2019年1月1日，MCP發(fā)表了一篇社論，題為“Initial Guidelines for Manuscripts Employing Data-independentAcquisition Mass Spectrometry for Proteomic Analysis”，為DIA（Data-independent Acquisition）技術(shù)打call！
社論鏈接：http://www.mcponline.org/content/18/1/1#ref-9
社論中提到：對(duì)于small scale的樣本進(jìn)行差異蛋白質(zhì)組學(xué)比較分析時(shí)，標(biāo)記定量是非常有效的檢測(cè)方法。但進(jìn)行大規(guī)模樣本時(shí)（12個(gè)及以上），label-free定量方法是更加實(shí)際的選擇。（原文：For small-scale comparisons, isotopic labeling, whether introducedmetabolically or chemically, is very effective and allows comparison ofmultiple samples mixed together. However, for comparing a larger number ofsamples (a dozen or more), label-free strategies are often the most practicaloption. Reproducible and accurate quantification of a large number of proteinand peptide analytes across a large panel of samples remains a singular goal ofthe proteomics field in general.）
本次社論中介紹的DIA（Data-independentAcquisition）技術(shù) —— 數(shù)據(jù)非依賴(lài)性采集模式，屬于升級(jí)版的label-free定量蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)，就像MCP社論中提到的，DIA技術(shù)可提供全面的樣本蛋白質(zhì)及肽段信息，有效規(guī)避了DDA數(shù)據(jù)采集時(shí)遇到的重復(fù)性和覆蓋度問(wèn)題帶來(lái)的局限性。
DIA技術(shù)的應(yīng)用優(yōu)勢(shì)
(1) 疾病分型、品系研究：DIA具體高覆蓋度和重現(xiàn)性，可減少掃描本身造成的數(shù)據(jù)丟失，獲得最多有效數(shù)據(jù)用于分型研究；同時(shí)，可準(zhǔn)確反映樣本間蛋白表達(dá)的“有無(wú)差異”。
(2) 生物標(biāo)志物發(fā)現(xiàn)：DIA具體高重現(xiàn)和穩(wěn)定性，無(wú)需混合樣本，可進(jìn)行單樣本獨(dú)立分析，實(shí)現(xiàn)后期有效的統(tǒng)計(jì)分析和潛在標(biāo)志物挑選。
(3) 構(gòu)建生物樣本庫(kù)：DIA進(jìn)行全掃描數(shù)據(jù)采集，可實(shí)現(xiàn)樣本生物信息的完整保存，為后續(xù)的回溯分析提供保障。
為此，中科新生命特意在血液樣本方面開(kāi)發(fā)出獨(dú)家的DIA應(yīng)用產(chǎn)品，無(wú)需去除高豐度，無(wú)需前處理，即可在2h內(nèi)獲得>1000個(gè)蛋白！！！線性范圍可跨越5-6個(gè)數(shù)量級(jí)。
詳情可點(diǎn)擊鏈接：
https://mp.weixin.qq.com/s/icw0L9seJmEaQ0s8LG6URw
MCP雜志是蛋白質(zhì)組學(xué)領(lǐng)域雜志期刊的佼佼者，已經(jīng)為DDA（Data-dependent MSMS analysis）技術(shù)、靶向蛋白質(zhì)組學(xué)、糖組學(xué)/唐蛋白質(zhì)組學(xué)[8]和臨床蛋白質(zhì)組學(xué)相關(guān)文章的發(fā)表給出了相應(yīng)的指導(dǎo)意見(jiàn)。
到目前為止，MCP上已發(fā)表了多篇DIA-MS研究的相關(guān)報(bào)道。隨著DIA技術(shù)的快速發(fā)展，為適應(yīng)各位作者的需求，MCP雜志在2018年6月圣地亞哥召開(kāi)的第66屆美國(guó)質(zhì)譜年會(huì) (ASMS 2018)上協(xié)同數(shù)位DIA技術(shù)研究領(lǐng)域的大牛制定出該技術(shù)發(fā)表的首套指導(dǎo)意見(jiàn)，主要包括DIA重點(diǎn)方法、軟件和相應(yīng)儀器方面的內(nèi)容。
DIA-MS guidelines —— Final Version
具體鏈接：http://www.mcponline.org/page/DIA-guidelines
主要分為：Experimental Section和Result Section，具體內(nèi)容可以點(diǎn)開(kāi)上述鏈接，這里僅列舉主要目錄：
Experimental Section
1. Experimental Design andStatistical Rationale:
(1) Data Acquisition
(2) Methods for DIA DataAnalysis
2. For Spectrum-Centric DIAAnalysis:
(1) Peak List Generation
(2) Search Engine
3. For Peptide-Centric DIA Analysis
(1) Spectral Libraries
If the library was created as part of thisstudy:
If a public library was used for dataanalysis:
If predicted spectra were used:
If the library contains decoys:
(2) Matching of Data to Spectral Library
Results Section
1. Peptide and Protein Reporting
2. Quantification
3. Data Submission to a public Repository
MCP雜志對(duì)DIA技術(shù)的如此重視，也預(yù)示著DIA技術(shù)具有廣泛的應(yīng)用前景。上海中科新生命建立好的DIA平臺(tái)，到目前為止已運(yùn)行接近一年，檢測(cè)樣本數(shù)超過(guò)1000例，具備了豐富的項(xiàng)目經(jīng)驗(yàn)，是值得您選擇的蛋白質(zhì)組學(xué)合作伙伴。