單細胞測序樣本制備系列——肝臟組織篇-環球風云-資訊-生物在線

單細胞測序樣本制備系列——肝臟組織篇

作者:上海吉凱基因醫學科技股份有限公司 2022-12-02T13:11 (訪問量:13535)

肝臟是消化系統中最大的消化腺,也是人體內臟中最大的器官,位于人體的腹部位置右側橫隔膜之下。作為消化器官,肝臟參與糖、脂類、蛋白質三大基本物質的代謝,同時,作為人體內最大的解毒器官,肝臟不僅可對多種來源的毒物和廢物以及對肝臟有毒性的藥物等進行解毒并以無害物質的形式分泌到膽汁或血液排出體外,而且還有造血和凝血等作用。


肝小葉是肝結構和功能的基本單位,肝小葉以中央靜脈為中心,肝板、肝血竇圍繞中央靜脈呈輻射狀分布。肝臟的細胞組成主要包括肝實質細胞(即肝細胞)和非實質細胞(貯脂細胞(Ito細胞),血竇內皮細胞,Kupffer細胞,陷窩細胞,巨噬細胞等)。


肝臟是單細胞測序的常見樣本類型,由于肝臟里面微血管含量豐富,一般對于動物肝臟取材,灌注以后效果會更好一些,不灌注直接取材,微血管里的血液凝血后會帶有大量的游離免疫細胞,后續無法通過清洗獲得理想效果,導致免疫細胞占比增加。對于肝臟樣本,吉凱基因擁有豐富的樣本處理經驗,平臺新鮮取材,加入EDTA-PBS里,通過在有抗凝血作用的緩沖液中剪碎后清洗的方式,也能獲得跟灌注相似的結果。下面就讓我們跟著小編一起來漲姿勢吧!

人肝癌組織單細胞懸液制備

實驗目的:
將肝癌樣本分離,制備單細胞懸液,用于后續單細胞測序。

實驗準備:
樣本接收,拍照留存,超凈臺紫外消毒、備好冰盒冰板,準備好相應酶液。
【酶液】:
2mg/ml collagenase IV
1mg/ml collagenase I
0.02 mg/ml DNase I
30 U/ml hyaluronidase
5% FBS
0.6% bovine serum albumin (BSA)
HBSS

實驗步驟:
1. 將組織倒入培養皿中,加入清洗液,搖晃清洗后棄去,共清洗三次;
2. 完全棄去清洗液后,加入配置好的酶液,使用干凈的剪刀將組織完全剪碎;
3. 待組織完全剪碎后,用移液器將每組剪碎的組織移到 15ml 離心管內;
4. 將裝有組織的離心管放置在 37℃搖床上消化 30min,30min 后吸上清過濾,加入新酶再消化 30min;
5. 待消化結束,將各組消化液轉移至 50ml 離心管,補清洗液至 40ml,將其通過 40μm 濾器轉移至新 50ml 離心管,300×g 離心 5min;
6. 棄去上清,加入紅細胞裂解液 1ml 重懸裂解紅細胞,裂解時間 3min;
7. 加入 10ml 清洗液終止裂解并清洗細胞,300×g 離心 5min 后清洗液重懸;
8. 加入新的清洗液,300×g離心 5min 清洗細胞兩次后對懸液進行質檢。


小鼠肝臟組織單細胞懸液制備

實驗目的:
將小鼠肝臟樣本分離,制備單細胞懸液,用于后續單細胞測序。

實驗準備:
樣本接收,拍照留存,超凈臺紫外消毒、備好冰盒冰板,準備好相應酶液。
【酶液】:
1mg/ml collagenase IV
0.5mg/ml collagenase I
0.02 mg/ml DNase I
30U/ml hyaluronidase
0.6% bovine serum albumin (BSA)
5% FBS
HBSS

實驗步驟:
1. 將組織倒入培養皿中,加入清洗液,搖晃清洗后棄去,共清洗三次;
2. 加入清洗液,300×g,5min 離心清洗;
3. 棄去清洗液后,加入適量消化液,混勻消化;
4. 取20uL消化懸液進行臺盼藍染色鏡檢,觀察細胞,免疫細胞占比較多,肝實質細胞剪碎后發現部分細胞死亡處理后占比較少;
5. 用封口膜將離心管封好,將樣本放置在37oC搖床消化20min;
6. 20min后,還未消化完全,吹打混勻后繼續消化5min;
7. 5min后觀察消化效果,發現組織基本消化。
8. 將消化液通過100μm,40um濾網轉移至50mL離心管內, 300×g 離心5min;
9. 棄去上層液體,加入2mL紅細胞裂解液輕柔吹散細胞,靜置3min;
10.加入清洗液至10ml終止裂紅,300×g 離心5min;
11. 棄去上清,加入適量清洗液重懸混勻,分別取20ul進行AO/PI計數及臺盼藍鏡檢。


部分實驗結果展示


樣本:人肝癌組織
細胞活率:91.2%
活細胞濃度:3.26E+05/ml
結團率:9.7%

樣本:小鼠肝臟組織
細胞活率:93.16%
活細胞濃度:9.55E+05/ml
結團率:3.54%
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