?作為疾病的一項生物標志，染色體水平的缺失、擴增等變化已成為科學家研究的熱點。以往科學家運用傳統的染色體核型分析方法（如染色體區帶染色分析，FISH等）已獲得許多染色體結構變異的可貴進展。但傳統的方法實驗操作繁瑣，分辨率低，不能覆蓋全基因組，難以提供染色體變異位點的精確定位?；诨蛐酒谋容^基因組雜交技術, aCGH（array-based Comparative Genomic Hybridization）平臺的出現解決了上述問題。這種平臺能夠支持研究人員通過微陣列準確研究與疾病有關的染色體的變化，目前aCGH已經廣泛應用于研究腫瘤發生過程中伴隨的基因變化，如染色體的畸變等； 通過研究基因拷貝數目的變化，尋找新的原癌基因或抑癌基因； 揭示生物體抗藥性的機制及代謝過程中可能發生的基因組變化； 發現新的生物標記，可用于臨床診斷、疾病的分型等研究領域中，大大加速了人類對基因組DNA結構變異在遺傳疾病中意義的理解。
?
?
CGH芯片服務
CGH + SNP芯片服務
Agilent推出的CGH+SNP芯片服務在原有的Agilent CGH芯片的基礎上，增加了能檢測SNP的探針，從而在一張芯片上能同時檢測CNV（拷貝數差異）和Copy-neutral LOH/UPD（拷貝數平衡的雜合性缺失，單親源二體）。
應用領域
- 研究腫瘤發生過程中伴隨的基因變化，如染色體的畸變等；
- 通過研究基因拷貝數目的變化，尋找新的原癌基因或抑癌基因；
- 揭示生物體抗藥性的機制及代謝過程中可能發生的基因組變化；
- 發現新的生物標記，可用于臨床診斷、疾病的分型等。
Agilent其它物種CGH芯片服務
1. Agilent Chicken Genome CGH Microarray 1×244K服務
2. Agiient SurePrint G3 Canine Genome CGH Microarray 4×180服務
3. Agilent SurePrint G3 Chimpanzee Genome CGH Microarray 4×180K服務
4. Agilent SurePrint G3 Rice Genome CGH Microarray 4×180K服務
5. Agilent SurePrint G3 Rhesus Macaque Genome CGH Microarray 4×180K服務
產品鏈接：http://www.genomics.agilent.com/article.jsp?pageId=1544&_requestid=575263
FFPE樣品檢測
芯片推薦：Affymetrix OncoScan? FFPE Assay Kit NEW!
芯片介紹：Affymetrix推出全新的OncoScan? FFPE芯片，一種適用于高度降解的FFPE實體瘤樣本的全基因組拷貝數分析方案。全新的OncoScan FFPE芯片利用Affymetrix獨特的分子倒置探針（MIP）技術，能夠快速經濟地分析來自FFPE樣本的少量的高度降解的DNA，讓實體瘤癌癥分析向前邁進了一大步。該產品在一次實驗中即可提供全基因組范圍的拷貝數數據，且在全基因組內大約900個已知的癌基因、雜合性缺失（LOH）上的分辨率極高，同時可以提供臨床相關的獲得性突變的數據。在分析軟件方面，研發人員升級了早一代的BioDiscovery Nexus軟件，增加了許多轉為癌癥分析設計的功能，命名為OncoScan? Nexus Express軟件，它實現了幾分鐘內數百個樣本的拷貝數分析能力，也將隨產品免費提供。
服務相關
樣品要求
1) 來源于新鮮組織，細胞或EDTA抗凝血或FFPE（只適用于ULS法）；
2) DNA濃度> 75ng/μl，溶解在水或TE中；
3) A260/A280 在1.7和2.0之間；
4) A260/A230 > 1.5；
5) 必須去除RNA。
服務流程
步驟1：DNA抽提、樣品質檢
步驟2：樣品酶切
步驟3：用熒光染料分別標記實驗組和對照組基因組DNA；
步驟4：標記后樣品純化、定量；
步驟5：樣品混合后與CGH芯片雜交；
步驟6：芯片掃描，數據讀取和分析；
步驟7：提供服務報告。
生物信息分析結果展示
1. 探針改變百分比
基于探針信號的log比值，顯示探針改變的百分比情況
2. 變異區段作圖
染色體分開的變異區段作圖
染色體連在一起的變異區的作圖
?應用領域
1. 研究腫瘤發生過程中伴隨的基因變化，如染色體的畸變等；?
2. 通過研究基因拷貝數目的變化，尋找新的原癌基因或抑癌基因；?
3. 揭示生物體抗藥性的機制及代謝過程中可能發生的基因組變化；?
4. 發現新的生物標記，可用于臨床診斷、疾病的分型等。
應用案例
應用案例一：利用CGH芯片尋找結腸癌基因組結構變異的共性
Hassan Ashktorab, Alejandro A. Schaffer, Mohammad Daremipouran, Duane T. Smoot, Edward Lee, Hassan Brim. Distinct Genetic Alterations in Colorectal Cancer. PLoS ONE. January 2010, Volume 5, Issue 1.
