一篇20分的腫瘤研究標準范文-技術前沿-資訊-生物在線

一篇20分的腫瘤研究標準范文

作者:上海吉凱基因醫學科技股份有限公司 2019-08-16T09:49 (訪問量:6525)

一篇20分的腫瘤研究標準范文




文章一開始就說使用RNAi介導的高通量基因功能篩選平臺進行了400個基因的功能篩選。(圖1)


? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?圖1

原來作者早期的研究發現epigenetic regulators在神經母細胞瘤中異常表達;作者假設epigenetic regulators在交感神經祖細胞中的異常表達參與神經母細胞瘤的起始和發展。本課題中作者設計針對400個調控染色體結構和功能基因的high-throughput smallinterfering RNA (siRNA)(a pool offour siRNAs per gene),利用HCS技術在NB2個細胞株:SY5Y、BE2C中篩選影響細胞增殖和形態分化的關鍵基因。HCS初篩得到53個基因在敲低表達的情況下降低細胞增殖能力;在53個基因中,16個基因同時又誘導了細胞的分化。初篩結束后,再在16個基因中單獨針對每個基因利用siRNAs篩選出SETD8, CTCF, CENPE, INCENP和ACTR5既能降低細胞增殖(NN)和增強細胞分化(NL)。那么作者如何確定最關鍵的epigenetic regulators基因?(圖2)



? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 圖2


接著作者采用21個epigenetic chemical probes(可以靶向90%的蛋白酶活性,這些蛋白的干擾siRNAs片段被siNRA庫囊括).通過IC50和體外治療指數的p值篩選標準,確定SETD8調控了神經母細胞瘤細胞的增殖和分化。(圖3)


? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?圖3


作者通過HCS及epigenetic chemical probes實驗找到了靶基因,那就定了針對這個基因往下開展工作了。接下來就是傳統套路咯。


? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 圖4


臨床相關性驗證:組織表達驗證、母細胞瘤細胞系驗證、預后分析(圖4)


? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?圖5a




? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 圖5b



? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?圖5c


機制研究干擾SETD8做基因表達譜分析富集的信號通路(圖5a)以及SETD8對p53信號通路調控的驗證(圖5b);同樣驗證SETD8的化合物UNC0379對P53信號通路的影響(圖5c)。根據SETD8之前機制文獻研究及SETD8作為epigenetic regulators,作者重點研究SEDT8對p53甲基化的調控。

Cancer cell之所以頂級,其嚴謹性非常非常高。

? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 圖6


機制研究深入:證明SETD8及UNC0379對P53信號通路的依賴性。(圖6)


? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 圖7

體內實驗:證明抑制SETD8和SETD8抑制劑UNC0379可以削弱腫瘤的生長和延長神經母細胞瘤小鼠的生存率。(圖7)




? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?該文獻的模式圖
?
總結為以下圖例:


本文有很多亮點,Dr.S感覺第一步從大量基因中通過HCS技術篩選到SETD8基因并通過這個基因找到針對該基因的化合藥物是整個研究能成型最關鍵的一步。



但是一步也是最難的一步哦!??


不用怕,吉凱基因擁有9萬個基因的shRNA文庫,可從中挑選想要篩選的基因,制備特異干擾慢病毒,同時感染細胞,在短時間內獲得數十到數百個基因的功能篩選結果......



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