基因檢測是目前癌癥精準分型與精準用藥的主要方法。但是，基因與生命活動的最終執行者——蛋白質之間仍然存在較大差異，難以直接反映生命變化。由于生命活動的實際承擔者、大部分的疾病標志物、絕大多數的藥物治療靶標都是蛋白質，蛋白質組相比基因組更能反映疾病的狀態，因此，蛋白質組學在近年來受到了更廣泛的關注，成為生命科學新生長點。近三年，Cell、Cancer Cell 等高水平期刊陸續發表了近20篇各類腫瘤的蛋白基因組研究成果，旨在將蛋白質組學、修飾組學納入腫瘤研究中，從蛋白質水平上發現與驗證腫瘤相關基因突變、表達量變化、所調控的下游分子等，提供從DNA到RNA到蛋白質的信息流的更綜合的全景視角，連接學科之間的孤島，使得科學家能更全面的認識腫瘤，為腫瘤未來的精準治療提供新的思路和方向。如何利用蛋白質組學技術為臨床科研加分，讓人耳目一新？吉凱基因特邀復旦大學人類表型組研究院丁琛課題組、Nature Biotechnology 一作馮晉文博士做客吉凱直播間，您千萬不要錯過。
我國在2014年啟動“中國人類蛋白質組計劃”，通過繪制人類十大惡性腫瘤的蛋白組“地形圖”，試圖在蛋白這個更高級的維度上理解腫瘤，揭示腫瘤的分子機制，尋找治療靶標。自此，在眾多國內高水平研究成果中，我們能夠經?？吹降鞍踪|組學技術的使用。
- 蛋白質組學技術在腎癌中的應用
本期吉凱特邀講師馮晉文博士分享的“中國人群透明細胞腎癌的蛋白質基因表達圖譜“為其4月19日在Nature Communications 發表的研究成果“A proteogenomic analysis of clear cell renal cell carcinomain a Chinese population”。
馮晉文博士為此項研究中的共同第一作者。復旦大學人類表型組研究院丁琛教授、復旦大學附屬腫瘤醫院葉定偉教授、張海梁教授和上海交通大學附屬新華醫院趙健元教授為本文共同通訊作者。此前，2019年美國臨床蛋白質組學腫瘤分析聯盟（CPTAC）公布了103例透明細胞腎癌患者的蛋白質基因組學特征。然而，由于研究人群集中在西方腎癌患者上，在治療方式、藥物使用上同國內的患者存在差距，該研究并不能滿足國內腎癌臨床和基礎研究中的迫切需求。此項研究通過蛋白質基因組學技術（蛋白質組和全外顯子測序）對232例中國人群腎透明細胞癌進行分析，首次通過大樣本隊列描繪了中國透明細胞腎癌的蛋白基因圖譜，并發現了中西方透明腎癌關鍵致病基因突變譜差異。根據中國人群的蛋白組表達譜，可將透明細胞腎癌患者分為三型。研究成果為透明細胞腎癌的精準治療提供了新的干預靶點和分子分型理論依據。
- 蛋白質組學技術在肝癌中的應用
去年年底（2021年12月30日）, 復旦大學附屬中山醫院樊嘉院士、中國科學院上海藥物研究所周虎研究員、中國科學院分子細胞科學卓越創新中心高大明研究員和復旦大學附屬中山醫院高強教授課題組，在Cancer Cell 上發表肝內膽管癌的重磅級研究成就成果“Proteogenomic characterization identifies clinically relevant subgroupsof intrahepatic cholangiocarcinoma”。 基于蛋白基因組學技術（基因組、轉錄組、蛋白質組、磷酸化修飾組和微生物組技術）對262例肝內膽管癌患者癌與癌旁組織進行聯合分析，同樣揭示了具有不同特征和預后的疾病亞群，這描述了iCCA發病機制的復雜機制，為未來的精準治療探索提供了前景。這項研究是樊嘉院士團隊繼2019年肝細胞癌分子分型登頂國際頂刊Cell、以及2019與賀福初院士團隊合作的早期肝細胞蛋白組登頂Nature之后的又一力作。
- 蛋白質組學技術在肺癌中的應用
