RNA測序（RNA-seq）是使用深度測序技術來研究生物體轉錄組的方法，主要包括轉錄組測序，小RNA測序及基因表達譜測序。數據的單個堿基的分辨率提供了關于單核苷酸多態性(SNP)、選擇性剪接、外顯子/內含子邊界、非翻譯區及其它元件的詳細信息。RNA-seq不需要預先知道參考序列，使得從頭的轉錄組分析和新的變異體和突變體的檢測成為可能。
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| 圖 RNA-seq 實驗流程 |
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RNA-seq中需要考慮的因素
第一個需要考慮的因素是樣本富集。總RNA通常只包含比例很少的編碼RNA或者功能RNA；樣本中大部分RNA是核糖體RNA（rRNA：大約占到了總RNA的80–90%）和較少的轉運RNA (tRNA)。為了避免將80–90%的測序資源用在重復的rRNA序列上，通常在測序之前，需要從樣本中去除rRNA。這通常可以通過特定的消耗rRNA實現（同時保留編碼RNA和非編碼RNA），也可以通過使用寡聚胸腺嘧啶富集技術選擇性富集Poly A實現（僅保留編碼mRNA）。有一些其他的方法可以避免rRNA的影響，比如選擇性降解大量轉錄物，或者不擴增rRNA的擴增技術。但是這些方法不像rRNA消耗或者poly A富集那么常見，并且可能扭曲轉錄物表征的正常水平。
另外一個需要考慮的因素是要研究的RNA的大小。RNA轉錄物跨越比較大的大小范圍；與常規的RNA分析相比，關注小RNA的實驗（比如microRNA或者長度范圍在15–35bp的RNA），需要特別的純化和文庫構建方案。大多數其他大小的RN**段可以同時測序（RNA測序的常用步驟之一是將RNA分割成普通長度，比如200–300 nt長度的片段）。
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QIAGEN RNA-seq整體解決方案
