甲基化修飾是表觀遺傳學調控的一種重要形式，與癌癥、衰老、植物生長發育等密切相關，常見的有DNA甲基化修飾和RNA甲基化修飾。其中，DNA甲基化是指在DNA的序列不變的條件下，在其中某些堿基上加上甲基的過程，5mC屬于常見的DNA甲基化修飾。DNA甲基化通常會使下游基因表達量降低。甲基化捕獲測序采用探針捕獲測序技術對特定區域進行捕獲后進行測序，可實現對每一個DNA分子單堿基分辨率的C甲基化檢測。甲基化捕獲測序作為高性價比的甲基化研究技術，非常適用于人和大小鼠動物模型的全基因組甲基化研究。

?

伯豪生物的甲基化捕獲測序服務可提供基于亞硫酸氫鹽轉化原理的MC-seq和基于酶轉化的EM-seq兩個檢測平臺。伯豪生物已累計為客戶完成千余例表觀科研服務項目，涉及組織、細胞、全血、FFPE、唾液、ctDNA等各種實驗樣本數萬例，涵蓋腫瘤、胚胎發育、復雜疾病等各個領域，伯豪生物客戶使用850K、甲基化捕獲測序（MC-seq）、全基因組甲基化測序（WGBS）、m6A-seq和焦磷酸測序等甲基化研究技術分別在Theranostics、ACS Nano、Front Cell Dev Biol.、PNAS、Ann Rheum Di等期刊發表論文，累計影響因子超過350。

標題：?Genome-Wide DNA Methylation Alterations and Potential Risk Induced by Subacute and Subchronic Exposure to Food-Grade Nanosilica in Mice

暴露于食品級納米二氧化硅的小鼠肝臟引起了全基因組DNA甲基化改變和潛在風險

發表期刊：?ACS Nano

影響因子：IF=15.881 ???

伯豪公司提供的產品或服務：

Whole-Genome DNA Methylation Sequencing (WGBS)

摘要：納米材料在食品工業中的廣泛應用引起了人們對其對人類健康潛在風險的擔憂。然而，關于食品中納米材料的生物安全性的數據有限，特別是在表觀遺傳水平上。本研究研究了兩種類型的合成無定形二氧化硅(SAS)的影響，食品級沉淀二氧化硅(S200)和氣相二氧化硅200F (A200F)，它們是納米橙色食品添加劑。通過飲食連續和間歇性亞急性暴露于這些SAS 28天后，小鼠外周血白細胞和肝臟的全基因組甲基化水平以劑量和SAS類型依賴的方式顯著改變，傳統的毒理學評估檢測出最小的毒性，特別是在人類相關劑量(HRD)下。84天連續亞慢性暴露于所有劑量的S200和A200F誘導肝臟脂肪變性，S200甚至在HRD時也在肝臟中積累。全基因組DNA甲基化測序結果顯示，在84天高劑量連續暴露后，兩種SAS誘導的差異甲基化區域主要位于內含子、基因間和啟動子區域。差異甲基化基因的生物信息學分析表明，暴露于S200或A200F可能導致脂質代謝紊亂和癌癥的發展。通路驗證實驗表明這兩種SAS類型都具有潛在的致癌作用。S200抑制p53介導的小鼠肝臟凋亡通路，而A200F激活HRAS介導的MAPK信號通路，這是肝癌發生的關鍵驅動因素。因此，在對食品級納米材料進行風險評估時，必須注意長期暴露于食品級SAS的風險，并將表觀遺傳參數作為終點。

?

標題：Danhong Injection Alleviates Cardiac Fibrosis via Preventing the Hypermethylation of Rasal1 and Rassf1 in TAC Mice

丹紅注射液通過抑制TAC小鼠Rasal1和Rassf1的高甲基化減輕心肌纖維化

發表期刊：?Oxid Med Cell Longev

影響因子：?IF=6.576 ???

