蛋白-核酸互作研究
蛋白質和核酸是組成生命的主要生物大分子，研究蛋白質和核酸的相互作用、蛋白質和蛋白質的相互作用是后基因組時代重要的研究領域之一。 目前，研究蛋白質和核酸、蛋白質和蛋白質相互作用的方法很多，今天，小編幫您來梳理下。
凝膠遷移或電泳遷移率檢測（Electrophoretic Mobility Shift Assay，EMSA）是一種檢測蛋白質和DNA序列相互結合的技術，可用于定性和定量分析。目前已用于研究RNA結合蛋白和特定的RNA序列的相互作用，是轉錄因子研究的經典方法。EMSA可檢測DNA結合蛋白、RNA結合蛋白、特定的蛋白質，并可進行未知蛋白的鑒定。
染色質免疫沉淀技術（Chromatin immunoprecipitation assay, ChIP）是將樣品中同抗體靶蛋白相互作用的DNA隨免疫復合物沉淀，是研究體內蛋白質與DNA相互作用的有力工具，利用該技術不僅可以檢測體內反式因子與DNA的動態作用，還可以用來研究組蛋白的各種共價修飾以及轉錄因子與基因表達的關系。
蛋白質與RNA的相互作用是許多細胞功能的核心，如蛋白質合成、mRNA組裝、病毒復制、細胞發育調控等。RNA Pull Down使用體外轉錄法標記生物素RNA探針，然后與胞漿蛋白提取液孵育，形成RNA-蛋白質復合物。該復合物可與鏈霉親和素標記的磁珠結合，從而與孵育液中的其他成分分離。復合物洗脫后，通過western blot實驗檢測特定的RNA結合蛋白是否與RNA相互作用。
四、RIP
RIP 技術（RNA Binding Protein Immunoprecipitation Assay，RNA 結合蛋白免疫沉淀）主要是運用針對目標蛋白的抗體把相應的RNA-蛋白復合物沉淀下來，經過分離純化就可以對結合在復合物上的RNA 進行q-PCR驗證或者測序分析。RIP 是研究細胞內RNA 與蛋白結合情況的技術，是了解轉錄后調控網絡動態過程的有力工具，可以幫助我們發現miRNA 的調節靶點。
雙報告基因用于實驗系統中作相關的或成比例的檢測，通常一個報告基因作為內對照，使另一個報告基因的檢測均一化。理想的雙報告基因方法應該使用戶能夠以螢火蟲熒光素酶所具有的速度，靈敏和線性范圍對同一樣品中的兩個報告基因同時測定。
六、酵母單雜交
酵母單雜交技術最由酵母雙雜交技術發展而來的，通過對報告基因的表型檢測，分析DNA與蛋白之間的相互作用，以研究真核細胞內的基因表達調控。由于酵母單雜交方法檢測特定轉錄因子與順式作用元件專一性相互作用的敏感性和可靠性，現已被廣泛用于克隆細胞中含量微弱的、用生化手段難以純化的特定轉錄因子。
蛋白-蛋白互作研究
一、酵母雙雜交
酵母雙雜交系統是當前廣泛用于蛋白質相互作用組學研究的一種重要方法。其原理是當靶蛋白和誘餌蛋白特異結合后，誘餌蛋白結合于報道基因的啟動子，啟動報道基因在酵母細胞內的表達，如果檢測到報道基因的表達產物，則說明兩者之間有相互作用，反之則兩者之間沒有相互作用。將這種技術微量化、陣列化后則可用于大規模蛋白質之間相互作用的研究。
二、噬菌體展示
噬菌體展示技術通過將外源肽段和噬菌體衣殼蛋白融合展示于噬菌體表面，進行高通量篩選及富集，并對所需功能的克隆進行定性分析，展示對象涵蓋抗體、抗體片段、肽段、cDNA等。該技術也可用來研究蛋白之間的相互作用，不僅有高通量及簡便的特點，還具有直接得到基因、高選擇性的篩選復雜混合物、在篩選過程中通過適當改變條件可以直接評價相互結合的特異性等優點。
免疫共沉淀也是研究蛋白-蛋白相互作用的一種經典技術，是將樣品中同抗體靶蛋白相互作用的蛋白一同隨免疫復合物沉淀，可以檢測兩種目標蛋白質是否在體內存在相互作用，也可以確定一種蛋白在體內的相互作用蛋白。這種方法得到的目的蛋白是在細胞內天然與興趣蛋白結合的，符合體內實際情況，得到的蛋白可信度較高。
蛋白質相互作用的類型有牢固型相互作用和暫時型相互作用兩種。牢固型相互作用以多亞基蛋白復合體常見，最好通過免疫共沉淀(Co-IP)或Pull-down技術研究。Pull-down技術用固相化的、已標記的餌蛋白或標簽蛋白(生物素-、PolyHis-或GST-)，從細胞裂解液中釣出與之相互作用的蛋白。通過Pull-down技術可以確定已知的蛋白與釣出蛋白或已純化的相關蛋白間的相互作用關系，從體外傳路或翻譯體系中檢測出蛋白相互作用關系。