4D 蛋白質組學在傳統3D保留時間(retention time)、質荷比(m/z)、離子強度(intensity)這三個維度分離基礎之上增加了第四維離子淌度(mobility)的分離,實現了臨床蛋白質組學在鑒定準度、鑒定深度、定量準確性、檢測周期等性能上全面提升。

一直以來吉凱質譜平臺致力于為臨床科研用戶提供優質的質譜檢測服務,自2020年購買timsTOF Pro質譜儀以來,開發了4D label free,4D-DIA,4D修飾以及4D-PRM等多款重量級產品。隨著新型號timsTOF Pro2的發布,吉凱4D蛋白質組也隨之更新,開啟timsTOF Pro2新模式!
相比于timsTOF Pro,timsTOF Pro 2 配備了新一代雙TIMS分析器,離子容量可提高三倍,最大限度地提高了離子傳輸效率和靈敏度,讓蛋白質組學分析再上一個新的臺階。CCS 值的加入讓組學結果更精準,也使timsTOF Pro 2成為轉化組學應用不可或缺的工具。

4D蛋白質組平臺優勢
1. 更低的樣本量要求:助力微量樣本蛋白組分析
隨著某些特定細胞、少量細胞群或生物穿刺樣本的生物研究越來越重要,低樣本量蛋白組定量變得至關重要。而如此低的樣本量對于質譜靈敏度提出了很高要求。使用高靈敏度的質譜儀對如此低的樣本量進行原型定量至關重要。
基于dda-PASEF方法,timsTOF Pro 2 在30分鐘梯度下對20 ng HeLa檢測到4200多個蛋白質組和近30000個肽。

2. 高深度檢測:助力更多肽段和蛋白的鑒定
基于dia-PASEF方法,timsTOF Pro 2 單針檢測200ng HEK酶切樣本,在60分鐘梯度能夠鑒定7000多個蛋白質組和60000多個肽。

3. 高掃描速度:助力臨床大隊列項目研究
由 PASEF驅動的 timsTOF Pro 2 可以實現超過 100 Hz 的掃描速度,而不會損失靈敏度和分辨率。將timsTOF Pro 2 和Evosep One的強大組合應用于COVID-19感染患者血清蛋白質組學研究,基于PASEF和Evosep 60樣本/天的數據采集方法,從720個患者樣本中定量了310±18個蛋白質,包括70多個潛在的生物標志物,涵蓋了五個數量級的蛋白質豐度,為分析大隊列研究提供了寶貴視角。

4. 高可信度:助力蛋白質組鑒定更準確
TIMS 分離提高了選擇性,而且可以將單電荷母離子排除掉,從而降低本底噪音干擾。在 LC-MS/MS分析中, dia-PASEF 能夠采集包含 m/z,離子淌度值( CCS ),保留時間和離子強度的 4D 數據,比傳統的 DIA 方法有更高靈敏度和選擇性,提升了傳統DIA檢測結果的可信度。

5. 高靈敏度磷酸化蛋白組學分析和同分異構體分離:助力修飾蛋白組分析
當肽段在色譜上發生共洗脫時,由于等重性和信號重合,不能測量 CCS 值的傳統蛋白質組學是不能實現磷酸化肽異構體的定量的。PASEF 技術使得基于 TiO2 富集時,使用 150 ug 蛋白富集起始量就能夠鑒定 27768 個磷酸化肽,展現了淌度偏離質量對齊( MOMA )的優點。1946 條鑒定的共洗脫異構體中,20% 的異構體可以被TIMS 完全分離,這可以使得我們可以更好地理解鄰位蛋白磷酸化位點信息。

吉凱基因憑借多年在靶標篩選及驗證服務領域的技術積累,建立的標準化 、工程化 、系統化的GRP平臺,為中國研究型醫生提供科研服務,加快科研成果轉化。其中,多組學平臺包含蛋白質組學平臺和單細胞測序平臺:
·蛋白質組學平臺擁有多臺timsTOF Pro、Exploris 480高精度質譜儀,專業的Spectronaut Plusar、Mascot等分析軟件,提供專業的4D、DIA、TMT、PRM、磷酸化修飾組和Olink蛋白質組等檢測服務,強大的機器學習算法、IPA分析、蛋白基因組分析服務,系統的生物標志物、分子分型、藥物靶點、基因功能研究等解決方案,真正讓廣大研究型醫生的科研工作更省心、更省力、更高效;
·單細胞測序擁有10x和BD兩個平臺,提供單細胞RNA-seq、單細胞核測序、單細胞混樣RNA-seq、單細胞(RNA+ATAC)、空間轉錄組測序等服務。
