FFPE樣本因保存便捷、組織形態完整，廣泛應用于臨床病理診斷與回顧性研究。然而，傳統技術受限于RNA降解、探針捕獲效率等問題，難以實現高分辨率時空組學分析。
華大時空首版FFPE產品方案，突破性地解決了FFPE樣本中全轉錄組的原位捕獲難題，實現了空間單細胞分析、檢測編碼和非編碼RNA、實現微生物與宿主共檢測、同張切片進行HE染色或核染色、無物種限制等問題。此次升級的時空轉錄組 FFPE V1.1產品方案，在保持以上功能的基礎上，實現了性能的顯著提升。
新產品9月發布后，我們很快便進行了內測，結果令人欣喜！我們一起來看看吧！
1 更高的基因數，獲得更高質量的數據
內測樣本類型我們選取了消化道組織，使用華大時空轉錄組FFPE V1.1中1 cm*1 cm芯片。結果顯示，在3,128,826,241個Reads的測序深度下，Bin 20 （約10μm，近似單個細胞直徑）平均MID為461，平均基因數達到了381，檢測到的基因總數為34,615。并且，聚類分群的結果，十分符合病理區域，也能夠說明獲得的轉錄本數據非常可信！由此可以看出，升級后的每個細胞內檢測出了更多高質量轉錄本數據，為各種應用場景下的科學研究提供了無限可能。
消化道樣本華大時空轉錄組FFPE V1.1基礎數據展示
消化道樣本華大時空轉錄組FFPE V1.1聚類分群展示
2 CellBin分析，精準解析組織基因表達空間特征
在華大自主研發的基于Stereo-seq系列的CellBin一站式細胞分割結果中我們看到，在CellBin水平能夠捕獲到的更多的空間轉錄組信息，單個細胞平均 MID數為516，平均基因值可以達到408。
CellBin基于華大時空芯片底層設計，利用track線實現1μm內配準精度，將細胞影像圖和表達矩陣對齊；利用影像學特征完成高精度的組織分割、細胞核分割以及細胞內分子歸類，刻畫出單個細胞的分子邊界；映射到芯片內，提取分子信息，獲得精準的單細胞表達矩陣。
消化道樣本華大時空轉錄組FFPE V1.1 CellBin基礎數據展示
消化道樣本華大時空轉錄組FFPE V1.1 CellBin聚類分群展示
臨床科研新利器全面升級！
1. 基因捕獲效率提升50%~200%-破解FFPE樣本“沉默黑匣”
傳統技術對FFPE樣本的RNA捕獲效率較低，時空轉錄組FFPE V1.1通過優化探針設計及生化反應效率等方法，在保持編碼&非編碼RNA捕獲，微生物捕獲等性能的基礎上，基因捕獲效率相比上一版本提升50%-200%。
2. 組織內外信號擴散優化-空間定位精度達納米級
針對FFPE樣本中RNA擴散導致的空間定位失真問題，時空轉錄組FFPE V1.1通過芯片探針和實驗流程的優化，實現了高精度的空間定位。
3.數據利用率提升100%-高性價比實現全景式數據支持
時空轉錄組FFPEV1.1通過探針設計優化，新的測序建庫流程與生信分析工具開發等方法將有效數據利用率提升了100%，顯著降低無效測序損耗（如無效CID序列、rRNA序列等），實現科研級數據的高性價比獲取，為復雜疾病機制研究提供全景式數據支持。
4. 多類型樣本混測兼容-FF與FFPE樣本“一機雙測”
時空轉錄組FFPE V1.1首次支持新鮮冷凍(FF)樣本與福爾馬林固定石蠟包埋(FFPE)樣本同批次測序。通過優化建庫試劑盒與建庫方案，研究人員可在單張T7測序芯片上同步檢測FF與FFPE來源的時空文庫，極大提升了實驗靈活性與測序效率，不再為“湊樣”上機煩惱。