伯豪公司提供的產品或服務：甲基化捕獲測序（MC-seq）

摘要：背景/目的：丹紅注射液(DHI)是一種用于治療心血管疾病的中成藥。最近的研究表明，DNA甲基化在心血管疾病中心肌纖維化(CF)的維持中起著關鍵作用。本研究旨在探討DHI對CF的影響及其機制，特別是對DNA甲基化的影響。

方法：采用胸主動脈縮窄術(TAC)建立小鼠CF模型。TAC手術后立即進行28天的每日治療，通過腹腔注射DHI。超聲心動圖和免疫染色檢測TAC后心功能、病理和纖維化的變化。使用小鼠甲基化捕獲測序技術分析來評估整個基因的DNA甲基化變化，并鑒定了TAC小鼠中兩個Ras信號相關基因的甲基化變化，包括Ras蛋白激活因子like-1 (Rasal1)和Ras關聯域家族1 (Rassf1)。接下來，分別通過BSP、RT-qPCR和Western blotting來驗證Rasal1和Rassf1基因的甲基化狀態和表達水平。使用RT-qPCR和Western blotting檢測DNA甲基轉移酶(DNMTs)、TET甲基胞嘧啶雙加氧酶3 (TET3)、纖維化相關基因的表達及Ras/ERK活性，確定其分子機制。

結果：在TAC第28天，DHI治療可減輕CF并顯著改善心功能。甲基-seq分析鑒定出42,606個差異甲基化位點(dms)，包括19,618個高甲基化dms和22,988個低甲基化dms。這些dms的富集分析表明，Ras信號轉導和局灶性粘附相關基因的甲基化調控可能參與tac誘導的CF發育。甲基化捕獲測序結果顯示tac誘導的甲基化影響了Rasal1和Rassf1基因的CpG位點，DHI處理顯著下調了CF心臟Rasal1和Rassf1啟動子的甲基化。DHI可上調Rasal1和Rassf1的表達，抑制Ras/ERK的過度活躍，降低纖維化相關基因的表達。值得注意的是，我們發現DHI治療顯著下調了CF心臟DNMT3B的表達，而不影響DNMT1、DNMT3A和TET3的表達。?

結論：Rasal1和Rassf1基因異常的DNA甲基化參與了CF的發育。DHI治療可減輕CF，阻止Rasal1和Rassf1的高甲基化，下調CF心臟DNMT3B的表達。??

?

標題：Reprogrammed intestinal functions in Astragalus polysaccharide-alleviated osteoporosis: combined analysis of transcriptomics and DNA methylomics demonstrates the significance of the gut–bone axis in treating osteoporosis

黃芪多糖減輕骨質疏松癥的腸道功能重編程:結合轉錄組學和DNA甲基組學分析表明腸骨軸在治療骨質疏松癥中的重要性

發表期刊：?Food & Function

影響因子：IF=5.396 ???

伯豪公司提供的產品或服務：甲基化捕獲測序（MC-seq）

摘要：研究人員已經注意到，骨骼和腸道之間的器官-器官通信對骨骼健康和相關疾病有顯著影響。在本研究中，我們收集地塞米松誘導的骨質疏松大鼠和黃芪多糖緩解骨質疏松大鼠的結腸上皮組織，并采用轉錄組測序來研究腸內發生的功能變化。主成分分析結果表明，地塞米松(骨質疏松誘導因子)和黃芪多糖(APS)均對腸道基因表達譜進行了重編程。進一步的分析分別在骨質疏松和aps處理的骨質疏松大鼠中鑒定出496和291個差異表達基因(DEGs)。對這些DEGs的KEGG富集分析表明，APS治療可進一步改善骨質疏松引起的腸道功能障礙。進一步分析表明，黃芪多糖可通過逆轉53個DEGs的表達恢復骨質疏松大鼠的腸功能。破骨細胞分化的恢復和鈣信號通路的恢復可能有助于骨質疏松癥的改善。此外，利用甲基捕獲測序(MC-Seq)，我們研究了DNA甲基化的變化，并對地塞米松和aps誘導的基因表達變化進行了表觀遺傳學分析。在本研究中，骨質疏松癥被觀察到引起腸道功能障礙，這是該疾病的并發癥。更重要的是，APS通過腸骨軸重新編程腸道功能來緩解骨質疏松癥。我們的研究結果支持了腸骨軸的存在，并提出了通過腸骨軸治療骨質疏松癥的新治療機會。??

?

標題：CpG methylation signature defines human temporal lobe epilepsy and predicts drug-resistant

CpG甲基化特征定義人類顳葉癲癇和預測耐藥

發表期刊 ?Food & Function

影響因子：IF=5.396 ???

