基于多組學(xué)聯(lián)合的研究已經(jīng)成為諸多CNS及子刊等高分文章的設(shè)計(jì)思路，“蛋白+代謝”聯(lián)合作為“打通機(jī)制與表型的研究”，能夠系統(tǒng)描繪蛋白至代謝的調(diào)控過(guò)程，挖掘關(guān)鍵蛋白與代謝物上下游調(diào)控通路，已應(yīng)用于疾病機(jī)制、標(biāo)志物發(fā)現(xiàn)、藥物研發(fā)、植物生理等諸多領(lǐng)域，本期匯總了幾篇經(jīng)典高分文獻(xiàn)供大家參考。 1 疾病機(jī)制
【文章題目】Obesity Shapes Metabolism in the Tumor Microenvironment to Suppress Anti-Tumor Immunity
【影響因子】38.637
【發(fā)表期刊】Cell
【發(fā)表時(shí)間】2020.12
【組學(xué)技術(shù)】單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組、蛋白質(zhì)組、代謝組
【實(shí)驗(yàn)路線】
步驟1：構(gòu)建HFD模型，揭示HFD影響腫瘤生長(zhǎng)
步驟2：?jiǎn)渭?xì)胞測(cè)序，繪制腫瘤免疫浸潤(rùn)的整體代謝變化譜
步驟3：多種組織成像揭示HFD組腫瘤獨(dú)特代謝重塑過(guò)程
步驟4：多組學(xué)揭示HFD腫瘤細(xì)胞對(duì)脂肪酸的攝取和氧化特征，并篩選潛在干預(yù)靶點(diǎn)
步驟5：動(dòng)物實(shí)驗(yàn)證實(shí)PHD3的作用機(jī)制及其作為治療靶點(diǎn)的潛在可行性
【總結(jié)】利用單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組、蛋白質(zhì)組、代謝組對(duì)高脂飲食（HFD）小鼠腫瘤組織進(jìn)行分析，揭示了腫瘤細(xì)胞通過(guò)改變脂肪酸分配和必要代謝產(chǎn)物局部耗竭對(duì)肥胖環(huán)境做出適應(yīng)，進(jìn)一步導(dǎo)致腫瘤微環(huán)境中CD8+T細(xì)胞數(shù)量和抗腫瘤活性，進(jìn)而加速腫瘤生長(zhǎng)。本研究為更好地了解肥胖是如何影響癌癥以及患者新陳代謝對(duì)治療結(jié)果的影響奠定了基礎(chǔ)，也為后續(xù)腫瘤免疫治療提供了新的思路。
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2 疾病標(biāo)志物
金黃色葡萄球菌菌血癥（SAB）疾病標(biāo)志物
【文章題目】Mortality Risk Profiling of Staphylococcus aureus Bacteremia by Multi-omic Serum Analysis Reveals Early Predictive and Pathogenic Molecular Signatures
【影響因子】38.637
【發(fā)表期刊】Cell
【發(fā)表時(shí)間】2020.9
【組學(xué)技術(shù)】蛋白質(zhì)組、代謝組
【實(shí)驗(yàn)路線】
步驟1：蛋白+代謝組學(xué)篩選SAB患者感染及死亡預(yù)測(cè)標(biāo)志物
步驟2：多組學(xué)數(shù)據(jù)分析描繪感染后人血清特征譜
步驟3：體內(nèi)實(shí)驗(yàn)（小鼠）證實(shí)T4和脂聯(lián)素信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)影響體內(nèi)SAB預(yù)后
【總結(jié)】利用蛋白組、代謝組的多組學(xué)模型，對(duì)200多例SAB患者血清進(jìn)行分析，建立了一個(gè)新的感染相關(guān)生物標(biāo)記物評(píng)估標(biāo)準(zhǔn)，通過(guò)檢測(cè)更廣泛的宿主反應(yīng)譜，建立了可以準(zhǔn)確預(yù)測(cè)SAB患者死亡率的致病特征和多變量模型。本研究為深入探究感染所致死亡提供深層次理解，也為將來(lái)臨床快速診斷、預(yù)測(cè)SAB患者死亡提供了工具。從研究思路的角度來(lái)說(shuō)，該文也是多組學(xué)組合生物標(biāo)志物研究模式的典型案例。