2020年7月9日Cell 雜志同時在線發表了三篇國內外研究者關于肺癌蛋白質組學的研究成果，描繪了肺細胞癌的蛋白質組表達譜圖，發現了肺癌精準治療的新靶點，具有極為重要的臨床指導意義。來自中科院上海藥物所譚敏佳研究員、中國醫學科學院肖汀教授、北京蛋白質組研究中心賀福初院士、汪宜研究員、上海交通大學李婧教授等合作在Cell上發表題為“Integrative Proteomic Characterization of HumanLung Adenocarcinoma”的研究論文，對103例肺腺癌的樣品進行了蛋白基因組學技術（蛋白質組學，磷酸化蛋白質組學，轉錄組和全外顯子組測序）。通過基于蛋白質組層面的分子特征，可以將肺腺癌分為3個亞型（S-I, S-II, and S-III），并具有不同的臨床預后。除此之外，研究團隊還發現了新的潛在藥物靶點，以及血液中的HSP 90β可以作為肺腺癌的潛在預后標志物。該研究從機理、診斷和治療方面，都提供了新的重要的信息。通過以上幾篇國內高水平研究成果的回顧，我們不難發現蛋白質組學技術對于疾病分型、藥靶篩選以及機制闡述具有重要的研究意義。在此次的蛋白質組專題研討會上，除了我們特邀講師馮晉文博士為大家分享蛋白質學的研究成果外，也涉及到對4D-DIA磷酸化和4D-PRM的技術測評和應用案例介紹。歡迎參加6月1日的直播講座，掃碼即可免費報名！
吉凱基因憑借多年在靶標篩選及驗證服務領域的技術積累，建立的標準化 、工程化 、系統化的GRP平臺，為中國研究型醫生提供科研服務，加快科研成果轉化。其中，多組學平臺包含蛋白質組學平臺和高通量測序平臺：
·蛋白質組學平臺擁有多臺timsTOF Pro、Exploris 480高精度質譜儀，專業的Spectronaut Plusar、Mascot等分析軟件，提供專業的4D、DIA、TMT、PRM、磷酸化修飾組、Olink蛋白質組等檢測服務，強大的機器學習算法、IPA分析、蛋白基因組分析服務，系統的生物標志物、分子分型、藥物靶點、基因功能研究等解決方案，真正讓廣大研究型醫生的科研工作更省心、更省力、更高效；
·高通量測序平臺分為常規測序服務和單細胞測序服務：單細胞測序擁有10x和BD兩個平臺，提供單細胞RNA-seq、單細胞核測序、單細胞混樣RNA-seq、單細胞TCR/BCR、單細胞（RNA+ATAC）、空間轉錄組測序等服務；常規測序服務提供meRIP-seq（m6A/m1A/m7G/m5C 等RNA甲基化修飾測序）、acRIP-seq（ac4C RNA乙酰化修飾測序）、ATAC-seq、Ribo-seq（翻譯組測序） 、mRNA/miRNA/LncRNA/circRNA-seq、全轉錄組測序（兩文庫/三文庫）、外泌體miRNA/LncRNA-seq、WGS/WES、WGBS、RRBS、BSAS等服務。
我國在2014年啟動“中國人類蛋白質組計劃”，通過繪制人類十大惡性腫瘤的蛋白組“地形圖”，試圖在蛋白這個更高級的維度上理解腫瘤，揭示腫瘤的分子機制，尋找治療靶標。自此，在眾多國內高水平研究成果中，我們能夠經?？吹降鞍踪|組學技術的使用。
- 蛋白質組學技術在腎癌中的應用
馮晉文博士為此項研究中的共同第一作者。復旦大學人類表型組研究院丁琛教授、復旦大學附屬腫瘤醫院葉定偉教授、張海梁教授和上海交通大學附屬新華醫院趙健元教授為本文共同通訊作者。此前，2019年美國臨床蛋白質組學腫瘤分析聯盟（CPTAC）公布了103例透明細胞腎癌患者的蛋白質基因組學特征。然而，由于研究人群集中在西方腎癌患者上，在治療方式、藥物使用上同國內的患者存在差距，該研究并不能滿足國內腎癌臨床和基礎研究中的迫切需求。此項研究通過蛋白質基因組學技術（蛋白質組和全外顯子測序）對232例中國人群腎透明細胞癌進行分析，首次通過大樣本隊列描繪了中國透明細胞腎癌的蛋白基因圖譜，并發現了中西方透明腎癌關鍵致病基因突變譜差異。根據中國人群的蛋白組表達譜，可將透明細胞腎癌患者分為三型。研究成果為透明細胞腎癌的精準治療提供了新的干預靶點和分子分型理論依據。
- 蛋白質組學技術在肝癌中的應用
