上新 | 多樣本適用,16S擴增子建庫利器來襲!-技術前沿-資訊-生物在線

上新 | 多樣本適用,16S擴增子建庫利器來襲!

作者:翌圣生物科技(上海)股份有限公司 2024-10-25T00:00 (訪問量:45306)

 

微生物群落多樣主要包括物種多樣性、遺傳多樣性和功能多樣性3個方面,在環境、能源、食品與人體健康等諸多領域有著廣泛的研究與應用。16SrRNA擴增子測序技術是微生物群落多樣性檢測最常用的組學技術之一,該技術無需對微生物分離培養,直接提取樣本里面所有微生物的基因組,利用合適的通用引物擴增16S rDNA/18S rDNA /ITS等高變區或功能基因,采用高通量測序儀Miseq、Hiseq或Novaseq對其進行測序,通過生物信息學分析可以獲得特定實驗樣品中細菌、真菌或古菌等的物種組成、物種豐度、系統進化、群落比較等諸多信息。

 

 01

16S rDNA測序

16S rDNA為編碼原核生物核糖體小亞基rRNA的DNA序列,具有10個保守區域和9個可變區域,其中保守區在細菌間差異不大(反映了生物物種間的親緣關系),可變區具有屬或種的特異性。對16S rDNA某個可變區進行測序,可用于研究微生物中細菌或古菌的群落結構多樣性。

 

原核微生物的16S rRNA基因長度約為1500 bp,二代測序平臺對應擴增引物一般選用V3-V4區域或V4區域,三代測序平臺可選用全長擴增引物(27F/1492R)。

 

02

18S rDNA測序

18S rDNA為編碼真核生物核糖體小亞基rRNA的DNA序列。對 18S rDNA某個高變區進行測序,用于研究環境樣本中真核微生物群落結構多樣性。

 

真核微生物18S rRNA基因長度1500-2000 bp,引物一般選用V4區域。

16S rDNA測序

16S rDNA為編碼原核生物核糖體小亞基rRNA的DNA序列,具有10個保守區域和9個可變區域,其中保守區在細菌間差異不大(反映了生物物種間的親緣關系),可變區具有屬或種的特異性。對16S rDNA某個可變區進行測序,可用于研究微生物中細菌或古菌的群落結構多樣性。

 

原核微生物的16S rRNA基因長度約為1500 bp,二代測序平臺對應擴增引物一般選用V3-V4區域或V4區域,三代測序平臺可選用全長擴增引物(27F/1492R)。

 

 

03

ITS測序

ITS分為兩個區域:ITS1和 ITS2,ITS1位于真核生物rDNA序列18S和 5.8S之間,ITS2位于真核生物rDNA序列5.8S和28S之間。對ITS1(350 bp)或ITS2(400 bp)進行測序,用于研究環境微生物中真菌群落結構多樣性。

 

ITS區長度則為400-900 bp,引物一般選用ITS1區域。

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宏條形碼測序

DNA條形碼(DNA barcode)是可以代表物種的、有足夠變異的、易擴增且相對較短的生物DNA片段。宏條形碼技術結合了DNA條形碼和高通量測序技術的優勢,使用特異性引物對目標生物類群的基因進行擴增,并通過高通量測序技術增加測序深度,從而增加對環境DNA的覆蓋度和識別度。05

目標區域擴增子測序

利用二代高通量測序技術,對某些目標基因(如產甲烷古菌,固氮菌等)的PCR產物進行測序及分析。

 

 

產品介紹

01

16S rDNA文庫建庫試劑盒利用高通量測序技術對16S rDNA中V3-V4或V4區片段進行擴增,結合生物信息學技術,檢測特定環境下的微生物,鑒定所檢細菌種類,提供環境樣本物種分類、物種豐度、種群結構、系統進化等諸多信息。試劑盒中包含進行細菌16S rDNA擴增的所有試劑、16S PCR擴增引物F/R,組合Illumina 和MGI平臺 Index 引物試劑盒用于16S rDNA片段的擴增。

 

 

產品應用

 

· 

科學研究:進行微生物群落結構和功能研究;

·  

臨床監測:用于疾病診斷、感染控制和治療監測;

· 

環境監測:評估環境樣本中的微生物多樣性和污染情況;

· 

農業研究:研究土壤微生物群落對作物生長的影響;

· 

能源領域:特殊功能的菌株、基因挖掘、工程菌的開發;

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食品相關監測:檢測和控制食品中的微生物污染。

· 

產品特點

03

適用多樣本類型:兼容大多數常見環境樣本,如土壤、糞便、水體、生物膜等;

· 

高效率擴增:靈敏度低至0.1 ng,特異性優,均一性好;

· 

測序數據質量高:低背景、高覆蓋度、高均一性。

· 

 

性能展示

04

 

 

產品信息

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應用方向

產品名稱

貨號

規格

提取試劑盒

MolPure® Mag Soil/Stool DNA Kit 磁珠法土壤/糞便DNA提取試劑盒

18526ES20

20 T

18526ES50

50 T

16S rDNA鑒定

 

16S(V3-V4)Bacterial AmpSeq Prep Kit ForIllumina

12983ES08

8 T

12983ES24

24 T

12983ES96

96 T

16S(V4)Bacterial Metagenomic Library Construction Kit For MGI

12933ES08

8 T

12933ES24

24 T

12933ES96

96 T

16S/18S/ITS/宏條形碼/功能基因擴增子等

2×Hieff NGS® HG MμLtiplex PCR Master Mix

13283ES03

1 mL

13283ES08

5×1mL

16S 全長多重擴增試劑

2×Hieff® Ultra-Long PCR Master Mix

10158ES03

1 mL

 

 

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