臨床FFPE（福爾馬林固定的石蠟包埋樣本）和穿刺樣本，仍是目前醫學領域和疾病診斷中的重要樣本來源，能夠為醫學及藥物研究提供精確和有效的病理信息?；贔FPE和穿刺樣本開展差異蛋白質組學研究，可以充分利用罕見疾病或腫瘤等樣本，研究疾病發病機制，發現與疾病診斷、分型、預后與治療密切相關的生物標志物。
本文將簡單總結利用FFPE和穿刺樣本進行蛋白組學研究的三種研究路線的共篇案例。
蛋白表達研究：3篇案例
蛋白機制研究：1篇案例（Cell文章）
蛋白生物標志物研究：1篇案例
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蛋白表達研究案例一
利用皮膚穿刺樣本研究復發性自發性頸動脈夾層的細胞外基質蛋白特征（IF= 8.77）
蛋白組學分析表明，單血管頸動脈夾層患者或多血管頸動脈夾層患者之間，或分別與健康對照組比較，均未發現差異變化蛋白，但復發性自發性頸動脈夾層患者和其他組相比，25種蛋白的表達有顯著差異。通過文獻檢索和GO分析，其中13差異表達的蛋白在結締組織的結構完整性中起主要作用，或者與結締組織疾病有關。這些蛋白質顯示聚集成膠原/彈性蛋白簇和由橋粒相關蛋白質組成的簇。
本研究揭示了復發性自發性頸動脈夾層的細胞外基質蛋白特征。從長遠來看，作者的發現可能有助于識別有復發自發性頸動脈夾層風險的患者，從而指導治療。
蛋白表達研究案例二
人心臟活檢組織蛋白組學揭示無心房顫的擴張左心房的重構蛋白質譜（IF= 4.87）
人心臟活檢組織蛋白組學揭示無心房顫的擴張左心房的重構蛋白質譜（IF= 4.87）
美國紐約大學研究者從7個二尖瓣脫垂(MVP)患者的瓣膜置換手術中獲得了珍貴的心臟活檢樣本，包括右心房、左心房和左心室樣本。這些患者的左心房擴張，但沒有房顫病史。
在對全部樣本的蛋白組學檢測后，共得到了超過7000個蛋白，并發現了不同心臟組織區的特異性分子特征，這些特征反應了不同心臟區的特殊功能。同時，作者明確了從新收集的活檢組織進行定量蛋白組分析優于尸檢樣品，因為后者中存在更多的非特異性蛋白降解。同時，作者還發現，與持續性房顫相關的蛋白質豐度增加并不是產生疾病狀態的充分條件。心房和心室之間的蛋白質豐度差異主要源于基因調控水平，反映的是一種功能需求。
蛋白表達研究案例三
FFPE蛋白質組學研究揭示了一個保守的MSI-H結直腸癌免疫特征（IF= 4.87）
FFPE蛋白質組學研究揭示了一個保守的MSI-H結直腸癌免疫特征（IF= 4.87）
研究發現，在MSI-H而非MSS中過表達的蛋白質富集在免疫相關通路，特別是抗原處理和提呈。同時還發現，STAT家族蛋白中，只有STAT1在MSI-H腫瘤過表達，并且只有STAT1顯示出與免疫相關過程的較強相關性。此外，研究者通過長期而非短期暴露于干擾素-γ的結直腸癌細胞系，在體外成功地重現了其中的一些變化?？傮w，作者的研究揭示了MSI-H結直腸癌中一個保守的免疫特征，并希望該發現能促進藥物的進一步開發。
（來源：Novel Proteome Extraction Method Illustrates a Conserved Immunological Signature of MSI-H Colorectal Tumors. Molecular & Cellular Proteomics. 2020.）
蛋白機制研究案例
FFPE蛋白質組揭示黑色素瘤對免疫療法的響應具有線粒體依賴（IF= 38.637）
FFPE蛋白質組揭示黑色素瘤對免疫療法的響應具有線粒體依賴（IF= 38.637）
研究發現：響應組的氧化磷酸化和脂質代謝高于無響應組。脂質代謝是一種調節機制，通過提高抗原呈遞來增加黑色素瘤的免疫原性，從而在體外和體內增加T細胞介導的腫瘤殺傷的敏感性?？傮w，作者的蛋白質組分析揭示了黑色素瘤代謝狀態和免疫治療反應之間的聯系，可作為未來改善治療響應的基礎。
蛋白標志物研究案例
基于大樣本FFPE蛋白譜獲得的蛋白標志物組合能區分甲狀腺結節的良惡性
西湖大學郭天南/李子青團隊對931例甲狀腺結節組織樣品（包括發現隊列FFPE樣本n=579，回顧性測試陣列FFPE樣本 n=288和前瞻性預測陣列穿刺樣本n=64）進行了系統的蛋白質組學檢測和分析。
最終經過機器學習測試和驗證的蛋白標志物模型含有14個蛋白，具有良好的診斷能力，相關成果目前發表在預印版平臺MedRxiv。
（來源：Protein Classifier for Thyroid Nodules Learned from Rapidly Acquired Proteotypes. MedRxiv. 2020）
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