單細胞測序樣本制備——皮膚組織篇-環球風云-資訊-生物在線

單細胞測序樣本制備——皮膚組織篇

作者:上海吉凱基因醫學科技股份有限公司 2022-12-02T13:09 (訪問量:11237)

皮膚覆蓋全身,是人體最大的器官,包裹身體的最外層并時刻參與機體的功能活動,使體內各種組織和器官免受物理性、機械性、化學性和病原微生物性的侵襲,具備屏障作用、感覺作用、調節體溫、吸收作用、分泌和排泄作用等生理保護功能。同時,機體的許多異常情況會在皮膚表面反映出來,這也是造成皮膚科疾病種類龐雜的原因之一。單細胞測序可以幫助研究者們在分子和細胞水平上進一步探索皮膚疾病的發生和發展進程,為臨床診療提供更多參考。


皮膚從外到內,由表皮、真皮和皮下組織三部分組成,表皮包含角質形成細胞、Langerhans cell、黑色素細胞等,真皮層富含膠原纖維、網狀纖維、彈力纖維和透明質酸等,皮下組織則由疏松的結締組織和大量脂肪組織組成。

針對皮膚組織的構成特點,我們采用DNase I和其他類型膠原酶配置特定的混合酶液對組織進行解離,消化前后結合GentleMacs儀器進行研磨,通過機械輔助降低角質層細胞比例;皮膚樣本細胞懸液制備中容易出現結團率偏高的情況,我們利用結團細胞團和單個細胞間沉降系數差進行離心沉降,輔助解離,降低結團率;對于碎片較多的樣本,可通過活細胞染色流式分選來去除碎片和死細胞,獲得總數多、活性好、碎片少、成團率低的單細胞懸液;同時,我們還可根據客戶的具體需求,針對皮膚組織的特定類型細胞進行分選。


皮膚組織單細胞懸液制備

實驗目的
客戶提供新鮮組織樣本(組織保護液保存),制備細胞懸液后用于單細胞測序。

實驗準備
樣本接收,拍照留存,超凈臺紫外消毒、備好冰盒冰板,準備好相應酶液。

【酶液】:
1 mg/ml Collagenase IV
3.5 mg/ml Collagenase II
0.04 mg/ml DNase I
0.002 mg/ml hyaluronidase
HBSS

實驗步驟
1. 將組織放入培養皿中,放置在冰板上,加入清洗液,清洗三次;
2. 完全棄去清洗液后,加入少量配制好的酶液,使用干凈的剪刀將組織完全剪碎;
3.待組織完全剪碎后,用移液器將每組剪碎的組織移到15mL離心管內,加入足量酶液混勻,取20μl進行臺盼藍鏡檢;
4.將裝有組織的離心管放置在37oC搖床上消化60min;
5.待消化結束,將所有消化液轉移至離心管,加入足量清洗液,將其通過100μm, 40μm濾網轉移至離心管,300×g 離心5min;
6. 加入清洗液,300×g 離心5min;
7. 棄去上清,加入紅細胞裂解液重懸裂解紅細胞,裂解時間3min;
8. 加入清洗液終止裂解并清洗細胞,300×g 離心5min;
9. 棄上清,加入清洗液繼續清洗一次后重懸,取20μl懸液進行質檢;
10.將細胞加到37% percoll上,400×g,20min,升降速度為1,離心;
11.棄上清,使用清洗液重懸細胞,分別取20μl進行臺盼藍染色和AOPI計數。


部分實驗結果展示

樣本:小鼠皮膚組織
細胞活率:98.8%
活細胞濃度:3.6E+05/ml
結團率:4.37%



樣本:人黑色素瘤
細胞活率:93.27%
活細胞濃度:2.98E+04/ml
結團率:12.47 %

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