2019年1月1日，MCP發表了一篇社論，題為“Initial Guidelines for Manuscripts Employing Data-independentAcquisition Mass Spectrometry for Proteomic Analysis”，為DIA（Data-independent Acquisition）技術打call！
社論鏈接：http://www.mcponline.org/content/18/1/1#ref-9
社論中提到：對于small scale的樣本進行差異蛋白質組學比較分析時，標記定量是非常有效的檢測方法。但進行大規模樣本時（12個及以上），label-free定量方法是更加實際的選擇。（原文：For small-scale comparisons, isotopic labeling, whether introducedmetabolically or chemically, is very effective and allows comparison ofmultiple samples mixed together. However, for comparing a larger number ofsamples (a dozen or more), label-free strategies are often the most practicaloption. Reproducible and accurate quantification of a large number of proteinand peptide analytes across a large panel of samples remains a singular goal ofthe proteomics field in general.）
本次社論中介紹的DIA（Data-independentAcquisition）技術 —— 數據非依賴性采集模式，屬于升級版的label-free定量蛋白質組學技術，就像MCP社論中提到的，DIA技術可提供全面的樣本蛋白質及肽段信息，有效規避了DDA數據采集時遇到的重復性和覆蓋度問題帶來的局限性。
DIA技術的應用優勢
(1) 疾病分型、品系研究：DIA具體高覆蓋度和重現性，可減少掃描本身造成的數據丟失，獲得最多有效數據用于分型研究；同時，可準確反映樣本間蛋白表達的“有無差異”。
(2) 生物標志物發現：DIA具體高重現和穩定性，無需混合樣本，可進行單樣本獨立分析，實現后期有效的統計分析和潛在標志物挑選。
(3) 構建生物樣本庫：DIA進行全掃描數據采集，可實現樣本生物信息的完整保存，為后續的回溯分析提供保障。
為此，中科新生命特意在血液樣本方面開發出獨家的DIA應用產品，無需去除高豐度，無需前處理，即可在2h內獲得>1000個蛋白！??！線性范圍可跨越5-6個數量級。
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MCP雜志是蛋白質組學領域雜志期刊的佼佼者，已經為DDA（Data-dependent MSMS analysis）技術、靶向蛋白質組學、糖組學/唐蛋白質組學[8]和臨床蛋白質組學相關文章的發表給出了相應的指導意見。
到目前為止，MCP上已發表了多篇DIA-MS研究的相關報道。隨著DIA技術的快速發展，為適應各位作者的需求，MCP雜志在2018年6月圣地亞哥召開的第66屆美國質譜年會 (ASMS 2018)上協同數位DIA技術研究領域的大牛制定出該技術發表的首套指導意見，主要包括DIA重點方法、軟件和相應儀器方面的內容。
DIA-MS guidelines —— Final Version
具體鏈接：http://www.mcponline.org/page/DIA-guidelines
主要分為：Experimental Section和Result Section，具體內容可以點開上述鏈接，這里僅列舉主要目錄：
Experimental Section
1. Experimental Design andStatistical Rationale:
(1) Data Acquisition
(2) Methods for DIA DataAnalysis
2. For Spectrum-Centric DIAAnalysis:
(1) Peak List Generation
(2) Search Engine
3. For Peptide-Centric DIA Analysis
(1) Spectral Libraries
If the library was created as part of thisstudy:
If a public library was used for dataanalysis:
If predicted spectra were used:
If the library contains decoys:
(2) Matching of Data to Spectral Library
Results Section
1. Peptide and Protein Reporting
2. Quantification
3. Data Submission to a public Repository
MCP雜志對DIA技術的如此重視，也預示著DIA技術具有廣泛的應用前景。上海中科新生命建立好的DIA平臺，到目前為止已運行接近一年，檢測樣本數超過1000例，具備了豐富的項目經驗，是值得您選擇的蛋白質組學合作伙伴。