類器官免疫肽組學(xué)揭示胰腺癌隱秘抗原潛在靶點-技術(shù)前沿-資訊-生物在線

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類器官免疫肽組學(xué)揭示胰腺癌隱秘抗原潛在靶點

作者:欣博盛生物科技有限公司 暫無發(fā)布時間 (訪問量:18195)

前沿進展

胰腺導(dǎo)管腺癌(PDAC)因極高的致死率和常規(guī)免疫治療療效不佳,是公認的“癌王”。長久以來,科學(xué)家們一直在苦苦尋找能讓T細胞精準(zhǔn)識別并殺傷胰腺癌的靶點。去年,一項題為“Pancreatic cancer-restricted cryptic antigens are targets for T cell recognition”的Science研究為這一難題帶來曙光,研究團隊利用免疫肽組學(xué)(immunopeptidomics)技術(shù)和胰腺癌類器官,發(fā)現(xiàn)了大量來自基因組非編碼區(qū)的隱秘抗原(cryptic antigen),并驗證了其中一些隱秘抗原的免疫原性和介導(dǎo)TCR-T細胞清除腫瘤的能力。

 

在這一突破性研究中,Bio X Cell的功能級抗體為文章的核心結(jié)論提供了從“發(fā)現(xiàn)”到“驗證”的關(guān)鍵支持。

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免疫肽組學(xué):免疫系統(tǒng)監(jiān)控網(wǎng)

要理解這項研究,首先需要認識一項前沿的組學(xué)技術(shù)——免疫肽組學(xué)。

免疫肽組(immunopeptidome)是指由主要組織相容性復(fù)合體(MHC,在人類中稱為 HLA)分子結(jié)合并遞呈在細胞表面的肽段總和,也被形象地稱為配體組(ligandome)。這些肽段主要源自細胞內(nèi)蛋白質(zhì)的蛋白酶體降解(MHC I 類路徑)或細胞攝取的胞外蛋白質(zhì)在內(nèi)體中的加工(MHC II 類路徑)。其生物學(xué)意義在于:

  • 免疫監(jiān)測狀態(tài)指示:免疫肽組向T細胞實時展示細胞內(nèi)部及周圍環(huán)境的健康狀態(tài),使免疫系統(tǒng)能夠識別感染、惡變或外源性抗原。

  • 界定“自我”與“非我”:它是T細胞發(fā)育中胸腺篩選的基礎(chǔ),也是自身免疫疾病、器官移植排異和抗腫瘤免疫的核心靶點。

  • 非典型來源的隱秘肽:癌組織中存在大量隱秘肽段,源自基因組中的非編碼區(qū),如長鏈非編碼RNA(lncRNA)、5’ UTR、3’ UTR和替代閱讀框(intORF),具有作為免疫治療靶點的可能性。

免疫肽組學(xué)技術(shù)利用液相色譜-串聯(lián)質(zhì)譜(LC-MS/MS)對免疫沉淀獲得的MHC-肽復(fù)合物進行高通量鑒定,在蛋白質(zhì)水平讀取結(jié)合在MHC分子上的肽段,直接回答“免疫系統(tǒng)究竟看到了什么”。

 

PDO:胰腺癌“降噪”模型

由于胰腺癌組織的腫瘤細胞含量較低(通常僅占20-30%),傳統(tǒng)的腫瘤塊(bulk tumor)分析難以精確捕捉腫瘤特異性免疫特征。文章作者構(gòu)建了患者來源的類器官(PDO),富集腫瘤細胞降低基質(zhì)干擾,實現(xiàn)深度挖掘原本被湮沒的癌癥限制性隱秘抗原。

文章解析11份HLA-I陽性PDO的免疫肽組,共鑒定到9萬多種HLA-I結(jié)合肽(HLAp),每例患者樣本8000-18500種HLAp。scRNA-seq結(jié)合PSGM(peptide source gene module)分析證實PDO中的HLAp相比腫瘤塊檢測結(jié)果特異性富集了惡性細胞特征。

類器官模型實現(xiàn)對PDAC免疫肽組的高分辨解析

類器官模型實現(xiàn)對PDAC免疫肽組的高分辨解析

 