去年年底（2021年12月30日）, 復旦大學附屬中山醫院樊嘉院士、中國科學院上海藥物研究所周虎研究員、中國科學院分子細胞科學卓越創新中心高大明研究員和復旦大學附屬中山醫院高強教授課題組，在Cancer Cell 上發表肝內膽管癌的重磅級研究成就成果“Proteogenomic characterization identifies clinically relevant subgroupsof intrahepatic cholangiocarcinoma”。 基于蛋白基因組學技術（基因組、轉錄組、蛋白質組、磷酸化修飾組和微生物組技術）對262例肝內膽管癌患者癌與癌旁組織進行聯合分析，同樣揭示了具有不同特征和預后的疾病亞群，這描述了iCCA發病機制的復雜機制，為未來的精準治療探索提供了前景。這項研究是樊嘉院士團隊繼2019年肝細胞癌分子分型登頂國際頂刊Cell、以及2019與賀福初院士團隊合作的早期肝細胞蛋白組登頂Nature之后的又一力作。
- 蛋白質組學技術在肺癌中的應用
2020年7月9日Cell 雜志同時在線發表了三篇國內外研究者關于肺癌蛋白質組學的研究成果，描繪了肺細胞癌的蛋白質組表達譜圖，發現了肺癌精準治療的新靶點，具有極為重要的臨床指導意義。來自中科院上海藥物所譚敏佳研究員、中國醫學科學院肖汀教授、北京蛋白質組研究中心賀福初院士、汪宜研究員、上海交通大學李婧教授等合作在Cell上發表題為“Integrative Proteomic Characterization of HumanLung Adenocarcinoma”的研究論文，對103例肺腺癌的樣品進行了蛋白基因組學技術（蛋白質組學，磷酸化蛋白質組學，轉錄組和全外顯子組測序）。通過基于蛋白質組層面的分子特征，可以將肺腺癌分為3個亞型（S-I, S-II, and S-III），并具有不同的臨床預后。除此之外，研究團隊還發現了新的潛在藥物靶點，以及血液中的HSP 90β可以作為肺腺癌的潛在預后標志物。該研究從機理、診斷和治療方面，都提供了新的重要的信息。通過以上幾篇國內高水平研究成果的回顧，我們不難發現蛋白質組學技術對于疾病分型、藥靶篩選以及機制闡述具有重要的研究意義。在此次的蛋白質組專題研討會上，除了我們特邀講師馮晉文博士為大家分享蛋白質學的研究成果外，也涉及到對4D-DIA磷酸化和4D-PRM的技術測評和應用案例介紹。歡迎參加6月1日的直播講座，掃碼即可免費報名！
吉凱基因憑借多年在靶標篩選及驗證服務領域的技術積累，建立的標準化 、工程化 、系統化的GRP平臺，為中國研究型醫生提供科研服務，加快科研成果轉化。其中，多組學平臺包含蛋白質組學平臺和高通量測序平臺：
·蛋白質組學平臺擁有多臺timsTOF Pro、Exploris 480高精度質譜儀，專業的Spectronaut Plusar、Mascot等分析軟件，提供專業的4D、DIA、TMT、PRM、磷酸化修飾組、Olink蛋白質組等檢測服務，強大的機器學習算法、IPA分析、蛋白基因組分析服務，系統的生物標志物、分子分型、藥物靶點、基因功能研究等解決方案，真正讓廣大研究型醫生的科研工作更省心、更省力、更高效；
·高通量測序平臺分為常規測序服務和單細胞測序服務：單細胞測序擁有10x和BD兩個平臺，提供單細胞RNA-seq、單細胞核測序、單細胞混樣RNA-seq、單細胞TCR/BCR、單細胞（RNA+ATAC）、空間轉錄組測序等服務；常規測序服務提供meRIP-seq（m6A/m1A/m7G/m5C 等RNA甲基化修飾測序）、acRIP-seq（ac4C RNA乙酰化修飾測序）、ATAC-seq、Ribo-seq（翻譯組測序） 、mRNA/miRNA/LncRNA/circRNA-seq、全轉錄組測序（兩文庫/三文庫）、外泌體miRNA/LncRNA-seq、WGS/WES、WGBS、RRBS、BSAS等服務。