3 單細胞轉錄組

發表期刊：Cancer Cell（IF=31.743）

組學技術：全外顯子組、轉錄組、蛋白組、磷酸化組、微生物組

實驗材料：262例肝內膽管癌患者的腫瘤及癌旁組織

摘要：本研究基于蛋白基因組學（proteogenomics）研究策略對262例肝內膽管癌患者的腫瘤及癌旁組織進行了基因組、轉錄組、蛋白質組和磷酸化修飾組等多組學檢測，繪制了肝內膽管癌的多維分子圖譜，建立了以蛋白質組為核心的肝內膽管癌分子分型（炎癥S1、間質S2、代謝S3、分化S4四種亞型）。這些亞型在基因組、免疫微環境、藥物響應、預后等方面具有獨特的特征。研究者進一步揭示了FGFR2 融合是主克隆變異且其衍生肽可作為免疫抗原靶點，并發現HKDC1和SLC16A3 是肝內膽管癌的重要的預后指標。本研究為肝內膽管癌的發生發展機制、分子分型、預后監測和個性化治療策略提供了新思路。

發表期刊：Cancer Cell（IF=31.743）

組學技術：WES、蛋白質組、磷酸化蛋白質組、代謝組、靶向蛋白質組

實驗材料：大隊列的血漿和血清樣本

摘要：本研究利用蛋白基因組學（proteogenomics）研究策略系統分析了吉列替尼治療引起的AML治療抵抗全過程中細胞基因組、蛋白質組、磷酸化蛋白質組、代謝組等方面分子功能的變化。通過多組學方法的結合，揭示了白血病細胞早期耐藥性和晚期耐藥性的不同機制。發現了骨髓微環境在白血病細胞早期耐藥性的促進作用，蛋白激酶Aurora B（AURKB）抑制劑協同吉列替尼，發揮了顯著的抗白血病作用，有效地克服了白血病細胞早期耐藥性，這為白血病治療提供了一種新的聯合用藥方案。

發表期刊：Cell（IF=38.637）

組學技術：基因組學、轉錄組學、蛋白質組學和蛋白翻譯后修飾組學（包括磷酸化、乙?；⒎核鼗?/p>

實驗材料：108例肺鱗狀細胞癌的腫瘤組織和對應的99份癌旁正常組織

摘要：本研究對108名未經過治療的原發性LSCC患者術中切除的腫瘤組織和配對的組織學正常的相鄰肺組織（NAT）樣本，進行基因組學、轉錄組學、蛋白質組學和蛋白翻譯后修飾組學（包括磷酸化、乙?；?、泛素化）分析，繪制全面的蛋白基因組學圖譜。結果顯示：1）FGFR1擴增型腫瘤中NSD3是一個可變的驅動基因，這為FGFR1治療方案的局限提供潛在解釋；2）蛋白聚類分析揭示了具有上皮細胞轉分化（EMT）相關基因豐富的癌組織亞型；3）梳理出磷酸化蛋白組、乙?；鞍捉M和泛素化蛋白組之間的crosstalk對癌癥演進和代謝途徑的復雜調控；4）繪制了詳細的免疫圖譜，為治療提供免疫相關靶點：p63低表達型腫瘤中而生存素可以做一個治療靶點；SOX2過表達型腫瘤中LSD1和EZH2可作為治療靶點。

發表期刊：Gastroenterology（IF=17.373）

組學技術：脂質組學

實驗材料：結直腸癌和癌旁組織

摘要：本研究通過脂質組學揭示了結直腸癌和癌旁組織中脂質分子表達特征，并且該研究使用3個獨立患者隊列的結直腸癌腫瘤組織與正常、無病變的大腸粘膜相比，確定了大腸癌中特異性的脂質組變化。使用兩個驗證隊列進行驗證，最終找到了穩健的TG種屬特征，能夠顯著區分腫瘤組織和無病變組織，并且具有預后意義。并進一步在腫瘤組織中檢測了特征脂質合成相關的代謝酶情況。

發表期刊：Cell（IF= 41.582）

組學技術：轉錄組、蛋白組、單細胞轉錄組

實驗材料：顯微切割（LCM）獲取不同類型的subTME（荒漠型subTME與中間型/反應型subTME）以及位于其中的腫瘤細胞

摘要：本研究突破了以往僅將TME作為一個整體研究的局限性，通過組織區域性多組學與臨床數據和患者衍生的臨床前模型的大規模整合，發現了兩種根源于成纖維細胞的可塑性的微環境狀態，它們具有不同的促腫瘤和化學保護作用，并首次提出了“亞腫瘤微環境（subTMEs）”的概念，即以成纖維細胞可塑性為基礎的、在組織學上可定義的組織狀態，這種潛在的亞腫瘤微環境塑造區域上皮和免疫表型，并影響疾病進展的關鍵臨床指標。

發表期刊：Hepatology（IF= 17.425）

組學技術：外泌體蛋白組學

實驗材料：M2 exos(M2巨噬細胞分泌的外泌體)

摘要：外泌體在腫瘤的發生發展和轉移過程中發揮了舉足輕重的作用，本研究發現M2極性巨噬細胞分泌的外泌體能激發肝癌細胞的遷移和侵襲能力。通過蛋白組學檢測對外泌體進行蛋白組學檢測，結合后續實驗證實M2巨噬細胞分泌外泌體上的整合蛋白CD11b/CD18可以通過上調MMP-9 (基質金屬蛋白酶9) 誘導了HCC的遷移、侵襲和肺轉移。本研究揭示了外泌體引起肝細胞癌（HCC）轉移的具體作用分子機制，為HCC的診斷找到了新的靶點，為腫瘤轉移的機制研究提供了新思路。

發表期刊：Cell（IF=41.584）

組學技術：16S微生物組、轉錄組測序，免疫因子檢測

實驗材料：人和小鼠結直腸癌腫瘤組織分離的ILC免疫細胞、糞便樣本

摘要：固有淋巴細胞 (innate lymphoid cells, ILCs) 是一類新發現的固有免疫細胞，其中，ILC3是T_H17的天然對應分子，它通過免疫因子（如IL-17、IL-22等）調控腸道應答菌群相關免疫。本研究重點針對腸道菌群與系統免疫之間尚不完全清晰的調控機制，通過極富邏輯性的實驗設計與16S、轉錄組測序等研究手段，揭示了ILC3在腸道菌群免疫中發揮的關鍵作用——ILC3與T細胞之間穩態對于塑造健康的腸道菌群，從而維持TH1型免疫、提高腫瘤免疫治療效果，為探尋提高腫瘤免疫治療的方法提供了新思路。

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