10x Visium空間轉錄組已經陪伴我們3年多的時間了。很多讀者也都在關注著技術的更新。22年末，10X發布了新鮮樣本空間轉錄組解決方案的V2版本，但新鮮樣本的V2版本是V1版本的升級嗎？二者有什么異同點？兩個版本間該如何選擇？在本文中都會找到答案。
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01
技術原理是否相同？
不，并不同。我們都知道10X Genomics 在19年推出第一版空間轉錄組解決方案時，應用的技術是利用芯片上帶有Spatial barcode的探針去捕獲樣本中釋放的mRNA，構建文庫后再通過測序，能夠獲得基因表達信息的同時，也能獲得基因表達的位置信息。
但新鮮樣本V2版本與V1版本的基本原理完全不同，V2版本設計了RNA模板連接 (RTL) 探針集，具有高敏感性和特異性，且探針集覆蓋了人和小鼠超過18000個基因，且90%以上基因設計了3個探針對，實驗利用探針雜交方式，獲取組織中基因信息。將組織中mRNA酶解后進行組織透化從而釋放DNA探針與基因表達芯片上的探針雜交，構建文庫后再通過測序，獲得基因表達信息。
圖?10X Genomics Visium探針雜交工作原理
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02
V1與V2版本有何異同點？
V2版本與V1版本相比，其質檢標準降低了較多，且無需前期透化實驗。
圖?10X Genomics Visium探針雜交工作原理
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03
V1與V2版本可上機的樣本類型有哪些？
圖?10X Genomics Visium新鮮樣本可上機的樣本類型
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04
V1與V2版本如何選擇？
? 人或小鼠樣本，可選擇V1或V2，但其他樣本類型只能選擇V1版本。
??因V2版本為固定基因探針，所以，如果想檢測更多基因信息，那么需要選擇V1版本。
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05
10X Genomics Visium項目經驗
圖?FF空間轉錄組已完成實驗的樣本類型
