免疫肽組（immunopeptidome）是指由主要組織相容性復合體（MHC，在人類中稱為 HLA）分子結合并遞呈在細胞表面的肽段總和，也被形象地稱為配體組（ligandome）。這些肽段主要源自細胞內蛋白質的蛋白酶體降解（MHC I 類路徑）或細胞攝取的胞外蛋白質在內體中的加工（MHC II 類路徑）。其生物學意義在于：

• 免疫監測狀態指示：免疫肽組向T細胞實時展示細胞內部及周圍環境的健康狀態，使免疫系統能夠識別感染、惡變或外源性抗原。

• 界定“自我”與“非我”：它是T細胞發育中胸腺篩選的基礎，也是自身免疫疾病、器官移植排異和抗腫瘤免疫的核心靶點。

• 非典型來源的隱秘肽：癌組織中存在大量隱秘肽段，源自基因組中的非編碼區，如長鏈非編碼RNA（lncRNA）、5’ UTR、3’ UTR和替代閱讀框（intORF），具有作為免疫治療靶點的可能性。

免疫肽組學技術利用液相色譜-串聯質譜（LC-MS/MS）對免疫沉淀獲得的MHC-肽復合物進行高通量鑒定，在蛋白質水平讀取結合在MHC分子上的肽段，直接回答“免疫系統究竟看到了什么”。

文章解析11份HLA-I陽性PDO的免疫肽組，共鑒定到9萬多種HLA-I結合肽（HLAp），每例患者樣本8000-18500種HLAp。scRNA-seq結合PSGM（peptide source gene module）分析證實PDO中的HLAp相比腫瘤塊檢測結果特異性富集了惡性細胞特征。

與之形成鮮明對比的是，11份PDO中檢測到1700多種來自于基因組非編碼區的非典型HLA結合肽（ncHLAp），占免疫肽組的2.2-10.1%，包括500多種在正常組織中沒有檢出的癌癥限制性隱秘抗原（CR ncHLAp）。而且相比個體差異極高的mutHLAp，CR ncHLAp呈現較高的患者間共性（29%在多名患者樣本中檢出）。

隨后作者發現36.3%的CR ncHLAp在體外實驗中表現出免疫原性，能夠激活供體來源的細胞毒性T細胞。而且靶向高親和力CR ncHLAp的TCR-T細胞能夠在PDO及移植動物模型中抑制腫瘤生長，驗證了CR ncHLAp作為免疫治療靶點的應用潛力。

• 發現：利用Bio X Cell的W6/32抗體對PDO裂解液進行HLA-I免疫沉淀，以捕獲HLA-I分子及其結合的肽段，并通過免疫肽組學鑒定PDAC限制性隱秘抗原庫。

• 驗證：在將類器官與TCR-T細胞體外共培養時，使用Bio X Cell的W6/32抗體（50μg/mL）預處理類器官30分鐘，以阻斷其表面的HLA-I分子，結果TCR-T細胞的抗原特異性殺傷作用被抑制，證實其識別和殺傷依賴于HLA-I。