教你怎么做miRNA靶基因驗(yàn)證（預(yù)測篇）
今天為大家分享一些miRNA研究的經(jīng)驗(yàn)。分子生物學(xué)領(lǐng)域最高大上的研究莫過于發(fā)現(xiàn)分子間的直接相互作用機(jī)制了，不發(fā)現(xiàn)個(gè)分子間新的相互作用關(guān)系你都不好意思投稿高分文章。但是，相信大家都做過Co-IP，CHIP，EMSA甚至RIP實(shí)驗(yàn)，很多時(shí)候都會(huì)被各種陰性結(jié)果弄得有掐死老板的沖動(dòng)吧。
miRNA大家都不陌生，作為一類生物體內(nèi)的重要非編碼小RNA，能夠通過靶向調(diào)控許多基因從而在幾乎所有方面都能發(fā)揮調(diào)控作用。miRNA研究在中國那是相當(dāng)?shù)幕鸨鼛啄甑闹灰莔iRNA相關(guān)的SCI文章，作者幾乎都是清一色的中國人。為什么精明的國人都像搶日本馬桶蓋一樣搶著研究miRNA呢？因?yàn)榘l(fā)現(xiàn)miRNA和靶基因的直接相互作用關(guān)系相當(dāng)容易有木有！
首先miRNA和靶基因的作用模式相對簡單，有許多權(quán)威的數(shù)據(jù)庫比如targetscan（http://www.targetscan.org/），miranda（http://www.microrna.org/microrna/home.do），miRDB（http://mirdb.org/miRDB/）等就可以進(jìn)行預(yù)測，關(guān)鍵他們還是免費(fèi)的（這點(diǎn)太重要了！）。
我們來看一下這些網(wǎng)站怎么使用：
首先是大名鼎鼎的targetscan：
紅框里填基因名字可以查詢靶向的miRNA
綠框里填miRNA名字可以查詢靶基因（注意要按照示例里的格式哦）
Miranda（又叫miRNA.org）：
點(diǎn)紅框可在跳出的頁面填基因名字查詢靶向的miRNA
點(diǎn)綠框可在跳出的頁面填miRNA名字查詢靶基因
還有miRDB：
紅框里填基因名字可以查詢靶向的miRNA
綠框里填miRNA名字可以查詢靶基因
不同數(shù)據(jù)庫的計(jì)算方法不同，造成結(jié)果的差異，很多同學(xué)喜歡用好幾個(gè)數(shù)據(jù)庫的預(yù)測結(jié)果來個(gè)交集，哼哼，這么多算法都預(yù)測出來了害怕做不出？但是不要以為聰明人只有你一個(gè)哦，miRNA靶基因?qū)儆诓豢苫厥盏恼湎зY源，發(fā)表了就沒了，經(jīng)過10多年的研究，無數(shù)的論文已經(jīng)基本上耗盡了這些優(yōu)質(zhì)的miRNA靶基因。現(xiàn)在大部分的文獻(xiàn)都是只使用一個(gè)數(shù)據(jù)庫，不是作者不愿用多種數(shù)據(jù)庫的交集結(jié)果，而是很難再找到未被發(fā)表的優(yōu)質(zhì)新靶基因了。
通過使用免費(fèi)的數(shù)據(jù)庫預(yù)測出感興趣的miRNA可能與哪些靶基因結(jié)合，隨后就是用實(shí)驗(yàn)方法驗(yàn)證預(yù)測結(jié)果了。
