曾經科學界認為，只要繪制出了人類基因組序列圖，就能了解疾病的根源，但是卻發現基因組并不如預期那樣能夠揭示人類生、老、病、死的全部秘密，如何解讀這本“天書”成為一大難題。如中國科學院賀福初院士所說“生在基因組，命在蛋白組”，基因組序列只是提供了一維遺傳信息，而更復雜的多維信息發生在蛋白質組層面，因此想要解密基因組，必須先系統認識蛋白質組。
隨著質譜技術的不斷的發展，蛋白質組學向“測得更準、更深、更快和更穩”快速邁進，使得大規模的蛋白質組學研究可以更容易展開，以蛋白質組學為核心的精準醫學也日益成熟。2014年，賀福初院士領導啟動“中國人類蛋白質組計劃”(CNHPP)，并取得了一列代表性研究成果，如2018年彌漫型胃癌的蛋白質組分型、2019年早期肝癌蛋白質組分型、2020年肺腺癌的蛋白質組分型以及2022年肝內膽管癌的蛋白質組分型等。這些高水平的研究與實踐表明，基于蛋白質組學不僅可以對腫瘤進行精準分型，還可以找到亞型特異的治療靶點，發現/研發新的治療藥物。蛋白質組學驅動的精準醫學新時代的開啟，有望產生更多百億級潛在市場價值的生物標志物、診斷試劑和治療藥物。
吉凱基因一直致力于提供專業的蛋白質組學服務，基于蛋白質組學數據挖掘需求以及高水平文章的生信分析內容，本次我們對蛋白質組分析報告進行了新一輪升級！新版報告（B套系）提供三套差異篩選標準的分析結果和25項標準分析，遠超行業常規交付標準！自2022年9月26日起進入生信分析的正價合同（項目進展可查看吉凱推送的項目進展郵件）和新簽的正價合同，即可自動升級為B套系，加量不加價！跟著小編一起來看看B套系有哪些亮點吧。
三大核心看點
01?TOP級期刊生信分析：遠超行業常規交付標準，生信美圖已協助多位客戶發表高水平研究成果
吉凱基因提供的生信美圖可滿足高水平期刊發文要求，已協助多位客戶發表高水平研究。此次B套系新增了多項分析內容，累計提供多達25項標準分析內容，遠超行業常規交付標準。
藍色底紋條目為吉凱差異化服務內容
02?提供數據挖掘服務及后續研究投稿建議：讓科研更省心、更省力、更高效
針對這些研究者關心的數據挖掘、后續研究&論文寫作思路以及投稿期刊等問題，吉凱基因在報告中提供了《關鍵蛋白質候選列表》、后續研究思路及投稿期刊建議等內容，可供參考。
03?全新的報告設計：多重交互式體驗的網頁版報告
B套系蛋白質組學報告采用了全新的網頁版設計，界面干凈、整潔。右側目錄欄顯示了報告的主體內容，點擊主目錄可展開其子目錄，支持研究者隨心所欲切換。
新版報告還內嵌了多重交互式體驗，比如增加浮動顯示窗，隱藏或展開分析結果，點擊下拉按鈕可切換分析結果以及網絡圖中的蛋白可任意拖動，讓整個報告更加人性化、個性化。
七大特色分析
01多種樣本平行性及質量評價維度：從源頭上把控數據質量，以提高分析結論的可靠性、可重復性
從樣品到數據獲得過程中的每一個環節都會對數據質量產生影響，而數據質量又會直接影響后續生信分析的結果。為了從源頭上保證數據的準確性、可靠性，吉凱基因嚴格把控每一個實驗步驟，從根本上確保了高質量數據的產出。
除此之外，在進入生信分析前，吉凱基因提供數據缺失值檢查、相關性分析、PCA分析、聚類樹和RSD分析等五種統計分析方法來檢驗、評估各組樣本的平行性和定量好壞，從源頭上剔除過濾掉低質量樣本，把控數據整體質量，以提高分析結論的可靠性、可重復性！
02?三套差異篩選標準：讓每套數據找到最適合的標準
不同于業內常規的一套差異篩選標準，吉凱基因提供三套差異篩選標準及3套標準下的差異結果一覽表，以便研究者對比不同標準下的分析結果，選擇最適合本套數據的差異標準。更為重要的事，吉凱基因一次性交付的是3套差異篩選標準下的分析報告，所以研究者可直接挑選最適標準下的分析結果進行閱讀，從而無需將寶貴的科研時間浪費在數據返修上。
3套差異篩選結果一覽表（示例）
03?提供關鍵蛋白質候選列表：讓臨床科研更輕松、高效
蛋白質組學研究的一個主要內容即為尋找和篩選實驗組和對照組之間差異的蛋白質。為了幫助研究者盡快鎖定關鍵的差異蛋白質，吉凱基因基于對大量蛋白質組學文獻中的候選蛋白挑選思路的整理，提供excel表形式的《關鍵蛋白質候選列表》供研究者參考。
關鍵蛋白質候選列表（表頭示例）
04?多種GO/KEGG富集分析方法：多角度分析，讓“爛”的數據也能挖出結果
不同于業內傳統單一的富集分析方法及單調的可視化呈現方式，吉凱基因除了提供傳統富集分析（基于差異蛋白質分析）外，還將提供GSEA分析（不依賴于差異蛋白質，用所有蛋白質分析），極大的提高了行業交付標準！
1. 基于差異蛋白質的傳統富集分析方法（Fisher’s Exact Test）
不同于業內1~2種GO/KEGG富集分析結果呈現方式，吉凱基因提供四種可視化方案供研究者選擇。
圈圖
柱狀圖
氣泡圖
蝴蝶圖
2. 不依賴于差異蛋白質的GO/KEGG富集分析（GSEA分析）
此次升級吉凱基因將GSEA分析作為標準分析提供廣大用戶，并提供兩種可視化方案供研究者選擇！
富集得分曲線圖
??富集統計氣泡圖
05?交互式蛋白質互作PPI：支持個性化排版，懸浮顯示蛋白質的多項特征信息
吉凱基因的PPI互作網絡圖具有交互式功能，可懸浮顯示蛋白的多項特征信息，并支持刪減蛋白及個性化排版，即使是生信零基礎的用戶也可以玩轉數據啦！
PPI互作網絡圖
06?蛋白質動態分布范圍圖：展示蛋白含量高低，高低豐度一清二楚
為了幫助研究者了解實驗測到的蛋白質含量高低，吉凱基因提供蛋白質動態分布范圍圖，后續論文寫作時可直接展示此圖，也支持數據返修，讓研究者自定義需要展示感興趣的蛋白質。
蛋白質動態分布范圍圖
07?多組比較提供韋恩分析：展示多比較組的共有和特有差異蛋白質
venn圖是科研文章中最常見的一種圖，可用來表示多個數據集之間的關系。吉凱基因提供多比較組的Venn分析，以展示各比較組共有和特有的差異蛋白質。
Venn圖
三大高級服務
為滿足臨床科研用戶更多樣化的生物信息分析需求，吉凱基因還提供疾病靶點分析、機制挖掘和多組學趨勢分析等三大高級服務。
01?疾病靶點分析
（1）DO富集分析
Disease Ontology數據庫是描述基因功能與疾病相關的數據庫，可以幫助研究者更好的理解疾病的異質性和疾病的致病機理。分析結果呈現方式與前述的GO/KEGG傳統富集分析結果呈現形式一致，此處不做贅述。
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