近期，很多客戶在蛋白質組學文章投稿時遇到下面的問題，編輯要求將原始數據上傳到公共數據庫。

那么問題來了：

公共數據庫是哪個數據庫？

該怎么上傳數據？

上傳哪些數據呢？

下面，就由小編來給大家一一解答。

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◆ 公共數據庫有哪些？

目前主流的上傳蛋白質組學數據的公共數據庫有兩種：ProteomeXchange和iProX。

ProteomeXchange(簡稱PX) 網站是目前比較主流的上傳蛋白組學質譜數據的存儲平臺（http://www.proteomexchange.org），旗下包括有PRIDE Archive, MassIVE, PeptideAtlas, and jPOST等子平臺。

iProX 是國內的上傳蛋白質組學質譜數據的存儲平臺，是在ProteomeXchange協會制定的數據共享指導方針的指導下建立的，包括數據上傳系統和蛋白質組數據庫。用戶可以將自己的蛋白質組數據以公開或私密方式上傳。另外，由于iProX的服務器在國內，所以數據上傳的速度相對較快，且不需要下載和安裝軟件。國內研究者亦可以選擇該平臺進行數據提交。

此次，就由小編給大家介紹一下iProX上傳蛋白組學數據的方法步驟吧。

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◆ 蛋白質組數據如何上傳？

步驟一：注冊賬號和登錄

進入iProX官網：

https://www.iprox.cn/page/HMV006.html，點擊右上角Register。按照四步注冊要求，填寫用戶名、密碼、郵箱、姓名、單位等信息。

注冊完成后，系統會給您注冊時登記的郵箱發送確認郵件，進入您的郵件點擊鏈接激活賬號即可。激活后，便可使用注冊的用戶名和密碼登錄iProX。

此時網頁會提醒你安裝或升級IBM Aspera插件，按照網頁的提示依次下載安裝即可。后面數據上傳時會用到此插件。

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步驟二：新建項目

登錄后，即可進入如下頁面。在“Project”下拉菜單“New Project”或“My Space”頁面的“New Project+”新建項目。

Tips:上圖左側的Project Tree包含三種類型數據文件①Project是用戶自己提交的project和subproject②Groups是用戶參加的group中對group成員開放的project和subproject③Public Project是所有對公眾開放的project和subproject。您如果將來參與了某個group或者對某個開放的項目感興趣，可在此處打開查看。

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步驟三：填寫項目信息

在彈出的新頁面中，根據上方導航欄順序填寫項目信息，包含項目標題、關鍵詞、項目描述、作者、通訊作者等。注意：“*”為必填項，其他為選填。Submitter、Lab Head和Publication填寫完成后點擊“save”，以免后續報錯。

該頁面中的“Access Level”有三種選擇，如下圖所示，客戶可根據自己的要求選擇對應的項目訪問權限。信息填寫完后點“Continue”保存當前填寫信息進入下一步。

Tips:上圖中的“Add to Groups”的含義是將項目（包括下面的子項目）共享到選擇的群組，選擇群組后，即使是“private”的項目和子項目，也對該群組成員公開。

“Add to subprojects”即將項目（包括下面的子項目）添加到選擇的超級項目，選擇后，項目和子項目的實驗元信息可通過超項目進行瀏覽，但項目和子項目數據的訪問權限同“Access Level”中的選擇。

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步驟四：填寫子項目信息

iProX提交系統以項目為數據管理單位的（相當于一次完整的實驗研究），一個項目下可以有多個子項目（多次實驗結果）?？梢哉J為一個子項目為一個項目下面的一次實驗；如果沒有重復/對照等不同類型的實驗，一個項目下面可以只有一個子項目。

該部分需要填寫子項目名稱、物種、質譜儀等相關信息。“*”為必填項，其他為選填。子項目中大量實驗元信息需要通過標準的控制詞匯表進行填寫即可，即點擊“Choose”，選填控制詞匯表（CV）。若項目中的樣本涉及多個物種，也可點擊“+New”添加。

如果選項里沒有您需要的詞匯，可在“CV terms Search”里搜索并選擇、添加。信息填寫完后點“Continue”保存當前填寫信息進入下一步。

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步驟五：上傳數據

iProX提供兩種上傳原始數據的方法：①通過網頁直接上傳（Upload by Browse），適合少量并且較小的文件（網頁上傳文件大小不能超過4Gb）；②通過Aspera插件上傳（upload by Aspera），適合大量較大的文件（不受文件大小和數量的限制）。一般推薦使用upload by Aspera。

iProX提供兩種數據提交方式：Complete submission（完整提交）和Partial submission（部分提交）。它們分別包含的要提交的數據及對應的格式如下表所示。目前由于利用 PRIDE Converter 2 生成 PRIDE XML 格式文件存在多種困難，所以現在多采用 Partial submission的形式來上傳數據。上傳數據時系統會根據文件的后綴進行判斷，如系統判斷錯誤，您可以手動更改：原始數據的File Type選擇Raw，搜庫結果選擇Search。

設置完成后，點擊Strat upload，瀏覽器會自動啟動Aspera，在彈出的對話框中輸入您的iProX賬號密碼即可。上傳成功后在Data File會出現你已經上傳成功的文件名稱，如下圖（如果沒有可以刷新頁面）。信息填寫完后點“Continue”保存當前填寫信息進入下一步。

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步驟六：確認信息

數據提交完成后，勾選剛剛上傳數據的項目和子項目，然后點擊Submit。接下來就是要等待iProX管理員的審核啦。審核完成后，您注冊時登記的那個郵箱會收到一封郵件，如管理員有反饋意見，按照其意見更改或補充再提交即可。審核通過后，就可以獲得iProX編號了。

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數據上傳的工作已經完成啦。是不是很簡單呢？

最后的最后，在文章致謝后的"Data Availability"或者其他位置寫明數據集的訪問信息(URL, project ID)，保密的數據集則需在郵件里告知編審數據訪問的賬號和密碼。

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