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染色質免疫沉淀技術（chromatin immunoprecipitation assay, ChIP）是研究體內DNA與蛋白質相互作用的方法。ChIP不僅可以檢測體內反式因子與DNA的動態作用，還可以用來研究組蛋白的各種共價修飾與基因表達的關系。
在活細胞狀態下固定蛋白質－DNA復合物，并將其隨機切斷為一定長度范圍內的染色質小片段，然后通過免疫學方法沉淀此復合體，特異性地富集目的蛋白結合的DN**段，通過對目的片斷的純化與檢測，從而獲得蛋白質與DNA相互作用的信息。
技術流程
1、利用甲醛將細胞核中存在相互作用的蛋白-DNA形成共價鍵交聯。
Tips: 甲醛能有效的使蛋白質-DNA交聯形成生物復合體。交聯所用的甲醛終濃度為1%，交聯時間通常為5分鐘到15分鐘，具體時間根據實驗而定。交聯時間過長，細胞染色質難以用超聲波破碎，影響ChIP結果，而且復合體也容易在離心過程中丟失。交聯時間如果過短，則交聯不完全，產生假陰性。
2、裂解細胞后利用超聲將DNA打斷為片段。
Tips：超聲波是機械力斷裂染色質，易引起升溫或產生泡沫，會引起蛋白質變性。所以在超聲波斷裂時要在冰上進行，且設置斷續的超聲程序，保證低溫。超聲探頭充分深入管中、但不接觸管底或側壁，以免產生泡沫。
3、加入抗體進行免疫反應以捕獲蛋白。用protein G/A凝膠或磁珠富集所形成的免疫復合體。
4、對捕獲的DN**段進行高通量測序及分析，獲知這些DN**段在染色體上分布的位置。
應用領域
1、判斷DNA鏈的某一特定位置會出現何種組蛋白修飾
2、檢測RNA polymerase II及其它反式因子在基因組上結合位點的精確定位
3、 研究組蛋白共價修飾與基因表達的關系
4、轉錄因子研究
應用示例
示例1：
參考文獻：Goren, Ozsolak, et al. Chromatin Profiling by Directly Sequencing Small Quantities of Immunoprecipitated DNA. Nat Methods. 2010, 7(1): 47–49.
主要內容：收集培養的5x106 K562細胞，使用組蛋白甲基化修飾抗體H3K27me3、H3K4me3、H3K36me3（ChIP-grade）進行IP富集提取的經過片段化的染色質復合物，構建測序文庫后進行二代測序，獲得peaks在染色質上的分布情況。
在活細胞狀態下固定蛋白質－DNA復合物，并將其隨機切斷為一定長度范圍內的染色質小片段，然后通過免疫學方法沉淀此復合體，特異性地富集目的蛋白結合的DN**段，通過對目的片斷的純化與檢測，從而獲得蛋白質與DNA相互作用的信息。
技術流程
1、利用甲醛將細胞核中存在相互作用的蛋白-DNA形成共價鍵交聯。
Tips: 甲醛能有效的使蛋白質-DNA交聯形成生物復合體。交聯所用的甲醛終濃度為1%，交聯時間通常為5分鐘到15分鐘，具體時間根據實驗而定。交聯時間過長，細胞染色質難以用超聲波破碎，影響ChIP結果，而且復合體也容易在離心過程中丟失。交聯時間如果過短，則交聯不完全，產生假陰性。
2、裂解細胞后利用超聲將DNA打斷為片段。
Tips：超聲波是機械力斷裂染色質，易引起升溫或產生泡沫，會引起蛋白質變性。所以在超聲波斷裂時要在冰上進行，且設置斷續的超聲程序，保證低溫。超聲探頭充分深入管中、但不接觸管底或側壁，以免產生泡沫。
3、加入抗體進行免疫反應以捕獲蛋白。用protein G/A凝膠或磁珠富集所形成的免疫復合體。
4、對捕獲的DN**段進行高通量測序及分析，獲知這些DN**段在染色體上分布的位置。
應用領域
1、判斷DNA鏈的某一特定位置會出現何種組蛋白修飾
2、檢測RNA polymerase II及其它反式因子在基因組上結合位點的精確定位
3、 研究組蛋白共價修飾與基因表達的關系
4、轉錄因子研究
應用示例
示例1：
參考文獻：Goren, Ozsolak, et al. Chromatin Profiling by Directly Sequencing Small Quantities of Immunoprecipitated DNA. Nat Methods. 2010, 7(1): 47–49.
主要內容：收集培養的5x106 K562細胞，使用組蛋白甲基化修飾抗體H3K27me3、H3K4me3、H3K36me3（ChIP-grade）進行IP富集提取的經過片段化的染色質復合物，構建測序文庫后進行二代測序，獲得peaks在染色質上的分布情況。
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示例2：
參考文獻：Jane Gilmour, Salam A. Assi, et al. A crucial role for the ubiquitously expressed transcription factor Sp1 at early stages of hematopoietic specification. Development, 2014 , 141 (12) :2391
主要內容：分離培養小鼠胚胎干細胞并誘導分化，分別收集組細胞及Flk+細胞，用轉錄因子Sp1抗體進行ChIP實驗后二代測序，獲得Sp1結合位點在兩種細胞中的分布區域。
參考文獻：Jane Gilmour, Salam A. Assi, et al. A crucial role for the ubiquitously expressed transcription factor Sp1 at early stages of hematopoietic specification. Development, 2014 , 141 (12) :2391
主要內容：分離培養小鼠胚胎干細胞并誘導分化，分別收集組細胞及Flk+細胞，用轉錄因子Sp1抗體進行ChIP實驗后二代測序，獲得Sp1結合位點在兩種細胞中的分布區域。
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