還在認為沒有基礎實驗就不能發表論文？還在為不知道如何找課題找靶點而苦惱？今天小編給大家帶來一篇干貨解讀，一起來看看如何依靠臨床樣本發表高水平研究吧。
疑似非阿爾茨海默病理生理改變（SNAP）指的是一類有神經損傷但并無淀粉樣蛋白沉積的神經退行性疾病，因此區別于有異常淀粉樣蛋白沉積的阿爾茲海默?。ˋD）。目前，SNAP定義為正常的淀粉樣蛋白沉積+異常的Tau蛋白（A-T+）或其他阿爾茲海默病相關的神經損傷（A–N+）。SNAP（A-T+/N+）約占輕度認知障礙（MCI）患者的20-40%。
荷蘭、瑞典等多國科學家聯合，利用基于質譜的蛋白質組學技術比較了SNAP和認知功能正常（CN）人及典型阿爾茲海默?。ˋD）患者腦脊液中的蛋白差異，并分析了SNAP患者腦脊液中獨特的蛋白特征。研究成果以“Cerebrospinal fluid proteomic profiling of individuals with mild cognitive impairment and suspected non-Alzheimer’s disease pathophysiology”為題，發表在Alzheimer’s & Dementia（IF：16.655）上。吉凱基因可提供腦脊液樣本的蛋白質組學技術服務，歡迎咨詢當地銷售工程師！
腦脊液（CSF）TMT蛋白質組學樣本分組設置及臨床特征
（1）輕度認知功能障礙（MCI）-SNAP：n=22
（2）認知功能正常對照組（CN）：n=81
（3）輕度認知功能障礙（MCI）-AD：n=77
三個不同組別患者的基本特征和病理生化指標的統計比較如下:
研究結果
蛋白質組學共定量檢測到2535個蛋白，研究者篩選至少在每組1/3樣本中表達的1440個蛋白進入下游分析。
1. MCI-SNAP與CN間的蛋白差異比較
MCI-SNAP與CN相比，有13個上調蛋白和136個下調蛋白。腦區基因表達分布分析顯示，下調蛋白更多是由小神經膠質細胞表達，其中65個下調蛋白表現出在脈絡叢中富集表達的趨勢。而GO分析顯示這些下調的蛋白質富集在細胞外基質（ECM）、免疫系統、蛋白質加工和降解、止血、脂質和突觸相關的生物過程。
2. MCI-AD與CN間的蛋白差異比較
MCI-AD與CN相比，有185個上調蛋白和10個下調蛋白。腦區基因表達分布分析顯示，上調蛋白主要由神經元細胞表達，但并未表現出在特定腦區的富集表達。GO分析顯示這些上調的蛋白主要富集在能量代謝、免疫反應、氧化應激、神經元、軸突、合成傳遞以及可塑性和細胞因子相關的條目中。
3. MCI-SNAP與MCI-AD間的蛋白差異比較
MCI-SNAP與MCI-AD相比，有23個上調蛋白和243個下調蛋白。其中，86個下調蛋白富集表達在脈絡叢。其他一些富集表達的腦區包括延髓內的弓狀核、內側韁核和腦橋中灰質。GO分析顯示這些下調的蛋白富集在細胞外基質（ECM）、免疫系統、神經系統、能量代謝、止血、蛋白質加工和降解、氧化應激和脂質有關的條目中。上調的蛋白主要富集在免疫過程和纖維蛋白溶解。
4. 腦脊液（CSF）蛋白質組學揭示MCI-SNAP中特有的生物過程
通過將MCI-SNAP vs CN與MCI-SNAP vs MCI-AD的差異蛋白取交集，研究者分別得到5個上調和96個下調蛋白，它們即為MCI-SNAP的特異性蛋白。下調蛋白更多地由小神經膠質細胞表達，其中49個下調蛋白富集表達在脈絡叢。這些下調的蛋白主要富集在細胞外基質（ECM）、免疫系統、止血、蛋白質加工和降解、脂質和突觸修剪相關的生物過程。
5. MCI-SNAP的AD多基因風險評分（PGRS）
緊接著，研究者分析了各組間的遺傳風險的差異。結果表明，與CN相比，AD組有更高的PGRS。MCI-AD與MCI-SNAP相比也有更高的PGRS。組間的這些差異主要由APOE（載脂蛋白E）驅動。PGRS在MCI-SNAP與CN組間無差異。
6. Post hoc analysis（事后分析）
為了進一步了解MCI-SNAP和CN間的蛋白差異是否依賴于認知功能障礙，研究者分析了含有正常的Aβ（β淀粉樣蛋白）和p-tau（磷酸化tau蛋白）的輕度認知功能障礙患者（MCI A-T-，n=52）的蛋白質組。該組別的蛋白表達模式與CN A-T-相似。MCI-SNAP與MCI A-T-相比得到7個上調蛋白和144個下調蛋白。該結果也表明，MCI-SNAP的腦脊液蛋白質組在輕度認知障礙（MCI）患者中的獨特性。
研究總結
本研究對有輕度認知功能障礙的疑似非阿爾茨海默病理生理改變（MCI-SNAP）患者、輕度認知功能障礙的阿爾茲海默病（MCI-AD）患者及認知功能正常（CN）人的腦脊液進行了蛋白質組學檢測，分析了疾病組與正常組間的蛋白差異及富集特征、MCI-SNAP特異性的蛋白特征等?？傮w的結果表明，MCI-SNAP是個獨立的群體，并不是非典型性阿爾茲海默病。脈絡叢失調可能在MCI-SNAP中發揮作用。此外，MCI-SNAP與細胞外基質（ECM）、免疫系統、穩態、蛋白水解、脂質以及突觸等通路相關。研究者的結果同時提示我們，MCI-SNAP患者的治療應區別于MCI-AD。
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·高通量測序平臺分為常規測序服務和單細胞測序服務：單細胞測序擁有10x和BD兩個平臺，提供單細胞RNA-seq、單細胞核測序、單細胞混樣RNA-seq、單細胞TCR/BCR、單細胞（RNA+ATAC）、空間轉錄組測序等服務；常規測序服務提供meRIP-seq（m6A/m1A/m7G/m5C 等RNA甲基化修飾測序）、acRIP-seq（ac4C RNA乙?；揎棞y序）、ATAC-seq、Ribo-seq（翻譯組測序） 、mRNA/miRNA/LncRNA/circRNA-seq、全轉錄組測序（兩文庫/三文庫）、外泌體miRNA/LncRNA-seq、WGS/WES、WGBS、RRBS、BSAS等服務。
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（2）認知功能正常對照組（CN）：n=81
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1. MCI-SNAP與CN間的蛋白差異比較
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2. MCI-AD與CN間的蛋白差異比較
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·蛋白質組學平臺擁有多臺timsTOF Pro、Exploris 480高精度質譜儀，專業的Spectronaut Plusar、Mascot等分析軟件，提供專業的4D、DIA、TMT、PRM、磷酸化修飾組、olink蛋白質組等檢測服務，強大的機器學習算法、IPA分析、蛋白基因組分析服務，系統的生物標志物、分子分型、藥物靶點、基因功能研究等解決方案，真正讓廣大研究型醫生的科研工作更省心、更省力、更高效；
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