科研寶典第二季——機制研究范例（同學nature文章分析）
機制研究糾錯日志發出后，獲得了不少人的贊同，包括我一位碩士同學。她發了一篇nature，討來學習后，發現思路非常清晰，很好的機制研究范文。經不住手癢，就分析下，供大家學習參考。
文章背景：天然免疫發生時會產生細胞因子，這些細胞因子除了激活免疫細胞和募集免疫細胞外，還可以影響血管的通透性。
文章中研究的細胞因子是IL-1β，這個細胞因子激活免疫細胞和募集免疫細胞，是通過已知的一條信號通路，IL-1β，MYD88，NF-kB。
題外話，免疫發生時，血管通透性會增加，這樣可以使得血管中的免疫細胞出血管到達炎癥部位，這個就是為啥炎癥發生時，會水腫的原因之一。
文章提出問題：“IL-1β，MYD88，NF-kB”這條信號通路，對于血管的通透性是否也起到作用。（其實，提出這個問題，是因為知道了不是的了，哈哈。說故事。如果是，就發不了nature了。）
實驗方案：
功能是血管通透性。
1、細胞表型檢測。做的是血管通透性實驗，很經典的實驗。具體的參考文章。
2、分子表型檢測。VE-cadherin檢測。這個分子是血管內皮細胞間連接分子。這個分子的內吞會增加血管的通透性。
注意：很多功能檢測，除了細胞表型檢測外，最好加上分子表型檢測。以從兩個水平來說明功能的改變。
步驟：
一、說明IL-1β影響血管通透性不是通過“IL-1β，MYD88，NF-kB”這條在免疫中經典的信號通路。
在IL-1β存在的情況下，加了很多“IL-1β，MYD88，NF-kB”信號通路上的抑制劑，結果發現都不能抑制IL-1β對血管通透性的調控。
注意，如果這里說抑制劑是可以影響的，那么后續就必須做抑制劑靶分子的干擾了。因為干擾是定點的（兩條有效片段避免脫靶問題），抑制劑是不能排除脫靶的。
加一句，這一步，做了好多工作。贊一個。在這條信號通路上，反復說明這條信號通路沒有參與IL-1β對血管通透性的調控。值得我們學習。
二、既然不是這條經典通路，那么是誰呢？文章的創新點所在。
做了ARF6，ARF6可以調控粘附相關蛋白的定位，這個是報道過的。但他跟IL-1β對血管通透性的調控是否有關系，沒有人報道過。
1、在HMVEC-D中加入IL-1β，檢測到ARF6的改變。（ARF6與IL-1β血管通透性調控相關性研究數據。屬于非疾病研究中，基因與研究問題的相關性工作。）
2、在HMVEC-D中不加IL-1β，過表達ARF6組成激活型。發現了劑量相關性的血管通透性改變。（功能實驗，檢測包括細胞表型和分子表型）
3、關鍵實驗來了。在HMVEC-D中加入IL-1β，同時把ARF6干擾掉，發現IL-1β引起的通透性改變，消失了或者說減弱了。（分子功能相關實驗，很重要的實驗。我把這個叫rescue實驗，簡單描述見“課題設計思路”機制探討，2中的b部分。）
三、機制。既然ARF6在其中起到作用，那么機制是咋樣的呢。
找到了ARNO。注意，干擾掉ARNO的表型跟干擾掉ARF6的表型一致。是不是很眼熟，見“課題設計思路”機制探討，2中的a部分。
最后是直接互作數據，論述了ARNO與MYD88的關系。把IL-1β到IL-1R到MYD88到ARNO，一步一步說清楚了。從IL-1β到IL-1R到MYD88是已經知道的，往前推進了一步，到ARNO了。
當然，高大上的研究是不能少了動物實驗的。具體大家看文章。
水平有限，不知道分析是否有錯誤。希望大家指正。
機制研究糾錯日志發出后，獲得了不少人的贊同，包括我一位碩士同學。她發了一篇nature，討來學習后，發現思路非常清晰，很好的機制研究范文。經不住手癢，就分析下，供大家學習參考。
文章背景：天然免疫發生時會產生細胞因子，這些細胞因子除了激活免疫細胞和募集免疫細胞外，還可以影響血管的通透性。
文章中研究的細胞因子是IL-1β，這個細胞因子激活免疫細胞和募集免疫細胞，是通過已知的一條信號通路，IL-1β，MYD88，NF-kB。
題外話，免疫發生時，血管通透性會增加，這樣可以使得血管中的免疫細胞出血管到達炎癥部位，這個就是為啥炎癥發生時，會水腫的原因之一。
文章提出問題：“IL-1β，MYD88，NF-kB”這條信號通路，對于血管的通透性是否也起到作用。（其實，提出這個問題，是因為知道了不是的了，哈哈。說故事。如果是，就發不了nature了。）
實驗方案：
功能是血管通透性。
1、細胞表型檢測。做的是血管通透性實驗，很經典的實驗。具體的參考文章。
2、分子表型檢測。VE-cadherin檢測。這個分子是血管內皮細胞間連接分子。這個分子的內吞會增加血管的通透性。
注意：很多功能檢測，除了細胞表型檢測外，最好加上分子表型檢測。以從兩個水平來說明功能的改變。
步驟：
一、說明IL-1β影響血管通透性不是通過“IL-1β，MYD88，NF-kB”這條在免疫中經典的信號通路。
在IL-1β存在的情況下，加了很多“IL-1β，MYD88，NF-kB”信號通路上的抑制劑，結果發現都不能抑制IL-1β對血管通透性的調控。
注意，如果這里說抑制劑是可以影響的，那么后續就必須做抑制劑靶分子的干擾了。因為干擾是定點的（兩條有效片段避免脫靶問題），抑制劑是不能排除脫靶的。
加一句，這一步，做了好多工作。贊一個。在這條信號通路上，反復說明這條信號通路沒有參與IL-1β對血管通透性的調控。值得我們學習。
二、既然不是這條經典通路，那么是誰呢？文章的創新點所在。
做了ARF6，ARF6可以調控粘附相關蛋白的定位，這個是報道過的。但他跟IL-1β對血管通透性的調控是否有關系，沒有人報道過。
1、在HMVEC-D中加入IL-1β，檢測到ARF6的改變。（ARF6與IL-1β血管通透性調控相關性研究數據。屬于非疾病研究中，基因與研究問題的相關性工作。）
2、在HMVEC-D中不加IL-1β，過表達ARF6組成激活型。發現了劑量相關性的血管通透性改變。（功能實驗，檢測包括細胞表型和分子表型）
3、關鍵實驗來了。在HMVEC-D中加入IL-1β，同時把ARF6干擾掉，發現IL-1β引起的通透性改變，消失了或者說減弱了。（分子功能相關實驗，很重要的實驗。我把這個叫rescue實驗，簡單描述見“課題設計思路”機制探討，2中的b部分。）
三、機制。既然ARF6在其中起到作用，那么機制是咋樣的呢。
找到了ARNO。注意，干擾掉ARNO的表型跟干擾掉ARF6的表型一致。是不是很眼熟，見“課題設計思路”機制探討，2中的a部分。
最后是直接互作數據，論述了ARNO與MYD88的關系。把IL-1β到IL-1R到MYD88到ARNO，一步一步說清楚了。從IL-1β到IL-1R到MYD88是已經知道的，往前推進了一步，到ARNO了。
當然，高大上的研究是不能少了動物實驗的。具體大家看文章。
水平有限，不知道分析是否有錯誤。希望大家指正。
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