來自APT客戶發表文章，所有實驗及生信部分均在中科新生命完成。
J Proteomics. 2017 Jan 6;150:1-8. doi: 10.1016/j.jprot.2016.08.014.Epub 2016 Aug 26
研究背景
急性淋巴細胞白血?。ˋLL）是最常見的兒童腫瘤，B-ALL是最常見的兒童ALL。病情危度分級對于制訂化療方案以及提高生存率至關重要。目前危度分級標準并不近如人意。本研究采用Label free比較蛋白質組學技術，篩選用于指示病情危度的生物標志物。
樣本來源
患者骨髓，來源于 B-ALL low/medium risk group(L/MR, n=6) 、B-ALL high risk group(HR, n=6) 、 non-ALL group( n=6)
研究結果
1. 共鑒定到86個差異蛋白質；其中32個蛋白質在ALL患者骨髓樣品中高表達，并且表達量HR組高于L/M組；另外54個蛋白質只在ALL患者樣品中堅定到，且HR組的表達量高于L/M組；
根據GO功能注釋結果，這些差異蛋白主要與蛋白質結合，代謝過程以及生物學調控等功能相關（Fig 1A,1B,1C）。
對這86個蛋白進行蛋白質互作網絡分析（PPI），結果顯示其中35個蛋白質存在直接相互作用 （dPPI），并且形成了一個圍繞Hsp90β,YBX1 和 DDX48的互作網絡（Fig1D）。
鑒定蛋白質的GO功能分析
2. 蛋白層面驗證；挑選出5個蛋白（Hsp90β, YBX1,DDX48, Hsp90α和Thrp3） 進行WB驗證（Fig 2A,2B）。首先，在前期Labelfree分析的樣品中進行WB驗證，結果與Label free一致；進一步擴大樣品量（14 L/MR 以及18 HR）驗證，Hsp90β, YBX1, DDX48, Hsp90α和Thrp3同樣在HR組高表達（Fig 2C）。
Label free篩選的差異蛋白進行后續驗證
研究結論
1. 在高危B-ALL兒童患者中鑒定到86個差異表達的蛋白質，其中35個具有直接相互作用。
2. 采用Label free分析的相同標本對其中5個蛋白質進行了WB驗證，并進一步擴大了驗證樣本量；證實這些異常表達的蛋白參與了mRNA拼接，DNA損傷修復以及應激反應。
3. 本研究為兒童B-ALL提供了新的信息，這些差異表達的蛋白有助于病情的準確分級，為新的治療靶點的發現提供了有價值的線索。
小編心得
本文是一篇非常典型的利用蛋白質組學Label free技術發表在J Proteomics的文獻，研究兒童B-ALL不同分級以及non-ALL組骨髓樣品中的蛋白質差異表達，通過目前常見的一系列生信分析（GO注釋和互作）以及驗證手段（WB）獲取可信度較高的特異性（或目標性）蛋白質，為進一步的研究打下基礎。