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3 藥物研發(fā)
靶向非蛋白類(lèi)物質(zhì)降解的生物分子藥開(kāi)發(fā)
【文章題目】Degradation of lipid droplets by chimeric autophagy-tethering compounds
【影響因子】25.617
【發(fā)表期刊】Cell Research
【發(fā)表時(shí)間】2021.7
【組學(xué)技術(shù)】脂質(zhì)組、蛋白質(zhì)組
【實(shí)驗(yàn)路線】
步驟1：化合物設(shè)計(jì)合成與工作原理
步驟2：LD·ATTECs通過(guò)自噬清除脂滴（LDs）
步驟3：體外研究：LD·ATTECs將LDs靶向自噬體而不影響整體自噬
步驟4：脂質(zhì)組+蛋白質(zhì)組對(duì)體內(nèi)藥效研究
【總結(jié)】利用課題組于2019年發(fā)表的原創(chuàng)ATTEC（AuTophagy-TEthering Compounds）技術(shù)，將自噬體蛋白LC3的結(jié)合分子與脂滴（LDs）檢測(cè)探針（已知的LD特異性結(jié)合分子）連接來(lái)設(shè)計(jì)LD·ATTECs，并利用脂質(zhì)組、蛋白質(zhì)組輔助研究，首次證明ATTEC技術(shù)不僅可降解蛋白質(zhì)，還可通過(guò)靶向自噬-溶酶體途徑降解包括脂類(lèi)的非蛋白質(zhì)類(lèi)生物大分子，為新藥研發(fā)開(kāi)拓了一條可能的原創(chuàng)路徑，而所發(fā)現(xiàn)的LD-ATTEC化合物則可能為脂滴研究或脂滴相關(guān)疾病的干預(yù)提供重要工具或潛在藥物。
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項(xiàng)目文章Cell Research（IF 25.617） |脂質(zhì)組學(xué)技術(shù)助力靶向生物分子藥物開(kāi)發(fā)
4 植物生理
玉米碳饑餓脅迫的調(diào)控機(jī)制
【文章題目】Autophagy Plays Prominent Roles in Amino Acid, Nucleotide, and Carbohydrate Metabolism During Fixed-carbon Starvation in Maize
【影響因子】11.277
【發(fā)表期刊】Plant Cell
【發(fā)表時(shí)間】2020.7
【組學(xué)技術(shù)】代謝組學(xué)、轉(zhuǎn)錄組學(xué)、蛋白組學(xué)、離子組學(xué)
【實(shí)驗(yàn)路線】
步驟1：轉(zhuǎn)錄組、蛋白組、代謝組分析揭示碳饑餓系統(tǒng)變化
步驟2：代謝組、離子組分析碳饑餓+自噬缺失的系統(tǒng)表型影響
步驟3：轉(zhuǎn)錄+蛋白聯(lián)合解析分子調(diào)控機(jī)制
步驟4：自噬調(diào)控代謝通路的系統(tǒng)畫(huà)像
【總結(jié)】本研究綜合了代謝組、蛋白組、轉(zhuǎn)錄組與離子組數(shù)據(jù)，通過(guò)代謝組與離子組描繪了碳饑餓處理與自噬缺失帶來(lái)的表型變化，進(jìn)一步基于轉(zhuǎn)錄組與蛋白組解析分子調(diào)控機(jī)制，從而綜合解析了自噬對(duì)玉米細(xì)胞代謝的系統(tǒng)調(diào)控網(wǎng)絡(luò)。總而言之，自噬對(duì)于循環(huán)利用氨基酸和含氮核苷酸、調(diào)節(jié)呼吸底物以及在碳饑餓期間保持固化氮功能至關(guān)重要。
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PLANT CELL：轉(zhuǎn)錄蛋白代謝多組學(xué)聯(lián)合探索自噬對(duì)玉米碳饑餓脅迫的調(diào)控機(jī)制
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