一、磁珠殘留
原因：（1）磁珠：粒徑小、表面基團松散、磁含量低； （2）設備：磁分離方式、磁場弱；（3）操作：參數設置不合適。
解決辦法：（1）篩選、替換匹配的磁珠； （2）更換磁珠 （3）放慢磁介入速度并延長吸附時間。
二、磁珠結塊
原因：（1）微球吸附過多雜質（蛋白、脂質、多糖）； （2）微球粒徑太小；（3）洗滌完畢，乙醇干燥時間過長。
解決辦法：（1）優化裂解液、結合液配方； （2）選擇粒徑較大的微球；（3）縮短干燥時間。
三、純度差
原因：（1）裂解不充分； （2）微球分散性不好； （3）微球吸附能力太強。
解決辦法：（1）優化試劑裂解液配方； （2）篩選合適粒徑及表面的磁珠；（3）磁珠表面鈍化處理。
四、得率低
原因：（1）磁珠吸附能力較弱； （2）磁珠洗脫效率較弱；（3）提取試劑（pH、鹽、醇）與磁珠不匹配
解決辦法：（1）改變表面基團種類及密度； （2）減少干燥時間、加熱洗脫；（3）優化試劑配方。
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