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單細(xì)胞測序樣本制備——皮膚組織篇

作者:上海吉?jiǎng)P基因醫(yī)學(xué)科技股份有限公司 2022-12-02T13:09 (訪問量:12447)

皮膚覆蓋全身,是人體最大的器官,包裹身體的最外層并時(shí)刻參與機(jī)體的功能活動(dòng),使體內(nèi)各種組織和器官免受物理性、機(jī)械性、化學(xué)性和病原微生物性的侵襲,具備屏障作用、感覺作用、調(diào)節(jié)體溫、吸收作用、分泌和排泄作用等生理保護(hù)功能。同時(shí),機(jī)體的許多異常情況會(huì)在皮膚表面反映出來,這也是造成皮膚科疾病種類龐雜的原因之一。單細(xì)胞測序可以幫助研究者們?cè)诜肿雍图?xì)胞水平上進(jìn)一步探索皮膚疾病的發(fā)生和發(fā)展進(jìn)程,為臨床診療提供更多參考。


皮膚從外到內(nèi),由表皮、真皮和皮下組織三部分組成,表皮包含角質(zhì)形成細(xì)胞、Langerhans cell、黑色素細(xì)胞等,真皮層富含膠原纖維、網(wǎng)狀纖維、彈力纖維和透明質(zhì)酸等,皮下組織則由疏松的結(jié)締組織和大量脂肪組織組成。

針對(duì)皮膚組織的構(gòu)成特點(diǎn),我們采用DNase I和其他類型膠原酶配置特定的混合酶液對(duì)組織進(jìn)行解離,消化前后結(jié)合GentleMacs儀器進(jìn)行研磨,通過機(jī)械輔助降低角質(zhì)層細(xì)胞比例;皮膚樣本細(xì)胞懸液制備中容易出現(xiàn)結(jié)團(tuán)率偏高的情況,我們利用結(jié)團(tuán)細(xì)胞團(tuán)和單個(gè)細(xì)胞間沉降系數(shù)差進(jìn)行離心沉降,輔助解離,降低結(jié)團(tuán)率;對(duì)于碎片較多的樣本,可通過活細(xì)胞染色流式分選來去除碎片和死細(xì)胞,獲得總數(shù)多、活性好、碎片少、成團(tuán)率低的單細(xì)胞懸液;同時(shí),我們還可根據(jù)客戶的具體需求,針對(duì)皮膚組織的特定類型細(xì)胞進(jìn)行分選。


皮膚組織單細(xì)胞懸液制備

實(shí)驗(yàn)?zāi)康?/span>
客戶提供新鮮組織樣本(組織保護(hù)液保存),制備細(xì)胞懸液后用于單細(xì)胞測序。

實(shí)驗(yàn)準(zhǔn)備
樣本接收,拍照留存,超凈臺(tái)紫外消毒、備好冰盒冰板,準(zhǔn)備好相應(yīng)酶液。

【酶液】:
1 mg/ml Collagenase IV
3.5 mg/ml Collagenase II
0.04 mg/ml DNase I
0.002 mg/ml hyaluronidase
HBSS

實(shí)驗(yàn)步驟
1. 將組織放入培養(yǎng)皿中,放置在冰板上,加入清洗液,清洗三次;
2. 完全棄去清洗液后,加入少量配制好的酶液,使用干凈的剪刀將組織完全剪碎;
3.待組織完全剪碎后,用移液器將每組剪碎的組織移到15mL離心管內(nèi),加入足量酶液混勻,取20μl進(jìn)行臺(tái)盼藍(lán)鏡檢;
4.將裝有組織的離心管放置在37oC搖床上消化60min;
5.待消化結(jié)束,將所有消化液轉(zhuǎn)移至離心管,加入足量清洗液,將其通過100μm, 40μm濾網(wǎng)轉(zhuǎn)移至離心管,300×g 離心5min;
6. 加入清洗液,300×g 離心5min;
7. 棄去上清,加入紅細(xì)胞裂解液重懸裂解紅細(xì)胞,裂解時(shí)間3min;
8. 加入清洗液終止裂解并清洗細(xì)胞,300×g 離心5min;
9. 棄上清,加入清洗液繼續(xù)清洗一次后重懸,取20μl懸液進(jìn)行質(zhì)檢;
10.將細(xì)胞加到37% percoll上,400×g,20min,升降速度為1,離心;
11.棄上清,使用清洗液重懸細(xì)胞,分別取20μl進(jìn)行臺(tái)盼藍(lán)染色和AOPI計(jì)數(shù)。


部分實(shí)驗(yàn)結(jié)果展示

樣本:小鼠皮膚組織
細(xì)胞活率:98.8%
活細(xì)胞濃度:3.6E+05/ml
結(jié)團(tuán)率:4.37%



樣本:人黑色素瘤
細(xì)胞活率:93.27%
活細(xì)胞濃度:2.98E+04/ml
結(jié)團(tuán)率:12.47 %

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