【解讀】Shotgun技術研究旋毛蟲的故事-自主發(fā)布-資訊-生物在線

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【解讀】Shotgun技術研究旋毛蟲的故事

作者:上海中科新生命生物科技有限公司 2020-03-21T13:11 (訪問量:10184)

文獻來自中科新生命客戶(鄭州大學醫(yī)學院)同期發(fā)表。

◆ Shotgun - One

Screening and characterization of early diagnostic antigens in excretory-secretory proteins from Trichinella spiralis intestinal infective larvae by immunoproteomics. Parasitol Res. 2015 Oct 15.

旋毛蟲肌幼蟲排泄-分泌(excretory–secretoryES)抗原是最常用的旋毛蟲病診斷抗原,但其特異性的抗體在感染早期難以檢測到。該研究的主要目的是鑒定具有診斷價值的最早期入侵階段的腸感染幼蟲(intestinal infective larvaeIILES抗原蛋白。

作者首先收集腸感染幼蟲的ES蛋白并進行SDS-PAGE電泳,然后利用受感染小鼠的抗血清進行WB雜交,結(jié)果發(fā)現(xiàn)有6個條帶在感染10天時即可被抗血清明顯識別。利用LC-MS/MS的shotgun方法對這些條帶進行了分析,作者鑒定出了30個具有注釋信息的蛋白質(zhì),生物信息學GO功能注釋顯示其中27個蛋白具有水解酶活性。絲氨酸蛋白酶、胰蛋白酶(推測)、脫氧核糖核酸酶II家族蛋白等可被認為是旋毛蟲病有效的早期診斷抗原。該研究為篩選腸道感染旋毛蟲病的早期診斷抗原提供新的見解。

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◆ Shotgun - Two

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Comparative proteomic analysis of surface proteins of Trichinella spiralis muscle larvae and intestinal infective larvae. Acta Trop. 2015 Oct; 150: 79-86.

旋毛蟲肌肉幼蟲(ML)激活成為腸道感染性幼蟲(IIL)并侵入小腸上皮細胞是旋毛蟲感染的關鍵步驟。腸道感染性幼蟲是旋毛蟲侵入的第一個時期,其表面蛋白直接暴露在宿主環(huán)境中,因此對于幼蟲的侵入和發(fā)育至關重要。

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研究人員利用LC-MS/MS的shotgun技術,對ML和ILL的表面蛋白質(zhì)進行了大規(guī)模的蛋白質(zhì)表達譜分析;研究發(fā)現(xiàn)41個蛋白質(zhì)在ML和ILL中均有表達,另有85和113個蛋白質(zhì)分別在ML和ILL中特異表達;結(jié)合生物信息學GO注釋,揭示了這些蛋白質(zhì)主要參與前體代謝物和能量的生成;一些在IIL中特異表達的蛋白質(zhì)可能在幼蟲侵入和發(fā)育過程中發(fā)揮著重要作用。qPCR結(jié)果進一步證實了部分基因在ILL中的高表達。該研究為旋毛蟲侵入以及宿主-旋毛蟲相互作用機制提供了新的思路,并為疫苗的研發(fā)提供了候選抗原。

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