GST pull down實(shí)驗(yàn)原理和流程
利用重組技術(shù)將誘餌蛋白與GST（Glutathione S transferase）融合，融合蛋白通過(guò)GST與固相化在磁珠上的GTH（Glutathione）親和結(jié)合。因此，當(dāng)與誘餌蛋白有相互作用的蛋白與此固相復(fù)合物混合時(shí)就可被吸附而分離。
證明2種已知蛋白間可能存在的相互作用通常采用GST pull down+WB；尋找與已知蛋白發(fā)生相互作用的未知蛋白通常采用GST+MS。
蛋白表達(dá)預(yù)測(cè)常用網(wǎng)站
1、蛋白表達(dá)之---跨膜區(qū)預(yù)測(cè)http://www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM/
TMHMM是由丹麥理工大學(xué)生物序列分析中心CBS負(fù)責(zé)維護(hù)。TMHMM使用了最先進(jìn)的復(fù)雜的隱馬爾可夫模型Hidden Markov Models數(shù)學(xué)模型來(lái)預(yù)測(cè)跨膜區(qū)域。
2、蛋白表達(dá)之---無(wú)序性分析http://protein.bio.unipd.it/espritz/
Espritz是一種新的Web服務(wù)器，用于檢測(cè)被認(rèn)為不包含結(jié)構(gòu)成分的蛋白質(zhì)區(qū)域。這種非結(jié)構(gòu)稱為蛋白質(zhì)異常。 Espritz使用基于雙向遞歸神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)（BRNN）的高效且準(zhǔn)確的預(yù)測(cè)算法。BRNN是基于序列的機(jī)器學(xué)習(xí)算法，已發(fā)現(xiàn)對(duì)其他結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)有用。
3、蛋白表達(dá)之---信號(hào)肽預(yù)測(cè)http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP-4.0/
參考案例
案例分享一：Proliferating cell nuclear antigen is protected from degradation by forming a complex with MutT Homolog2.
PCNA通過(guò)與MTH2結(jié)合形成復(fù)合物從而避免被降解（肺癌）
GST-MTH2/GST-PCNA融合蛋白與A549細(xì)胞總蛋白共孵育
A：CoIP驗(yàn)證MTH2與PCNA互作
B：GST pull down驗(yàn)證MTH2與PCNA互作
C、D：GST pull down確認(rèn)互作區(qū)域
案例分享二：SET7/9 promotes multiple malignant processes in breast cancer development via RUNX2 activation and is negatively regulated by TRIM21S
ET7/9通過(guò)RUNX2的激活促進(jìn)乳腺癌發(fā)生的多個(gè)惡性過(guò)程，并被TRIM21負(fù)調(diào)控
C：CoIP實(shí)驗(yàn)，4株細(xì)胞（乳腺癌細(xì)胞和正常乳腺細(xì)胞），正向和反向驗(yàn)證。
D：SET7/9蛋白全長(zhǎng)和截短表達(dá)確認(rèn)互作區(qū)域
案例分享三：PRMT5-dependent transcriptional repression of c-Myc target genes promotes gastric cancer progression
c-Myc依賴PRMT5抑制其靶基因轉(zhuǎn)錄促進(jìn)胃癌發(fā)展
A：IF檢測(cè)c-Myc與PRMT5共定位
B：CoIP驗(yàn)證c-Myc與PRMT5互作
C：GST pull down驗(yàn)證c-Myc與PRMT5互作
D：GST pull down確認(rèn)互作區(qū)域
E：通過(guò)缺失突變進(jìn)一步確認(rèn)互作區(qū)域
F：通過(guò)定點(diǎn)突變進(jìn)一步確認(rèn)互作位點(diǎn)
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