靶點挖掘新維度:胰腺癌限制性隱秘抗原

研究人員通過對HLA-I結(jié)合肽數(shù)據(jù)的分析,驗證了胰腺癌突變負荷較低,在4份PDAC樣本中僅檢測到5種突變衍生新抗原(mutHLAp)。

與之形成鮮明對比的是,11份PDO中檢測到1700多種來自于基因組非編碼區(qū)的非典型HLA結(jié)合肽(ncHLAp),占免疫肽組的2.2-10.1%,包括500多種在正常組織中沒有檢出的癌癥限制性隱秘抗原(CR ncHLAp)。而且相比個體差異極高的mutHLAp,CR ncHLAp呈現(xiàn)較高的患者間共性(29%在多名患者樣本中檢出)。

隨后作者發(fā)現(xiàn)36.3%的CR ncHLAp在體外實驗中表現(xiàn)出免疫原性,能夠激活供體來源的細胞毒性T細胞。而且靶向高親和力CR ncHLAp的TCR-T細胞能夠在PDO及移植動物模型中抑制腫瘤生長,驗證了CR ncHLAp作為免疫治療靶點的應(yīng)用潛力。

聚焦翻譯水平的數(shù)據(jù)分析管線篩選PDAC限制性隱秘抗原

聚焦翻譯水平的數(shù)據(jù)分析管線篩選PDAC限制性隱秘抗原

 

Bio X Cell抗體助力從“發(fā)現(xiàn)”到“驗證”

Bio X Cell的#BE0079,InVivoMAb anti-human MHC Class I (HLA-A, HLA-B, HLA-C)(克隆W6/32)為這項研究的核心發(fā)現(xiàn)提供了關(guān)鍵助力,從免疫肽組學(xué)解析隱秘抗原,到在類器官中驗證新發(fā)現(xiàn)的隱秘抗原可被T細胞識別,有力支持了CR ncHLAp作為免疫治療的潛在靶點。

  • 發(fā)現(xiàn):利用Bio X Cell的W6/32抗體對PDO裂解液進行HLA-I免疫沉淀,以捕獲HLA-I分子及其結(jié)合的肽段,并通過免疫肽組學(xué)鑒定PDAC限制性隱秘抗原庫。

  • 驗證:在將類器官與TCR-T細胞體外共培養(yǎng)時,使用Bio X Cell的W6/32抗體(50μg/mL)預(yù)處理類器官30分鐘,以阻斷其表面的HLA-I分子,結(jié)果TCR-T細胞的抗原特異性殺傷作用被抑制,證實其識別和殺傷依賴于HLA-I。

CR ncHLAp特異性T細胞能夠識別并殺傷胰腺癌類器官

CR ncHLAp特異性T細胞能夠識別并殺傷胰腺癌類器官

 

免疫肽組學(xué)研究熱門抗體

Bio X Cell專注于生產(chǎn)功能級抗體近30年,已被近3萬篇文獻引用,提供多種高純度、低內(nèi)毒素、無防腐劑的HLA抗體為高分辨率高靈敏度的免疫肽組學(xué)研究保駕護航,并適用于后續(xù)類器官/體內(nèi)模型驗證。

 

參考文獻

1. Ely, ZA, et al (2025) Pancreatic cancer-restricted cryptic antigens are targets for T cell recognition. Science. 388(6747):eadk3487. doi: 10.1126/science.adk3487.

2. Tuveson, DA. (2025) The hunt for common tumor antigens. Science. 388(6747):592-593. doi: 10.1126/science.adx8688.

3. Feola, S, et al (2023) Integrating immunopeptidome analysis for design and development of cancer vaccines. Seminars in Immunology. 67:101750. doi: 10.1016/j.smim.2023.101750.

4. Admon, A. (2023) The biogenesis of the immunopeptidome. Seminars in Immunology. 67:101766. doi: 10.1016/j.smin.2023.101766.

5. Kina, E, et al (2025) The cryptic immunopeptidome in health and disease. Trends in Genetics. 412(2):162-169. doi: 10.1016/j.tig.2024.09.003.

 

 

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