7-9月，單細胞測序又發表了這些高分文章?。?/h3>

作者：上海吉凱基因醫學科技股份有限公司 2022-11-30T15:25 (訪問量:11327)

本期我們回顧下7-9月份單細胞領域發表的文章，并挑選其中的高分文章進行分享。

我們在Pubmed搜索了2022/07/01—2022/09/30在Title/Abstract中出現single cell或single nucleus的文章，總數為2802篇，按照影響因子篇數如下：
Review：362篇
IF≥20：168篇
10：386篇

案例一
肺成纖維細胞通過重塑局部免疫微環境促進轉移前生態位的形成

摘要：原發性腫瘤是轉移前生態位形成的驅動因素，但次要器官對轉移性傳播的協調性尚不清楚。通過單細胞RNA測序和免疫熒光，研究人員確定了環氧合酶2(COX-2)的外膜成纖維細胞重塑了肺免疫微環境。在穩定狀態下，肺中的成纖維細胞產生前列腺素E2（PGE2），從而驅動功能失調的樹突細胞（DC）和抑制性單核細胞。成纖維細胞中Ptgs2（編碼COX-2）的基因消融足以逆轉肺駐留骨髓細胞的免疫抑制表型，在多種乳腺癌模型中促使免疫激活增強和肺轉移減少。此外，通過成纖維細胞特異性Ptgs2缺失或PGE2受體EP2和EP4的雙重抑制，改善了DC治療和PD-1阻斷的抗轉移活性。總的來說，肺內成纖維細胞重塑了局部免疫環境，以促進乳腺癌轉移。

案例二
DOCK2參與重癥COVID-19的宿主遺傳學和生物學

摘要：確定導致嚴重新冠肺炎的宿主遺傳因素是一個新的挑戰。在本研究中，研究人員進行了一項全基因組關聯研究（GWAS），囊括了在大流行初期收集的日本個體隊列中的2393例新冠肺炎病例及3289例未受影響的對照組。在5號染色體5q35處發現了一個變體（rs60200309-a），該變體接近胞質分裂2基因（DOCK2）的專用子，在65歲以下的患者中與嚴重的新冠肺炎相關。這種風險等位基因在東亞人群中很普遍，但在歐洲人中很少見。對473份外周血樣本進行RNA測序分析，發現這些年輕患者中DOCK2表達降低與風險等位基因相關。在新冠肺炎嚴重病例中，DOCK2表達受到抑制。單細胞RNA測序分析（n=61）確定了DOCK2的細胞類型特異性下調和非經典單核細胞中風險等位基因對DOCK2表達的新冠肺炎特異性降低作用。嚴重新冠肺炎患者肺標本的免疫組化顯示DOCK2表達受到抑制。此外，在敘利亞倉鼠SARS-CoV-2感染模型中，CPYPP對DOCK2功能的抑制增加了肺炎的嚴重程度，其特征是體重減輕、肺水腫、病毒載量增加、巨噬細胞募集受損和I型干擾素反應失調。最終得出結論，DOCK2在宿主對SARS-CoV-2感染的免疫反應和嚴重新冠肺炎的發展中起著重要作用，可作為潛在的生物標記物和治療靶點進一步探索。

案例三
不同腫瘤中癌細胞狀態的復發及其與微環境特異性的相互作用

摘要：個別癌癥類型中腫瘤惡性細胞之間的具有轉錄異質性，并形成癌細胞狀態，然而，我們尚不清楚這些狀態在多大程度上跨越了腫瘤類型，構成了癌癥的一般特征。本文對 15 種癌癥類型進行泛癌單細胞 RNA 測序分析，并確定基因模塊的目錄，其表達定義了復發性癌細胞狀態，包括“應激”（stress）、“干擾素反應”（interferon response）、“上皮-間充質轉化”（epithelial-mesenchymal transition）、“金屬反應”（metal response）、“基礎”（basal）和“纖毛化”（ciliated）?？臻g轉錄組分析將癌細胞中的干擾素反應與腫瘤微環境中的T細胞和巨噬細胞聯系起來。小鼠模型驗證進一步發現干擾素應答模塊的誘導因腫瘤位置而異，并且在淋巴細胞消除后減弱。該工作為研究癌細胞狀態如何與腫瘤微環境相互作用，進而形成能夠免疫逃逸并具有耐藥性和轉移的有組織系統提供了框架。

