qPCR常見問題及解決方案
對于從事分子生物學研究的實驗猿來說，RT-qPCR實驗可謂是老生常談了?？此骑L平浪靜，只需“RNA提取-反轉錄-熒光定量”這些按部就班的操作，實則險象環生，一丁點的出錯都有可能讓我們懷疑人生。
即便如此，在CNS的召喚下我們仍舊一遍遍的重復、重復、再重復。小翊深有體會，為此嘔心瀝血整理出來常用的SYBR Green染料法RT-qPCR實驗的幾個常見問題，并給出了可能的原因和解決方案，希望大家能夠順利度過RT-qPCR大關。
RT-qPCR實驗中，大家或多或少會遇到擴增曲線異常、熔解曲線異常和重復性不好的問題，可從以下幾個方面對癥分析。
擴增曲線異常
正常的擴增曲線一般呈S型，Ct值最好在20-30之間。異常的擴增曲線包括曲線無平臺期、曲線呈鋸齒狀和Ct值偏大等現象。
1.?Ct值偏大（如Ct值＞30）
1）模板量低或基因表達豐度低，建議增加模板量觀察Ct值能否成相應倍數減少。
2）qPCR整個反應條件不適宜或引物設計不當導致擴增效率低，建議通過標準曲線確認擴增效率。
3）擴增產物過長，建議用三步法程序擴增或通過優化引物，擴增產物長度最好不超過300bp。
4）體系中可能存在抑制劑影響酶的活性，建議梯度稀釋模板或重新制備純度更高的模板。
2.?擴增曲線無法達到平臺期
基因豐度低、循環數較少，建議增加循環數或選擇適合低豐度基因定量的產品。
3.擴增曲線平臺期鋸齒狀
1）RNA純度低，建議梯度加大模板稀釋倍數看優化效果或重新制備高純度RNA重新實驗。
2）儀器長時間未校準，建議定期進行儀器校準保養。
4.有熔解曲線，無擴增曲線
可能是擴增程序設置錯誤，未進行熒光信號搜集，建議重新實驗，增加擴增程序中延伸階段熒光信號的搜集。
5.?陰性對照有擴增
1）NTC有擴增，可能有以下兩種情況：
①Ct＞35，熔解曲線Tm值＜80℃（一般正常qPCR產物，大小在100-300bp之間，熔解曲線Tm大多在80℃以上），可能是引物二聚體導致，可進一步優化引物。
②有Ct值且＜35，表示反應體系被污染，可逐步排除污染源。
2）NRC有擴增
NTC正常，NRC有Ct值，可能是RNA含有gDNA污染。建議用DNase I消化或使用含有gDNA去除的反轉錄試劑盒。
【注】NTC是指將H2O代替模板的陰性對照反應；NRC是指將未反轉錄的RNA作為模板的陰性對照反應。
6.復孔重復性差
1）加樣誤差導致，建議移液器定期校準，另外可通過擴大反應體系或提前配制好預混液優化。
2）模板量低，建議提高模板量，使Ct值落在15-30之間。
3）儀器長時間未校準，建議定期進行儀器校準保養。
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熔解曲線異常
熔解曲線常用來判斷qPCR結果的特異性，理想的熔解曲線為單峰，異常的熔解曲線會出現雜峰、雙峰、寬峰等可能的情況，下面我們來逐一分析。
1.熔解曲線出現雙峰
1）雙峰，較低峰Tm在80℃之前
可能存在引物二聚體,建議降低引物濃度或重新設計引物等方式優化。
2）雙峰，雙峰Tm在80℃以后
①引物特異性過差導致非特異性產物擴增，建議Blast檢查引物特異性或重新設計引物。
②gDNA污染，可通過NRC進行確認。若NRC有Ct值，可重新制備模板。
2.?熔解曲線單峰但不尖銳
可能存在大小相近的非特異性產物，建議進行高分辨率瓊脂糖電泳確認。
3.熔解曲線單峰但Tm值在80℃以前
推測未加模板，僅有引物二聚體的擴增。進行高分辨率瓊脂糖電泳確認產物或重復實驗。
4.有擴增曲線，無熔解曲線
可能是熔解程序設置錯誤，未搜集熒光信號，建議重新實驗，增加熔解曲線階段的信號搜集。
5.熔解曲線峰型雜亂
1）反應體系污染，結合NTC和NRC結果確認污染情況，建議從水，引物，酶和環境等逐一排除污染。
2）試劑暴露在強光或高溫下導致試劑失效，建議用新的試劑做對比實驗。
3）儀器長時間未校準，建議定期進行儀器校準保養。
4）耗材與儀器不匹配，需確認對應儀器對耗材的要求。
6.兩種試劑對比，得到的Tm值不一樣
可能是不同試劑的促解鏈成分或含量不一樣，導致解鏈溫度Tm值不一樣。
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以上就是小翊為大家整理的RT-qPCR實驗中可能遇到的問題及相應的建議，希望對大家有所幫助