通過15例結腸癌樣本與正常組織之間的比較基因組雜交芯片分析，作者發現了美國非洲裔人群結腸癌患者在基因組結構變異上的一些共性：×染色體一般擴增；4、8、18號染色體一般發生缺失；E×OC4, EPHB6, GNAS, MLL3和TB×22基因一般缺失；HAPLN1, ADAM29, SMAD2和SMAD4基因一般擴增。
應用案例二：表達譜芯片與CGH芯片的聯合運用
Dhananjay Chitale, Yi×uan Gong, Barry S. Taylor, Stephen Broderick, Cameron Brennan, Romel Somwar, Benjamin Golas, Lu Wang, Noriko Motoi, Janos Szoke, J.Matthew Reinersman, John Major, Chris Sander, Venkatraman E. Seshan, Maureen F.Zakowski, Valerie Rusch, William Pao, William Gerald, and Marc Ladanyi. An integrated genomic analysis of lung cancer reveals loss of DUSP4 in EGFR-mutant tumors. Oncogene. 2009 August 6; 28(31): 2773–2783.
該文章對199例肺癌樣品同時進行了基因表達譜分析（Affymetri× U133A array）和基因拷貝數差異分析（Human Genome CGH Microarray 4×44K）。結果顯示，肺癌樣品中EGFR的突變往往伴隨著DUSP4表達量的降低，而DUSP4表達量的降低則是由8號染色體上的一段缺失引起的。
應用案例三： aCGH數據與第二代測序全基因組數據結合用于繪制韓國人全基因組圖譜
Kim JI, Ju YS, Park H, Kim S, Lee S, Yi JH, Mudge J, Miller NA, Hong D, Bell CJ, Kim HS, Chung IS, Lee WC, Lee JS, Seo SH, Yun JY, Woo HN, Lee H, Suh D, Lee S, Kim HJ, Yavartanoo M, Kwak M, Zheng Y, Lee MK, Park H, Kim JY, Gokcumen O, Mills RE, Zaranek AW, Thakuria J, Wu X, Kim RW, Huntley JJ, Luo S, Schroth GP, Wu TD, Kim H, Yang KS, Park WY, Kim H, Church GM, Lee C, Kingsmore SF, Seo JS. A highly annotated whole-genome sequence of a Korean individual. Nature. 2009 Aug 20;460(7258):1011-5.
該文章將aCGH實驗數據和第二代測序得到的全基因組DNA序列數據結合在一起，從而得到更加準確的CNV注釋。在這項研究中，首爾大學的研究團隊同時采用了幾種相輔相成的方法來檢測CNV，其中包含由安捷倫生產的含2400萬個寡核苷酸探針的高分辨定制CNV芯片。該團隊最初鑒定出1237個CNV區域，經過進一步的數據分析，使它降至238個缺失區域，從277個堿基到196900個堿基，總共2.4 MB，以及77個拷貝數增加區域，共7 MB。在這些CNV中，有148個缺失和33個拷貝數增加是新的發現，不在已公布的基因組變異數據庫中(DGV)。
應用案例四：Agilent aCGH被廣泛地應用于遺傳病，腫瘤，精神障礙，糖尿病等風險篩查和產前篩查等臨床研究領域。
美國Baylor College of Medicine (BCM) Medical Genetics Laboratory在2007年三月的 American College of Medical Genetics Annual Conference上宣布將用安捷倫公司的aCGH芯片替 代以往的BAC芯片來進行遺傳病研究以及臨床檢驗的應用。該實驗室在以往多年的研究中積累了約5000例的aCGH臨床病例和數百例產前診斷, 其檢測芯片覆蓋130多處常見與遺傳病相關的染色體變異位點。
美國Emory 大學Genetics Laboratory 在細胞遺傳學檢測上積累了35年的經驗，也在同期宣布用安捷倫公司的aCGH芯片技術開展先天畸形，未知原因的發育遲緩，智力低下等基因水平產前和產后檢測。
Signature Genomics 和Oxford Genome Technology (OGT) 均是世界知名的基因檢測機構，目前利用安捷倫aCGH技術平臺開展疾病相關的染色體變異檢測與研究。
美國National Cancer Institute (NCI) 和National Human Genome Research Institute (NHGRI)共同主持的 The Cancer Genome Atlas (TCGA) 共投資1億美金癌癥研究項目中，有三家國際知名的研究所采用安捷倫公司的基因芯片技術平臺進行癌癥的相關研究。
FFPE樣品檢測
芯片推薦：Affymetrix OncoScan? FFPE Assay Kit NEW!
芯片介紹：Affymetrix推出全新的OncoScan? FFPE芯片，一種適用于高度降解的FFPE實體瘤樣本的全基因組拷貝數分析方案。全新的OncoScan FFPE芯片利用Affymetrix獨特的分子倒置探針（MIP）技術，能夠快速經濟地分析來自FFPE樣本的少量的高度降解的DNA，讓實體瘤癌癥分析向前邁進了一大步。該產品在一次實驗中即可提供全基因組范圍的拷貝數數據，且在全基因組內大約900個已知的癌基因、雜合性缺失（LOH）上的分辨率極高，同時可以提供臨床相關的獲得性突變的數據。在分析軟件方面，研發人員升級了早一代的BioDiscovery Nexus軟件，增加了許多轉為癌癥分析設計的功能，命名為OncoScan? Nexus Express軟件，它實現了幾分鐘內數百個樣本的拷貝數分析能力，也將隨產品免費提供。
?
參考文獻
?
- Screening for Copy-Number Alterations and Loss of Heterozygosity in Chronic Lymphocytic Leukemia – A Comparative Study of Four Differently Designed, High Resolution Microarray Platforms. Genes Chromosomes & Cancer. 2008 47:697-711.
- A Comparison of DNA Copy Number Profiling Platforms. Cancer Res. 67:10173-80 (2007).
- The pitfalls of platform comparison: DNA copy number array technologies assessed. BMC Genomics 2009, 10:588.
?
?
?
CGH芯片應用案例