教你怎么做miRNA靶基因驗證（預測篇）
今天為大家分享一些miRNA研究的經驗。分子生物學領域最高大上的研究莫過于發現分子間的直接相互作用機制了，不發現個分子間新的相互作用關系你都不好意思投稿高分文章。但是，相信大家都做過Co-IP，CHIP，EMSA甚至RIP實驗，很多時候都會被各種陰性結果弄得有掐死老板的沖動吧。
miRNA大家都不陌生，作為一類生物體內的重要非編碼小RNA，能夠通過靶向調控許多基因從而在幾乎所有方面都能發揮調控作用。miRNA研究在中國那是相當的火爆，近幾年的只要是miRNA相關的SCI文章，作者幾乎都是清一色的中國人。為什么精明的國人都像搶日本馬桶蓋一樣搶著研究miRNA呢？因為發現miRNA和靶基因的直接相互作用關系相當容易有木有！
首先miRNA和靶基因的作用模式相對簡單，有許多權威的數據庫比如targetscan（http://www.targetscan.org/），miranda（http://www.microrna.org/microrna/home.do），miRDB（http://mirdb.org/miRDB/）等就可以進行預測，關鍵他們還是免費的（這點太重要了?。?。
我們來看一下這些網站怎么使用：
首先是大名鼎鼎的targetscan：
紅框里填基因名字可以查詢靶向的miRNA
綠框里填miRNA名字可以查詢靶基因（注意要按照示例里的格式哦）
Miranda（又叫miRNA.org）：
點紅框可在跳出的頁面填基因名字查詢靶向的miRNA
點綠框可在跳出的頁面填miRNA名字查詢靶基因
還有miRDB：
紅框里填基因名字可以查詢靶向的miRNA
綠框里填miRNA名字可以查詢靶基因
不同數據庫的計算方法不同，造成結果的差異，很多同學喜歡用好幾個數據庫的預測結果來個交集，哼哼，這么多算法都預測出來了害怕做不出？但是不要以為聰明人只有你一個哦，miRNA靶基因屬于不可回收的珍惜資源，發表了就沒了，經過10多年的研究，無數的論文已經基本上耗盡了這些優質的miRNA靶基因。現在大部分的文獻都是只使用一個數據庫，不是作者不愿用多種數據庫的交集結果，而是很難再找到未被發表的優質新靶基因了。
通過使用免費的數據庫預測出感興趣的miRNA可能與哪些靶基因結合，隨后就是用實驗方法驗證預測結果了。