案例四
在未經治療和化療耐藥的胰腺癌中，空間受限的驅動因素和過渡細胞群與微環境相互作用

摘要：胰腺導管腺癌是一種致命疾病，治療選擇有限，生存率低。研究人員使用單細胞/單細胞核RNA測序、整體蛋白質基因組學、空間轉錄組學和細胞成像研究了來自31名患者的83個空間樣本（11個治療初期和20個治療期）。腫瘤細胞亞群表現出增殖、KRAS信號、細胞應激和上皮-間充質轉化的特征。定位突變和拷貝數變異將腫瘤細胞與正常細胞和移行細胞區分開來，包括腺泡到導管化生和胰腺上皮內瘤變。病理學輔助的空間轉錄組數據反卷積確定了具有不同組織學特征的腫瘤和過渡亞群。TIGIT在耗盡和調節性T細胞中協調表達， Nectin在腫瘤細胞中協同表達。耐藥樣本中含有三倍濃度的炎性癌相關成纖維細胞，可上調金屬硫蛋白。該研究為胰腺導管腺癌腫瘤復雜亞結構提供更深入見解，有助于改善該疾病患者的治療。

案例五
免疫缺陷綜合征對mRNA疫苗誘導的SARS-CoV-2特異性T細胞的功能特征有不同影響

摘要：許多免疫功能低下的患者在接種了SARS-CoV-2 mRNA后體液免疫功能下降。本研究評估了健康個體和各種免疫缺陷患者接種mRNA疫苗后SARS-CoV-2特異性T細胞的單細胞分布。在許多免疫缺陷患者中觀察到疫苗誘導的細胞介導免疫受損，特別是在實體器官移植和慢性淋巴細胞白血病患者中。值得注意的是，遺傳性缺乏成熟B細胞的個體，即X-連鎖無丙種球蛋白血癥（XLA）表現出高度功能性尖峰特異性T細胞反應。單細胞RNA測序進一步顯示，mRNA疫苗在健康個體和XLA患者中誘導了廣泛的棘突特異性CD4和CD8 T細胞功能譜。這些反應建立在CD4 T細胞的多克隆庫和具有干樣特征的寡克隆效應記憶CD45RA CD8 T細胞的穩健擴增上。該研究的數據提供了mRNA疫苗接種后SARS-CoV-2特異性T細胞反應的功能連續性，強調了細胞介導的免疫在免疫缺陷綜合征中具有不同的功能質量。

案例六
通過整合單細胞RNA測序和人類遺傳學識別疾病關鍵細胞類型和細胞過程

摘要：基因組關聯研究提供了一種強有力的手段來識別導致疾病的基因座和基因，但在許多情況下，基因傳遞疾病風險的相關細胞類型/狀態仍然未知。破譯這種關系對于識別致病過程和開發治療方法非常重要。本研究引入了sc-linker，即整合單細胞RNA測序、表觀基因組SNP到基因圖譜和全基因組關聯研究總結統計的框架，以推斷遺傳變異影響疾病的潛在細胞類型和過程。推斷的疾病豐富性概括了已知生物學，并突出了顯著的細胞-疾病關系，包括重度抑郁癥中的γ-氨基丁-酸能神經元、潰瘍性結腸炎中的疾病依賴性M細胞程序和多發性硬化中的疾病特異性補體級聯過程。在自身免疫性疾病中，健康和疾病依賴性免疫細胞類型程序都是相關的，而只有疾病依賴性上皮細胞程序是突出的，表明其在疾病反應而不是啟動中起作用。該研究的框架為識別遺傳變異影響疾病的細胞類型和細胞過程提供了強有力的方法。

案例七
單細胞分析確定慢性鼻竇炎炎癥異質性的機制

摘要：人類氣道慢性炎癥性疾?。ò员歉]炎（CRS）和哮*）的異質性細胞微環境尚不清楚。在本研究對健康個體和患有三種CRS亞型的患者的鼻粘膜進行了單細胞RNA測序（scRNA-seq），并鑒定了特異性參與CRS亞類型發病機制的疾病特異性細胞亞群和分子。ALOX15巨噬細胞通過分泌募集嗜酸性粒細胞、單核細胞和輔助T細胞2（T2）的趨化因子，參與了CRS一種亞型的2型免疫驅動的發病機制，即嗜酸性CRS伴鼻息肉（eCRSwNP）。在嗜酸性鼻竇炎小鼠模型中，ALOX15抑制劑減少了人巨噬細胞中促炎趨化因子的釋放，并抑制了2型免疫的過度激活。該研究的發現促進了對異質免疫微環境和CRS亞型發病機制的理解，并確定了治療CRS和其他2型免疫介導疾病的潛在治療方法。