伯豪公司提供的產品或服務：甲基化捕獲測序（MC-seq）

摘要：顳葉癲癇(TLE)是成人最常見的局灶性癲癇綜合征，常發生耐藥，需要手術治療，預后較好。此外，認知障礙和精神疾病合并癥，包括抑郁和焦慮障礙，加上長期的實際癲癇發作和伴隨藥物使用，往往會對生活質量和個人健康造成嚴重影響。目前，癲癇的診斷主要依靠臨床表現、神經影像學和腦電圖。這些方法不僅昂貴、耗時，而且需要專業設備和訓練有素的專家，許多患者無法獲得這些設備，從而在一定程度上造成延誤診斷或誤診。此外，藥物反應預測主要基于臨床經驗的主觀特征，尚未形成定論。及時發現耐藥患者使癲癇手術獲益成為可能。因此，迫切需要生物標志物來輔助當前的診斷和預測治療結果。DNA甲基化標志物作為標志物的成功案例有MGMT啟動子甲基化可預測膠質母細胞瘤和血漿中甲基化SEPTIN 9(SEPT9)檢測無癥狀結直腸癌，這些都已被納入臨床指南并轉化為商業化臨床試驗。此外，有還有一種趨勢是研究人員更傾向于多種CpG標記的組合生物標志物。在本研究中，作者旨在識別和驗證TLE中疾病相關和藥物反應相關的DNA甲基化標志物。首先在TLE患者中進行了全基因組DNA甲基化分析;然后在訓練隊列中選取候選的CG位點，并利用機器學習算法在另一個獨立隊列中對這些CpG位點進行驗證。此外，還生成了包含DNA甲基化和臨床病理數據的nomogram圖來預測整個患者隊列的藥物反應。最后，通過生物信息學分析尋找各生物標志物CpGs對應基因的可能聯系。

?

標題：Association of DNA methylation and transcriptome reveals epigenetic etiology of heart failure

DNA甲基化和轉錄組的關聯揭示了心力衰竭的表觀遺傳學病因

發表期刊：Functional & Integrative Genomics

影響因子：IF=?3.41 ???

伯豪公司提供的產品或服務：甲基化捕獲測序（MC-seq）

摘要：表觀遺傳修飾，即DNA甲基化、組蛋白修飾和基于RNA的改變在心血管疾病的發展中起著至關重要的作用。在這項研究中，我們研究了DNA甲基化，旨在揭示心力衰竭的表觀遺傳病因學。存活心肌梗死大鼠1周后發生急性心力衰竭。通過甲基化捕獲測序分析基因組DNA甲基化變化，并通過RNA-seq分析衰竭和假手術心臟的基因表達水平。在缺陷心臟中，共有3480個啟動子區甲基化差異基因，包括轉錄起始位點和1934年轉錄組改變的基因。其中Mettl11b、HDAC3、HDAC11、泛素化相關基因和snoRNAs是尚未報道的新的表觀遺傳分類器，可能是HF的重要調控因子。??

?

標題：Methylation-mediated LINC00261 suppresses pancreatic cancer progression by epigenetically inhibiting c-Myc transcription

甲基化介導的LINC00261通過表觀遺傳抑制c-Myc轉錄抑制胰腺癌進展

發表期刊：Theranostics

影響因子：IF=11.227 ??

伯豪公司提供的產品或服務：焦磷酸測序和850K甲基化芯片

摘要：胰腺癌由于其早期診斷和治療策略的局限性仍然是對人類健康的重大威脅。然而，LINC00261在PC中的潛在作用仍在很大程度上未知。LINC00261在PC組織中顯著下調，其表達與PC患者的預后呈正相關。表型研究表明，LINC00261過表達顯著抑制了PC細胞的增殖、遷移和轉移。c-Myc被確定為LINC00261的下游目標。LINC00261通過物理作用和結合p300/CBP的溴結構域抑制c-Myc轉錄，阻止p300/CBP招募到c-Myc的啟動子區域，降低H3K27Ac水平。此外，LINC00261啟動子的甲基化水平在PC組織中較高，與不良預后相關。LINC00261啟動子的靶向去甲基化抑制了PC在體內和體外的進展。我們的研究結果表明，甲基化介導的LINC00261通過表觀遺傳抑制c-Myc的表達來抑制PC進程。這些發現擴大了LINC00261的治療潛力，可能為表觀遺傳藥物或治療策略的開發提供證據。本研究進一步揭示了PC的病因，并提示LINC00261可能是PC的一個預后和治療靶點。??

?