最高。 圖2. 各試劑盒提取FFPE DNA結(jié)果 FFPE DNA文庫構(gòu)建 1 酶切法建庫 圖3. 文庫產(chǎn)出(50ng FFPE DNA) 圖4.文庫測序下機結(jié)果 2 建庫接頭 圖5. UDI識別index hopping的原理 3 DNA磁珠 磁珠純化是建庫關(guān)鍵環(huán)節(jié)之一,Hieff NGS? DNA Selection Beads基于SPRI (Solid Phase Reverse Immobilization)原理,通過精心優(yōu)化過的緩沖體系,可用于DNA文庫片段分選、純化,和目前廣泛使用的AMPure XP Beads使用方式相同,片段回收效率和文庫大小分布均高度吻合,因此可無縫替代AMPure XP Beads,有效降低建庫成本。 表1.不同品牌磁珠在不同比例下回收效率比較 磁珠比例 Input DNA (ng) Yeasen Be* Va* Vd* Tr* 回收量(ng) 回收率 回收量(ng) 回收率 回收量(ng) 回收率 回收量(ng) 回收率 回收量(ng) 回收率 1.8× 535 534.4 99.89% 524.8 98.09% 518.4 96.90% 566.4 105.87%* 534.4 99.89% 1.2× 518.4 96.90% 537.6 100.49%* 521.6 97.50% 528 98.69% 505.6 94.50% 0.8× 499.2 93.31% 406.4 75.96% 416 77.76% 464 86.73% 425.6 79.55% 0.6× 326.4 61.01% 地 址: 上海市浦東新區(qū)天雄路166弄一號樓三層南單元 聯(lián)系人: 李自轉(zhuǎn) 電 話: 400-6111-883、021-34615995-8075 傳 真: 021-34615995-188 Email:lizizhuan@yeasen.com
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作者:翌圣生物科技(上海)股份有限公司 2021-11-24T08:51 (訪問量:13375)
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