RNA與蛋白質的相互作用是細胞生理過程得以實現的決定性因素之一。近年來，隨著技術的改進和新方法的建立，RNA和蛋白質的相互作用研究取得了長足進步。目前科研人員已經鑒定了較多RNA上的蛋白質結合位點，也發現了許多蛋白質中的RNA結合結構域，并對它們的結構特征進行了比較詳細的研究。這些為最終探明RNA和蛋白質相互作用的分子機制，從而從本質上認識相關的細胞生理過程打下了堅實的基礎。
RNA pull-down作為研究RNA與蛋白互作的核心技術，已成為研究焦點。RNA pull down是使用體外轉錄法標記生物素RNA探針，然后與胞漿蛋白提取液孵育，形成RNA-蛋白質復合物。該復合物可與鏈霉親和素標記的磁珠結合，從而與孵育液中的其他成分分離。復合物洗脫后，通過WB實驗檢測特定的RNA結合蛋白是否與RNA相互作用，或者結合MS篩選RNA結合的未知蛋白。
RNA pull-down作為研究RNA與蛋白互作的核心技術，已成為研究焦點。RNA pull down是使用體外轉錄法標記生物素RNA探針，然后與胞漿蛋白提取液孵育，形成RNA-蛋白質復合物。該復合物可與鏈霉親和素標記的磁珠結合，從而與孵育液中的其他成分分離。復合物洗脫后，通過WB實驗檢測特定的RNA結合蛋白是否與RNA相互作用，或者結合MS篩選RNA結合的未知蛋白。
RNA pull down技術應用
癌癥腫瘤相關調控機制研究
LncRNA發揮功能的方式很廣，可以與蛋白、DNA和RNA相互作用，參與多種生物學過程的調控。主要包括基因組表觀遺傳修飾、調控轉錄后翻譯、發揮ceRNA、增強子RNA作用等，從而對細胞的增殖、分化、遷移、凋亡、免疫等發揮調控作用。
lncRNA能夠通過對腫瘤細胞糖代謝、谷氨酰胺代謝和脂類代謝途徑中的關鍵環節進行調節，導致腫瘤細胞對葡萄糖攝取增加、谷氨酰胺分解增強及脂質生成增加，從而促進腫瘤的發生和發展。目前，大多數lncRNA在腫瘤細胞能量代謝中的功能和調控機制尚不完全清楚，進一步認識和了解腫瘤細胞中與lncRNA相關的能量代謝異常表現出的惡性生物學行為，將有助于為腫瘤的診斷和治療提供有效的證據及新的思路和途徑。
環狀RNA（circular RNA，circRNA）是近來研究很熱門的一種特殊的長鏈非編碼RNA。研究發現，circRNA 在人體細胞中廣泛表達，在轉錄后水平具有調控基因表達的重要功能，并且參與多種腫瘤和其他疾病的病理發展過程
circRNA大多由外顯子序列組成，呈閉合環狀結構，性質穩定，高度保守性，通過微小RNA“海綿”作用調控靶基因表達，與腫瘤的發生、發展相關。這些特性使circRNA有潛力成為腫瘤新型分子診斷標志物。通過競爭性與腫瘤相關微小RNA的結合，可以開發針對circRNA分子靶點的靶向治療藥。因此,circRNA在腫瘤轉化醫學研究中意義巨大。
多種人類疾病研究
RBPs在轉錄后水平參與調控mRNA穩定性、LncRNA活性、應激、腫瘤發生發展、細胞凋亡等眾多生物學過程，且與諸多人類疾病密切相關。因此，對RBPs-RNAs相互作用網絡的研究和鑒定有重要意義。但由于RBPs作用方式復雜、功能多樣性、作用空間位置多樣化等原因，對其開展精確研究一直是一個重大挑戰。RNA領域，尤其是非編碼RNA研究的快速發展，催生了多種RBPs-RNAs相互作用鑒定技術。
RNA pull- down實驗常見問題
案例展示
案例一
題目：The STAT3-Binding Long Noncoding RNA lnc-DC Controls Human Dendritic Cell Differentiation
小結：RNA pull-down設置實驗組及反義鏈對照組，銀染找出差異條帶進行膠條質譜鑒定，分析結果篩選得到STAT3蛋白，進一步通過RIP-qPCR反向驗證，證實STAT3蛋白可以與lnc-DC結合。
案例二
題目：The long noncoding RNA THRIL regulates TNFα expression through its interaction with hnRNPL
小結：先用Linc1992全長進行RNA pull-down實驗，通過WB檢測手段分析四個意向蛋白中篩選得到一個差異蛋白α-hnRNPL，通過分段RNA pull-down及WB分析核心結合區域，主要是Linc1992的1-699和1406-2012區域，通過RIP-qPCR反向驗證，證明α-hnRNPL蛋白可以與Linc1992結合。
