《Nature Communications》:北京協和醫學院揭示m6A修飾在免疫反應中的新作用-技術前沿-資訊-生物在線

《Nature Communications》:北京協和醫學院揭示m6A修飾在免疫反應中的新作用

作者:上海吉凱基因醫學科技股份有限公司 2020-01-07T13:45 (訪問量:5541)

RNA的N6-甲基腺苷(N6-methyladenosine,m6A)修飾通過影響mRNA穩定性、翻譯、轉位調控RNA代謝,進而調控多種生物通路。近年來m6A被認為是宿主免疫細胞區分自身和非自身的重要機制,也可能是病毒免疫逃避的一種機制,然而m6A在先天免疫中的作用尚不清楚。


2019年4月23日,中國醫學科學院北京協和醫學院在《Nature Communications》(IF:12.353)上發表了題為“Mettl3-mediated mRNA m6A methylation promotes dendritic cell activation” 的文章,揭示了RNA甲基化轉移酶Mettl3介導的m6A修飾促進樹突狀細胞(DC)功能活化的分子機制。







研究方法


首先,作者利用DC模型檢測m6A修飾在DC成熟過程中的表達情況,發現成熟DC(maDC)中m6A修飾水平及其甲基轉移酶水平顯著升高(圖1.a b)。隨后在轉錄組水平,作者利用免疫沉淀聯合高通量測序技術(meRIP-seq)分析m6A修飾,富集到高置信度的m6A峰,GO富集分析發現這些轉錄本聚類在免疫系統和炎癥反應中(圖1.e)。




圖1. m6A修飾水平在maDC中升高


接著,作者在DC中特異性缺失Mettl3基因(Mettl3KO),研究m6A在DC成熟和功能中的作用,發現Mettl3基因缺失,共刺激分子表達下降,促炎細胞因子的產生受損(圖2.a-d)。


使用吉凱基因提供的慢病毒產品Lenti-Mettl3(M3-Wt)和Lenti-Mettl3分別過表達野生型Mettl3(M3_Wt)和突變型Mettl3,過表達M3_Wt可恢復正常功能,過表達突變型沒有這種效果(圖2.f、g),表明Mettl3介導的m6A修飾促進DC的成熟和促炎細胞因子的分泌。



圖2. Mettl3以催化m6A的方式促進DC成熟


此外,作者還檢測了Mettl3 KO的DC促進T細胞增殖的情況,通過體外和體內實驗發現Mettl3的m6A催化活性是DC促進T細胞增殖功能必需的(圖3)。


圖3. Mettl3催化m6A的方式促進DC催化T細胞增殖


作者進一步研究了Mettl3介導m6A促進DC成熟和活化的分子機制。RNA-seq發現Mettl3缺失導致TLR4/NF-κB通路下游的分子表達下調(圖4.a、b),測量該通路分子的表達和磷酸化水平,發現分子的表達和磷酸化水平顯著降低(圖4.e),表明基因的下調可能由轉錄活性降低導致。



圖4. Mettl3在DC成熟過程中增強先天反應和NF-κB通路信號傳導


然后作者探究了Mettl3是否是通過m6A依賴機制調控Tirap、CD80、CD40的表達。發現Mettl3KO maDC中CD40和CD80在蛋白水平、m6A修飾水平降低(圖5.a-c)?;蚪M核糖體分析發現,Mettl3KO maDC中蛋白的翻譯效率降低(圖5.d、c)。



圖5. Mettl3在體內促進Tirap、CD80和CD40 mRNA的翻譯


同時,體外實驗也得到類似的結果(圖6),表明Mettl3介導的m6A修飾促進了Tirap、CD40、CD80的翻譯表達。



圖6. Mettl3在體外促進Tirap、CD80和CD40 mRNA的翻譯


最后,作者使用免疫沉淀反應和基因敲除實驗研究了m6A閱讀器Ythdf1與CD40和CD80翻譯增加的關系,發現Ythdf1可以識別m6A修飾的mRNA,促進CD40和CD80 mRNA翻譯(圖7)。



圖7. CD40和CD80的m6A依賴性翻譯增強與Ythdf1呈正相關


總 結


1. Mettl3介導的CD40、CD80和Tirap的m6A在促進DC活化和成熟中起重要作用;

2. CD40和CD80的上調表達有助于DC的抗原呈遞和T細胞刺激;

3. Tirap的高表達增強了TLR4/NF-κB信號,提高了促炎細胞因子的分泌。



吉凱助力

該研究中慢病毒產品:Lenti-Mettl3、Lenti-Mettl3及對照病毒均由吉凱基因提供。通過感染樹突細胞(DCs),使其有效的過表達野生型或突變型Mettl3,進而幫助證明了Mettl3通過催化m6A修飾促進DC的成熟和促炎細胞因子的。





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