案例八
人類胰腺的3D染色質圖揭示了T2D風險的譜系特異性調控結構

摘要：三維（3D）染色質組織圖有助于剖析細胞類型特異性基因調控程序。此外，3D染色質圖譜通過將遠端調控區和遺傳風險變體連接到各自的靶基因，有助于闡明復雜遺傳疾病的發病機制。為了了解糖尿病風險的細胞類型特異性調控結構，研究人員使用單細胞RNA-seq、單細胞ATAC-seq和分選細胞的高分辨率Hi-C生成了人胰腺腺泡、α和β細胞的轉錄組和3D表觀基因組圖譜。這些圖譜的比較揭示了不同的A/B（開放/封閉）染色質區隔、染色質環和轉錄因子介導的細胞類型特異性基因調控程序的控制。使用胰腺3D染色質圖在194個2型糖尿病GWAS信號中識別了總共4750個假定的目標基因對的因果變異。最終發現，候選的因果變異與其假定的靶效應基因之間的聯系是細胞類型分層的，并強調了α細胞和腺泡細胞在糖尿病發病機制中先前被低估的作用。

案例九
早期肺腺癌中B細胞和漿細胞的單細胞免疫基因組圖譜

摘要：腫瘤浸潤性B細胞和漿細胞（TIB）在肺腺癌（LUAD）中普遍存在，但其特征較差。研究人員對16個早期LUAD和47個匹配的多區域正常組織進行了配對單細胞RNA和B細胞受體（BCR）測序。通過對約50000個TIB的綜合分析，定義了LUAD和鄰近正常生態系統中的12個TIB亞群，并證明了LUAD中TIB的廣泛重塑。記憶B細胞和漿細胞（PC）在腫瘤組織中高度富集，具有更分化的狀態和更高的體細胞超突變頻率。吸煙者表現出明顯升高的PC，并具有明顯的分化軌跡。在LUAD患者、吸煙者中，隨著病理階段的增加，BCR克隆型多樣性增加，但克隆性降低。TIB主要定位于CXCL13+淋巴細胞聚集體內，CXCL13產生的免疫細胞源隨著LUAD進展而演變，并包括CD4調節性T細胞的升高。本研究提供了LUAD早期TIB的空間景觀。

案例十
人類肝臟發育的單細胞圖譜揭示了指導肝細胞命運的途徑

摘要：由于缺乏有關人類肝臟發育的知識，肝臟疾病的治療進展受到阻礙。本文通過以單細胞分辨率描述構成人類肝臟的不同細胞類型的發育軌跡來解決這一限制。轉錄組學分析表明，連續的細胞間相互作用直接影響肝細胞的功能成熟，非實質細胞在器官發生過程中發揮重要作用。利用這些信息來推導雙電位成肝細胞類器官，然后利用該模型系統來驗證信號通路在肝細胞和膽管細胞規范中的重要性。對成熟肝臟的進一步深入研究還能鑒定階段特異性轉錄因子，以改善由人多能干細胞產生的肝細胞樣細胞的功能。該研究建立了一個平臺，以探索人類肝臟發育的基本機制并發現用于臨床應用的細胞類型。



吉凱基因憑借多年在靶標篩選及驗證服務領域的技術積累，建立的標準化 、工程化 、系統化的GRP平臺，為中國研究型醫生提供科研服務，加快科研成果轉化。其中，多組學平臺包含高通量測序平臺和蛋白質組學平臺：

·高通量測序平臺分為常規測序服務和單細胞測序服務：單細胞測序擁有10x和BD兩個平臺，提供單細胞RNA-seq、單細胞核測序、單細胞混樣RNA-seq、單細胞TCR/BCR、單細胞（RNA+ATAC）、空間轉錄組測序等服務；常規測序服務提供meRIP-seq（m6A/m1A/m7G/m5C 等RNA甲基化修飾測序）、acRIP-seq（ac4C RNA乙?；揎棞y序）、ATAC-seq、Ribo-seq（翻譯組測序） 、mRNA/miRNA/LncRNA/circRNA-seq、全轉錄組測序（兩文庫/三文庫）、外泌體miRNA/LncRNA-seq、WGS/WES、WGBS、RRBS、BSAS等服務；

·蛋白質組學平臺擁有多臺timsTOF Pro、Exploris 480高精度質譜儀，專業的Spectronaut Plusar、Mascot等分析軟件，提供專業的4D、DIA、TMT、PRM、磷酸化修飾組、olink蛋白質組等檢測服務，強大的機器學習算法、IPA分析、蛋白基因組分析服務，系統的生物標志物、分子分型、藥物靶點、基因功能研究等解決方案，真正讓廣大研究型醫生的科研工作更省心、更省力、更高效。

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